cover
Filter by Year
BIOTROPIC The Journal of Tropical Biology
Articles
12
Articles
PREPARASI FRAGMEN GEN DENGAN TEKNIK ALLELE-SPECIFIC POLYMERASE CHAIN REACTION (AS-PCR) UNTUK STANDAR MARKER SNPs Human Epidermal Growth Factor 2 (HER2I655V) PADA PENDERITA KANKER PAYUDARA

Wahyuningsih, Arika, Budiarto, Bugi Ratno

BIOTROPIC The Journal of Tropical Biology Vol 1 No 1 (2017): Biotropic, Volume 1, Nomor 1, 2017
Publisher : Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (906.865 KB)

Abstract

HER2/neu merupakan anggota dari keluarga protein EerbB. Single nukleotida polimorfisme (SNP) pada gen HER2 terutama posisi kodon 655 diduga terkait dengan resiko kanker payudara. Deteksi SNP ini dapat menggunakan teknik AS-PCR (Allele Specifik Polymerase Chain Reaction) yang cukup sensitif dan spesifik namun teknik deteksi post AS-PCR selama ini yang diterapkan belum menggunakan fragmen standar gen yang menjadi target. Oleh karena itu dalam penelitian ini perlu dilakukan preparasi fragmen gen dengan teknik Allele Specific PCR untuk standar marker SNP HER2I655V. Tujuan penelitian ini untuk menyediakan standar marker DNA untuk deteksi gen SNP HER2I655V. Metode yang digunakan adalah melalui penapisan DNA, AS-PCR, elektroforesis, UV trasluminator dan spektrofotometri. Penapisan HER2I655V pada beberapa sample pGEM rekombinan dengan AS-PCR didapatkan fragmen gen HER2 genotipe AA (142 bp) dan GG (168 bp). Purifikasi fragmen menghasilkan konsentrasi akhir sebesar 37 ng/μl. Validasi fragmen HER2 dilakukan dengan menguji SNP pada 5 sampel DNA sel bukal melalui metode AS-PCR. Varian SNP pada sampel memiliki ukuran yang sama dengan standar marker HER2 untuk genotipe AA yaitu 142 bp. preparasi standar marker gen HER2I655V dengan teknik AS-PCR berhasil.

KULTUR SEL BABY HAMSTER KIDNEY (BHK) MENGGUNAKAN MEDIA DULBECCO’S MODIFIED EAGLE MEDIUM (DMEM)

Andiana, Mashita, Rachmawati, Yuanita, Andayani, Sri Susila

BIOTROPIC The Journal of Tropical Biology Vol 1 No 1 (2017): Biotropic, Volume 1, Nomor 1, 2017
Publisher : Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (974.648 KB)

Abstract

Kultur sel merupakan suatu proses saat sel hidup ditempatkan ke dalam suatu media yang dapat membuat sel tersebut berkembang biak atau tumbuh secara in vitro, Kultur sel dapat berupa kultur sel primer maupun cell line, Metode dalam kultur sel terdiri atas kultur monolayer dan kultur suspensi. Pembuatan media kultur untuk pertumbuhan sel diusahakan memenuhi kriteria. Konstituen dasar dari media kultur yang paling banyak digunakan adalah BSS (Balanced Sald Solution). Untuk mendapatkan pertumbuhan sel yang optimal, media kultur ditambahkan serum. Serum yang biasa digunakan dalam kultur adalah serum anak sapi (calf serum), serum fetus sapi (foetal bovine serum), serum kuda dan serum manusia. Perhitungan sel menggunakan counting chamber. Metode yang digunakan adalah revival kemudian split sel, stor sel dan menghitung sel. Hasil revival  jumlah sel tertinggi didapat dari botol nomer 3 dengan jumlah sel 310 yaitu botol dengan sel BHK label tahun 2016, dan hasil split sel yang paling tinggi juga didapat dari botol kultur nomer 3 dengan jumlah sel 345 dan 311.

KOLEKSI DNA DAN KONFIRMASI MARKA ETH10 PENGKODE SIFAT PERTUMBUHAN PADA SAPI PASUNDAN

Ningsih, Heni Utami, Praakarsa, Tatag Bagus Putra, Margawati, Endang Tri

BIOTROPIC The Journal of Tropical Biology Vol 1 No 1 (2017): Biotropic, Volume 1, Nomor 1, 2017
Publisher : Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (895.531 KB)

Abstract

Sapi Pasundan secara genetik merupakan generasi dari tetua yang mengalami tekanan inbreeding dari program grading up sapi Ongole dan program grading up sapi Jawa dengan sapi Madura dan sapi Bali. Sifat pertumbuhan merupakan salah satu sifat penting bernilai ekonomis. Salah satu kandidat marka genetik pengkode sifat pertumbuhan yaitu marka mikrosatelit ETH10. Tujuan dari penelitian ini yaitu memahami prosedur konfirmasi marka ETH10 pengkode sifat pertumbuhan pada sapi Pasundan. Sebanyak tiga (3) sampel darah sapi Pasundan (619, 626, dan 602) diambil dari vena caudalis yang digunakan dalam isolasi DNA dengan metode garam pekat. DNA yang dikoleksi kemudian dikuantifikasi menggunakan spektrofotometer untuk mengetahui konsentrasi DNA (λ260) dan kemurnian DNA (λ260/λ280). Amplifikasi marka ETH10 menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan suhu annealing 60oC dan 35 siklus. Produk PCR gen (fragment) ETH10 divisualisasi pada Gel Agarose 1,5%. Hasil isolasi DNA diperoleh dengan rata-rata konsentrasi DNA sebesar 116,37± 63,37 ng/μl dan kemurnian DNA sebesar 1,72±0,035. Selanjutnya hasil Amplifikasi marka DNA ETH10 pada sapi Pasundan menunjukkan ukuran fragment sebesar 212-224 pb pada ke tiga sampel. Kesimpulan dari penelitian ini yaitu telah terkonfirmasinya marka ETH10 yang berhubungan dengan sifat pertumbuhan pada sampel sapi Pasundan. Hasil tersebut dapat digunakan sebagai informasi awal dalam analisis genetik sapi Pasundan

DETEKSI FRAGMEN DNA RENDAH PENGKODE GEN SITOKROM B (cyt b) BABI PADA SAMPEL MIE INSTAN MENGGUNAKAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

Winarsih, Winarsih, Nihayati, Khoirun, Khoiriyah, Romyun Alvi

BIOTROPIC The Journal of Tropical Biology Vol 1 No 1 (2017): Biotropic, Volume 1, Nomor 1, 2017
Publisher : Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (743.361 KB)

Abstract

Mie instan merupakan makanan yang sangat digemari oleh masayarakat Indonesia, selain cara penyajiannya yang cepat dan harganya terjangkau, rasa dari mie instan juga tidak kalah dengan makanan lainnya. Baru-baru ini sedang marak produk mie instan yang di impor dari Korea dan saat ini sedang digandrungi para remaja di Indonesia. Produk tersebut diduga mengandung babi, dugaan tersebut kemudian ditindak lanjuti oleh Badan Pengawas Obat dan Makanan selaku instansi yang berwenang untuk melakukan pengawasan terhadap obat dan makanan  dan juga melakukan pengujian terhadap produk obat, makanan, maupun kosmetik yang diduga mengandung bahan berbahaya atau mengandung babi yang tidak umum dikonsumsi di Indonesia karena mayoritas penduduknya yang muslim. Proses pengujian sampel tersebut dilakukan dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) yang spesifik terhadap DNA suatu organisme. Berdasarkan penelitian yang telah dilakuakan didapatkan hasil dari 18 sampel mie instan, diketahui sampel dengan nomor 16 positif mengandung DNA cytb babi. Hal tersebut diketahui dari munculnya pita DNA pada daerah 149 bp

IDENTIFICATION OF ACTIVE SUBSTANCE IN AJWA DATE (Phoenix dactylvera L.) FRUIT FLESH METHANOL EXTRACT

Abdillah, Muhibbuddin, Nazazillah, NR Khoirun, Agustina, Eva

BIOTROPIC The Journal of Tropical Biology Vol 1 No 1 (2017): Biotropic, Volume 1, Nomor 1, 2017
Publisher : Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (938.45 KB)

Abstract

Kurma (Phoenix dactylifera L.) merupakan buah yang banyak tumbuh di negara-negara Arab, terutama kota Madinah. Kurma memiliki lebih dari dua puluh jenis dan yang banyak beredar di Indonesia antara lain kurma ajwa, saudi arabia, tunisia, mesir madu, agal madinah, madinah, dan lulu. Identifikasi senyawa dan kandungan dari kurma jenis ajwa sendiri masih belum pernah dilakukan. Oleh karena itu tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi senyawa-senyawa aktif yang terkandung dalam buah kurma ajwa. Daging buah kurma ajwa diekstraksi menggunakan metode maserasi dengan pelarut metanol. Ekstrak daging buah kurma diidentifikasi dengan melakukan uji fitokimia, analisis GC-MS, spektroskopi inframerah (FTIR) dan spektroskopi UV-Vis. Berdasarkan hasil uji fitokimia diketahui bahwa terdapat kandungan triterpenoid, flavonoid dan karbohidrat. Hasil analisis FTIR membuktikan bahwa adanya stretching dan bending gugus fungsi molekul seperti gugus –OH, -CH alifatik stretching, alkil, -C=C alifatik stretching / aromatik, aldehid, alkohol, eter, dan -CH aromatik. Pada analisis UV-Vis terdapat serapan di panjang gelombang 286 nm yang membuktikan bahwa flavonoid yang terkandung dalam ekstrak metanol daging buah kurma ajwa termasuk pada golongan flavanon

Pertumbuhan Planlet Stroberi (Fragaria ananassa D) Var. Dorit pada Beberapa Variasi Media Modifikasi In Vitro di Balai Penelitian Jeruk dan Buah Subtropika (BALITJESTRO

Nofrianinda, Vida, Yulianti, Farida, Agustina, Eva

BIOTROPIC The Journal of Tropical Biology Vol 1 No 1 (2017): Biotropic, Volume 1, Nomor 1, 2017
Publisher : Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1030.07 KB)

Abstract

  Stroberi (Vragaria ananassa Dutch) Var. Dorit merupakan buah yang populer di masyarakat dunia dengan ciri khas rasa buahnya yang asam manis dan segar. Penyediaan benih stroberi selama ini dilakukan secara konvensional dengan menggunakan stolon, sehingga volume perbanyakan relatif lebih sedikit dan tidak bebas penyakit. Oleh karena  itu  diperlukan metode  kultur jaringan untuk budidaya stroberi. Kultur jaringan tanaman merupakan suatu teknik pengisolasian dan pemeliharaan sel atau potongan jaringan tanaman yang ditumbuhkan pada media buatan yang sesuai dan dalam keadaan aseptik. Medium yang dipergunakan pada kultur in vitro tumbuhan ada bermacam-macam. Medium yang digunakan dalam percobaan ini yaitu media MP yang merupakan kombinasi dari larutan MS (Murashige and skoog) dan pupuk cair. Dalam hal ini pupuk yang digunakan merupakan produk dari Balitjestro yang tentunya mengandung beberapa nutrisi dengan konsentrasi yang tepat untuk petumbuhan tanaman. Percobaan ini dilakukan untuk  mengidentifikasi pengaruh berbagai modifikasi media MP serta mengidentifikasi konsentrasi kombinasi media MP yang sesuai terhadap pertumbuhan stroberi varietas dorit. Percobaan ini  menggunakan Rancangan Acak Kelompok (RAK) dengan perlakuan MP1: MS 25% + pupuk 75%, MP2: MS 50% + pupuk 50%, MP3: MS 75% + pupuk 25%, MP4: pupuk 100%, Percobaan di ulang 5x, sehingga diperlukan 20 unit percobaan. Setiap unit percobaan ditanam 5 planlet. Pertumbuhan tanaman stroberi varietas dorit yang ditanam pada media MP1, MP2, MP3 dan MP4 menunjukkan pengaruh perbedaan yang signifikan terhadap pertumbuhan akar, pertumbuhan tunas dan pertambahan jumlah daun. Tanaman tersebut menunjukkan respon pertumbuhan yang paling cepat pada media MP3 karena mengandung konsentrasi larutan MS lebih banyak sehingga jumlah nitrogen yang dibutuhkan untuk pertumbuhan lebih tercukupi.

Studi Pencemaran Kandungan Logam Berat Timbal (Pb) dan Kadmium (Cd) pada Ikan Tongkol (Euthynnus sp.) di Pantai Utara Jawa

Hananingtyas, Izzah

BIOTROPIC The Journal of Tropical Biology Vol 1 No 2 (2017): Biotropic, Volume 1, Nomor 2, 2017
Publisher : Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (660.323 KB)

Abstract

Logam berat dalam lingkungan perairan akibat pembuangan limbah industri di sepanjang wilayah pantai utara dapat menjadi sumber racun bagi kehidupan perairan. Berdasarkan data penelitian dari Badan Penelitian dan Pengembangan Provinsi Jawa Tengah diketahui adanya kandungan logam berat di perairan Laut Jawa, memungkinkan adanya kotaminasi pada ikan laut hasil Laut Jawa yang didistribusikan ke masyarakat. Hal ini menyimpang dari peraturan pemerintah yang mengatur dan melindungi keamanan pangan yaitu PP Nomor 28 tahun 2004 tentang Keamanan, Mutu, dan Gizi Pangan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dan mengukur kadar logam berat Pb dan Cd pada ikan tongkol di Pantai Utara Jawa. Penelitian ini bersifat deskriptif dengan pendekatan cross sectional study. Populasi dalam penelitian ini adalah seluruh ikan tongkol (Euthynnus sp). Sampel penelitian ini diambil secara purposive sampling yaitu 10 ekor ikan tongkol yang berasal dari daerah Kendal, Rembang, Tuban, Batang, dan Jepara. Hasil penelitian ini berdasarkan Peraturan BPOM tahun 2009 dan SNI 7387 tahun 2009 tentang Batas Maksimum Cemaran Logam Berat pada Makanan, dari 10 sampel terdapat 4 sampel (40%) melebihi batas maksimum cemaran Pb pada ikan (< 0,3 mg/kg) dengan kadar antara 0,420-0,610 mg/kg dan 6 sampel (60%) melebihi batas maksimum cemaran Cd pada ikan (<0,1 mg/kg) dengan kadar antara 0,100-0,300 mg/kg.

Diversitas Arthropoda Gua di kawasan Karst Gunung Sewu, Studi gua-gua di Kabupaten Wonogiri

Prakarsa, Tatag Bagus Putra, Ahmadin, Kurnia

BIOTROPIC The Journal of Tropical Biology Vol 1 No 2 (2017): Biotropic, Volume 1, Nomor 2, 2017
Publisher : Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (814.952 KB)

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengungkap keanekragaman Arthropoda di kawasankarst Gunung Sewu khususnya di wilayah kabupaten Wonogiri. Penelitian ini merupakanpenelitian ekologi komunitas dengan metode Nature Snapshot Experiment (NSE). Penelitian inidilaksanakan pada bulan Agustus 2016, bertempat di 3 gua di kawasan karst Gunung Sewu,yang masuk dalam wilayah administrasi Kabupaten Wonoggiri Jawa Tengah. Arthropoda guayang ditemukan terdiri dari Heteropoda sp., Charon grayi, Theliphonus sp., AsamiidaeF, Philosciasp.,CambalopsidaeF, Geophilus sp., Scutigera sp., TenebrionidaeF, Rhaphidophora dammermani,dan FormicidaeF. Habitat gua Sodong dan Potro Bunder membentuk kelompok tersendiriberdasarkan nilai indeks similaritas Jaccard. Kondisi kerusakan lingkungan gua mendasaripemilihan habitat oleh kelelawar. Sehingga dua gua yang mengelompok hanya dihuni lebihsedikit spesies dibandingkan dengan habitat gua Song Gilap.Kata Kunci: Diversitas, Arthropoda, Gua, Karst Gunung Sewu

Perilaku Reptilia Ketika Gerhana Matahari Parsial di PASTY Yogyakarta

Praseyto Moro, Hendro Kusumo Eko, N, Hanifah, R, Tanzilla, R, Tanzilla, F, Lestariningsih

BIOTROPIC The Journal of Tropical Biology Vol 1 No 2 (2017): Biotropic, Volume 1, Nomor 2, 2017
Publisher : Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (849.628 KB)

Abstract

Perilaku Reptilia di Pasar Aneka Satwa & Tanaman Hias Yogyakarta diamati ketika peristiwa gerhana matahari parsial pada 9 Maret 2016. Faktor lingkungan seperti intensitas cahaya, suhu, dan kelembaban udara diamati dan dicatat. Perilaku Kura-Kura, Biawak, dan Ular diamati dengan metode focal point sampling. Ular cenderung memiliki pergerakan yang terbatas, sedangkan biawak dan kura-kura diam sejenak. Perbedaan perilaku reptilia ketika gerhana matahari sebagian ditentukan oleh jenisnya dan faktor lain yang berbeda-beda.

Polisakarida Krestin dari Jamur Coriolus versicolor terhadap hitung Jenis Leukosit Mencit yang diinfeksi Mycobacterium tuberculosis

Purnamasari, Risa

BIOTROPIC The Journal of Tropical Biology Vol 1 No 2 (2017): Biotropic, Volume 1, Nomor 2, 2017
Publisher : Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (830.524 KB)

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui peran polisakarida krestin (PSK) dengan waktu pemberian yang berbeda terhadap hitung jenis leukosit mencit yang diinfeksi Mycobacterium tuberculosis. Penelitian ini menggunakan 30 ekor mencit betina dewasa jenis Mus musculus strain BALB/C, berumur 8-10 minggu, berat badan berkisar 25-30 g. Polisakarida krestin (PSK) diisolasi dari Coriolus versicolor yang diperoleh dari alam. Infeksi menggunakan Mycobacterium tuberculosis strain H37Rv (ATCC 27294 T). Hewan percobaan dikelompokkan menjadi 6 kelompok sebagai berikut: kelompok I, hanya diberi akuades; kelompok II, hanya pemberian PSK; kelompok III, hanya dengan infeksi Mycobacterium tuberculosis; kelompok IV, pemberian PSK sebelum infeksi Mycobacterium tuberculosis; kelompok V, pemberian PSK sesudah infeksi Mycobacterium tuberculosis; kelompok VI, pemberian PSK sebelum dan sesudah infeksi Mycobacterium tuberculosis. Pemberian PSK dilakukan selama 7 hari berturut-turut melalui gavage. Infeksi Mycobacterium tuberculosis dilakukan sebanyak 2 kali dengan selang waktu 1 minggu melalui intraperitoneal. Hitung jenis leukosit dilakukan dengan mengelompokan masing-masing jenis leukosit dalam 100 sel leukosit pada apusan darah, dan data hasil pengamatan dianalisis dengan uji Kruskal-Wallis, kemudian untuk mengetahui signifikansi dilanjutkan dengan uji Mann-Whitney. Secara keseluruhan penelitian menunjukkan presentase jenis leukosit dengan jumlah tertinggi adalah neutrofil. Pada kelompok VI presentase monosit dan neutrofil meningkat melebihi normal, sedangkan presentase limfosit menurun, dan presentase basofil dan eosinofil tidak mengalami perubahan. Kesimpulan penelitian ini adalah PSK meningkatkan jumlah leuksosit mencit jenis neutrofil dan monosit pada waktu sebelum dan sesudah infeksi Mycobacterium tuberculosis