PUTRANTO, Riza A
INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Published : 3 Documents
Articles

Found 3 Documents
Search

Karakterisasi gen penyandi lipase dari kapang Rhizopus oryzae dan Absidia corymbifera Characterization of gene encoding lipase from fungus Rhizopus oryzae and Absidia corymbifera PUTRANTO, Riza A; SANTOSO, Djoko; TRI-PANJI, .; SUHARYANTO, .; BUDIANI, Asmini
E-Journal Menara Perkebunan Vol 74, No 1: Juni 2006
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (471.091 KB) | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v74i1.118

Abstract

SummaryLipase is a group of enzymes which catalyze fat hydrolysis. Lipase is recently used to produce diacylglycerol (DAG) from triacylglycerol (TAG). Lipase  can be used to produce healthy oil. Having a rich biodiversity, Indonesia has the opportunity to produce lipase using indigenous microbes, such as molds. This research aimed to detect  LIPASE  gene on several strains of molds employing PCR technique. Genomic DNAs were isolated from four strains of molds (M. sitophila, R. oryzae, R. microsporus, and A. corymbifera). Heterologous primers for LIPASE  were designed based on the conserved region of 12 LIPASE  sequences accessed from GenBank and used to amplify the genomic DNA resulted in a 466 bp fragmen. BLAST analysis showed that the bands of DNAs have high homology with common lipase protein in several strains of  Rhizopus.Ringkasan Lipase merupakan kelompok enzim yang berfungsi sebagai biokatalis hidrolisis lemak. Lipase banyak digunakan untuk konversi triasilgliserol (TAG) menjadi diasilgliserol (DAG). Penggunaan lipase penting untuk produksi minyak sehat (healthy oil). Indonesia dengan keanekaragaman hayati tinggi berpeluang besar   mengembangkan   produksi   lipase   dari mikroba lokal, salah satunya adalah kapang. Deteksi gen merupakan langkah awal dalam upaya peningkatan produksi lipase melalui rekayasa genetika. DNA genomik empat galur kapang (M. sitophila, R. oryzae, R. microsporus, dan A. corymbifera) telah berhasil diisolasi. Sepasang primer heterologous telah berhasil dirancang berdasarkan daerah terkonservasi 12 sekuen gen LIPASE dari GenBank. Amplikon DNA yang diperoleh pada PCR menggunakan pasangan primer RLP memiliki panjang 466 bp. Analisis BLAST memperlihatkan bahwa amplikon PCR memiliki homologi yang tinggi dengan protein LIPASE  beberapa galur Rhizopus. 
Pemanfaatan bioinformatika dalam bidang pertanian dan kesehatan (The utilization of bioinformatics in the field of agriculture and health) PARIKESIT, Arli Aditya; ANUROGO, Dito; PUTRANTO, Riza A
E-Journal Menara Perkebunan Vol 85, No 2 (2017): Oktober 2017
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (12.777 KB) | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v85i2.237

Abstract

Bioinformatics can be used to manage the data storage resulted from in silico molecular biology experiments. Off-network (offline) applications require large computing resources, in which researchers in the bioinformatics field of agriculture and health sectors do not necessarily possess. This review paper addressed examples of affordable and applicable in silico analytical cases in both mentioned sectors. Genome sequence analysis and in silico drug design using (1) a computational method, pharmacokinetic parameter prediction, (2) Computer Aided Design and Drafting (CADD) technology, (3) potential protein action prediction, (4) OMICs application in stem cell biology, and (5) lncRNAs based database computing internet sites is one of examples. In agriculture, bioinformatics-based research has been used in (1) the development of molecular markers; (2) the design of primer for differential gene expression analysis; (3) the development of genetic maps; and (4) gene expression analysis. Further application of bioinformatics also targets the design of applicative products for pest control and the protection of plant varieties in the farm. Through this example, novice researchers in the bioinformatics field of agriculture and health sectors can conduct sophisticated research using standard computer tools, internet networks, and sufficient knowledge about bioinformatics. On the other hand, multidisciplinary collaboration between these scientists can be carried out through social networking. The synergy can be directed to improve computing capabilities and data analysis via procurement of computing resources and use of public information clusters. [Key words: genome sequences, in silico drug design, online, bioinformatics, health, agriculture.] AbstrakBioinformatika dapat digunakan dalam manajemen informasi di bidang penyimpanan data in silico dari eksperimen biologi molekuler. Aplikasi luar jaringan (luring) memerlukan sumber daya komputasi yang besar, yang belum tentu dimiliki oleh para peneliti dalam bidang bioinformatika kesehatan dan pertanian. Kajian ilmiah ini membahas contoh kasus analisis in silico yang terjangkau dan aplikatif dalam bidang kesehatan dan pertanian. Contoh kasus tersebut adalah analisis sekuen genom dan desain obat in silico, menggunakan pendekatan metode komputasional, prediksi parameter farmakokinetik, teknologi Computer Aided Design and Drafting (CADD), prediksi potensial aksi protein, aplikasi OMICs pada biologi sel punca, hingga komputasi basis data lncRNAs berbasis situs internet. Pada bidang pertanian, penelitian berbasis bioinformatika telah digunakan dalam (1) pengembangan penanda molekuler; (2) desain primer untuk analisis ekspresi gen diferensial; (3) pengembangan peta genetik; dan (4) analisis ekspresi gen. Pemanfaatan bio-informatika dalam ilmu terapan dibidang pertanian juga menyasar desain produk aplikatif untuk pengendalian hama dan perlindungan varietas tanaman. Melalui contoh tersebut, peneliti pemula dibidang bioinformatika kesehatan dan pertanian dapat melakukan penelitian canggih hanya dengan alat komputer standar, jaringan internet, dan pengetahuan mencukupi tentang bioinformatika. Disisi lain, sinergi dan kolaborasi antar peneliti multi-displiner dapat dilakukan melalui penggunaan jejaring sosial. Sinergi tersebut dapat diarahkan untuk meningkatkan kemampuan komputasi dan analisis data melalui pengadaan sumber daya komputasi dan penggunaan klaster informatika publik.[Kata kunci: sekuen genom, desain obat in silico, daring, bioinformatika, kesehatan, pertanian]
Pemanfaatan bioinformatika dalam bidang pertanian dan kesehatan (The utilization of bioinformatics in the field of agriculture and health) PARIKESIT, Arli Aditya; ANUROGO, Dito; PUTRANTO, Riza A
E-Journal Menara Perkebunan Vol 85, No 2 (2017): Oktober 2017
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (484.216 KB) | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v85i2.237

Abstract

Bioinformatics can be used to manage the data storage resulted from in silico molecular biology experiments. Off-network (offline) applications require large computing resources, in which researchers in the bioinformatics field of agriculture and health sectors do not necessarily possess. This review paper addressed examples of affordable and applicable in silico analytical cases in both mentioned sectors. Genome sequence analysis and in silico drug design using (1) a computational method, pharmacokinetic parameter prediction, (2) Computer Aided Design and Drafting (CADD) technology, (3) potential protein action prediction, (4) OMICs application in stem cell biology, and (5) lncRNAs based database computing internet sites is one of examples. In agriculture, bioinformatics-based research has been used in (1) the development of molecular markers; (2) the design of primer for differential gene expression analysis; (3) the development of genetic maps; and (4) gene expression analysis. Further application of bioinformatics also targets the design of applicative products for pest control and the protection of plant varieties in the farm. Through this example, novice researchers in the bioinformatics field of agriculture and health sectors can conduct sophisticated research using standard computer tools, internet networks, and sufficient knowledge about bioinformatics. On the other hand, multidisciplinary collaboration between these scientists can be carried out through social networking. The synergy can be directed to improve computing capabilities and data analysis via procurement of computing resources and use of public information clusters. [Key words: genome sequences, in silico drug design, online, bioinformatics, health, agriculture.] AbstrakBioinformatika dapat digunakan dalam manajemen informasi di bidang penyimpanan data in silico dari eksperimen biologi molekuler. Aplikasi luar jaringan (luring) memerlukan sumber daya komputasi yang besar, yang belum tentu dimiliki oleh para peneliti dalam bidang bioinformatika kesehatan dan pertanian. Kajian ilmiah ini membahas contoh kasus analisis in silico yang terjangkau dan aplikatif dalam bidang kesehatan dan pertanian. Contoh kasus tersebut adalah analisis sekuen genom dan desain obat in silico, menggunakan pendekatan metode komputasional, prediksi parameter farmakokinetik, teknologi Computer Aided Design and Drafting (CADD), prediksi potensial aksi protein, aplikasi OMICs pada biologi sel punca, hingga komputasi basis data lncRNAs berbasis situs internet. Pada bidang pertanian, penelitian berbasis bioinformatika telah digunakan dalam (1) pengembangan penanda molekuler; (2) desain primer untuk analisis ekspresi gen diferensial; (3) pengembangan peta genetik; dan (4) analisis ekspresi gen. Pemanfaatan bio-informatika dalam ilmu terapan dibidang pertanian juga menyasar desain produk aplikatif untuk pengendalian hama dan perlindungan varietas tanaman. Melalui contoh tersebut, peneliti pemula dibidang bioinformatika kesehatan dan pertanian dapat melakukan penelitian canggih hanya dengan alat komputer standar, jaringan internet, dan pengetahuan mencukupi tentang bioinformatika. Disisi lain, sinergi dan kolaborasi antar peneliti multi-displiner dapat dilakukan melalui penggunaan jejaring sosial. Sinergi tersebut dapat diarahkan untuk meningkatkan kemampuan komputasi dan analisis data melalui pengadaan sumber daya komputasi dan penggunaan klaster informatika publik.[Kata kunci: sekuen genom, desain obat in silico, daring, bioinformatika, kesehatan, pertanian]