Jurnal Ilmu Komputer dan Agri-Informatika
Vol 3, No 1 (2014)

Klasifikasi Metagenom dengan Metode Naïve Bayes Classifier


Utami, Dian Kartika ( Institut Pertanian Bogor ) , Kusuma, Wisnu Ananta ( Institut Pertanian Bogor ) , Buono, Agus ( Institut Pertanian Bogor )



Article Info

Publish Date
04 Jan 2017

Abstract

Studi metagenom merupakan langkah penting pada pengelompokan taksonomi. Pengelompokan pada metagenom dapat dilakukan dengan menggunakan metode binning. Binning diperlukan untuk mengelompokkan contigs yang dimiliki oleh masing-masing kelompok spesies filogenetik. Pada penelitian ini, binning dilakukan dengan menggunakan pendekatan komposisi berdasarkan supervised learning (pembelajaran dengan contoh). Metode supervised learning yang digunakan yaitu Naïve Bayes Classifier. Adapun metode yang digunakan untuk ekstraksi ciri adalah dengan melakukan perhitungan frekuensi k-mer. Klasifikasi pada metagenom dilakukan berdasarkan tingkat takson genus. Dari proses klasifikasi yang dilakukan, akurasi yang diperoleh dengan menggunakan fragmen pendek (400 bp) adalah 49.34 % untuk ekstraksi ciri 3-mer dan 53.95 % untuk ekstrasi ciri 4-mer. Sementara itu, untuk fragmen panjang (10 kbp), akurasi mengalami peningkatan yaitu 82.23 % untuk ekstraksi ciri 3-mer dan 85.89 % untuk esktraski ciri 4-mer. Dari hasil tersebut dapat disimpulkan bahwa akurasi semakin tinggi seiring dengan semakin panjangnya ukuran fragmen. Selain itu, penelitian ini juga menyimpulkan bahwa metode ekstrasi ciri yang memberikan hasil paling maksimal adalah dengan menggunakan ekstraksi ciri 4-mer.Kata Kunci: metagenom, k-mer, Naïve Bayes Classifier, binning, klasifikasi


Copyrights © 2017






Download : Full PDF (1294.449 KB)
Original Source : http://journal.ipb.ac.id/index.php/jika/article/view/8675
Google Scholar : Check in googleschoolar

Journal Info

Abbrev

jika

Publisher

Subject

Agriculture, Biological Sciences & Forestry Computer Science & IT

Description

Jurnal Ilmu Komputer dan Agri-Informatika (JIKA) diterbitkan setiap bulan Mei dan November, memuat tulisan ilmiah yang berhubungan dengan bidang Ilmu Komputer serta aplikasi informatika untuk pengembangan pertanian. Berkala ilmiah ini menerima tulisan hasil penelitian dari luar ...