PUTRANTO, Riza A.
INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Published : 4 Documents
Articles

Found 4 Documents
Search

Kloning gen penyandi β-1,6-glukanase kapang secara cepat dengan teknik RT-PCR menggunakan primer spesifik Rapid cloning for gene encoding fungal β-1,6-glucanase by means of RT-PCR using specific primers BUDIANI, Asmini; PUTRANTO, Riza A.; MINARSIH, Hayati; FITRANTI, Niyyah; SANTOSO, Djoko
E-Journal Menara Perkebunan Vol 77, No 1: Juni 2009
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v77i1.115

Abstract

AbstractProduction of bioethanol from biomass ofagricultural waste has been hindered with a highproduction cost because enzymes needed for theprocess has to be imported with relatively a highprice. Genetic engineering using its encodinggenes is able to produce those enzymes withlower cost. In this report we described a researchaimed to clone gene encoding β-1,6-glucanasefrom Trichoderma harzianum with a relativelyrapid and inexpensive method, by means of RT-PCR using gene specific primers. The primerswere designed based on the DNA sequence of thetarget gene from the same species of organismused in this research. RT-PCR using that primersresulted in DNA fragment with sizescorresponding to the predicted size of full lengthgene encoding β-1,6-glucanase, about 1300 bp.After a sequential experiments of cloning usingpGEM-T Easy vector, DNA sequencing andBlastN - BlastX analyses of the sequences, it wasproven that the isolated DNA was full length geneof β-1,6-glucanase. This was implied from thepercentage of Identity and E-value which were96% and 0.0 (< e-04) respectivety.AbstrakProduksi bioetanol dari biomassa limbahpertanian, terkendala oleh tingginya biayaproduksi karena enzim yang diperlukan untukproses tersebut masih harus diimpor denganharga yang relatif mahal. Melalui rekayasagenetika menggunakan gen-gen penyandinya,enzim-enzim tersebut dapat diproduksi denganbiaya yang lebih murah. Penelitian ini bertujuanuntuk mengklon gen penyandi β-1,6-glukanasedari Trichoderma harzianum secara cepat danekonomis, dengan RT-PCR menggunakan primerspesifik. Primer tersebut dirancang berdasarkansekuen DNA dari gen target asal spesiesorganisme yang sama dengan yang digunakandalam penelitian. RT-PCR dengan primertersebut menghasilkan fragmen DNA yangukurannya sesuai dengan gen lengkap penyandiβ-1,6-glukanase, yaitu sekitar 1300 bp. Setelahsecara berurutan diklon menggunakan vektorpGEM-T Easy, sekuensing urutan DNA dananalisis BlastN maupun BlastX dari sekuen yangdiperoleh, terbukti bahwa fragmen DNA tersebutadalah gen lengkap penyandi β-1,6-glukanase.Hal ini ditunjukkan oleh Nilai Kesamaan(Identity) dan E-Value yang masing-masingmencapai 96% dan 0.0.
Isolasi fragmen gen LIPASE dari kapang Absidia corymbifera, Rhizopus oryzae dan Rhizopus oligosporus Isolation of LIPASE gene fragment from Absidia corymbifera, Rhizopus oryzae and Rhizopus oligosporus fungi PUTRANTO, Riza A.; BUDIANI, Asmini
E-Journal Menara Perkebunan Vol 77, No 1: Juni 2009
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v77i1.112

Abstract

AbstractDiversification of oil palm products, suchas healthy oil, needs lipase sustainability as abiocatalist. Many attempts have beendeveloped to produce lipase, includingintensive exploration and screening of severalspecies of molds. Genetic engineering for overexpression of LIPASE gene in the selectedmold is considered to be the potentialapproach for efficient production of thisenzyme. This research was aimed to isolate theLIPASE gene fragment of Indonesianindigenous fungi, namely Absidia corymbifera,Rhizopus oryzae and R. oligosporus by meansof RT-PCR (Reverse Transcriptase PolymeraseChain Reaction) technique using heterologousprimers. The result showed that a cDNAfragment of 462 bp has been amplified andisolated from the three fungi with differentconcentration. The highest quantity was foundfrom A. corymbifera. The RT-PCR productsisolated from A. corymbifera was cloned,sequenced and analyzed for its homology to thesequence of LIPASE gene from other species.BLAST analysis showed that the DNA sequenceof the cloned RT-PCR product derived fromA. corymbifera was highly homologous withLIPASE gene from Rhizopus niveus.AbstraksDiversifikasi produk kelapa sawit, sepertiminyak sehat (healthy oil) memerlukanketersediaan lipase sebagai biokatalis. Berbagaiupaya untuk produksi lipase telah dikembang-kan, termasuk eksplorasi dan skrining terhadapbeberapa spesies kapang secara intensif.Rekayasa genetika untuk mengoverekspresi-kan gen LIPASE pada kapang hasil skriningtersebut dipandang merupakan satu pendekatanpotensial untuk produksi enzim ini secaraefisien. Penelitian ini bertujuan untukmengisolasi fragmen gen LIPASE dari tigakapang indigenous Indonesia, yaituA. corymbifera, R. oryzae dan R. oligosporus,menggunakan teknik RT-PCR (ReverseTranscriptase Polymerase Chain Reaction).Hasil penelitian menunjukkan bahwa fragmencDNA sepanjang 462 bp dari ketiga kapangtelah diisolasi, masing-masing dengankuantitas yang berbeda. Hasil tertinggidiperoleh dari kapang A. corymbifera. ProdukRT-PCR dari A. corymbifera diklon, disekuenkemudian dianalisis homologinya dengansekuen gen LIPASE dari spesies lain. AnalisisBLAST menunjukkan bahwa sekuen DNA dariproduk RT-PCR terklon yang berasal dariA. corymbifera memiliki homologi tinggidengan gen LIPASE dari Rhizopus niveus.
Isolasi fragmen gen LIPASE dari kapang Absidia corymbifera, Rhizopus oryzae dan Rhizopus oligosporus Isolation of LIPASE gene fragment from Absidia corymbifera, Rhizopus oryzae and Rhizopus oligosporus fungi PUTRANTO, Riza A.; BUDIANI, Asmini
E-Journal Menara Perkebunan Vol 77, No 1: Juni 2009
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v77i1.112

Abstract

AbstractDiversification of oil palm products, suchas healthy oil, needs lipase sustainability as abiocatalist. Many attempts have beendeveloped to produce lipase, includingintensive exploration and screening of severalspecies of molds. Genetic engineering for overexpression of LIPASE gene in the selectedmold is considered to be the potentialapproach for efficient production of thisenzyme. This research was aimed to isolate theLIPASE gene fragment of Indonesianindigenous fungi, namely Absidia corymbifera,Rhizopus oryzae and R. oligosporus by meansof RT-PCR (Reverse Transcriptase PolymeraseChain Reaction) technique using heterologousprimers. The result showed that a cDNAfragment of 462 bp has been amplified andisolated from the three fungi with differentconcentration. The highest quantity was foundfrom A. corymbifera. The RT-PCR productsisolated from A. corymbifera was cloned,sequenced and analyzed for its homology to thesequence of LIPASE gene from other species.BLAST analysis showed that the DNA sequenceof the cloned RT-PCR product derived fromA. corymbifera was highly homologous withLIPASE gene from Rhizopus niveus.AbstraksDiversifikasi produk kelapa sawit, sepertiminyak sehat (healthy oil) memerlukanketersediaan lipase sebagai biokatalis. Berbagaiupaya untuk produksi lipase telah dikembang-kan, termasuk eksplorasi dan skrining terhadapbeberapa spesies kapang secara intensif.Rekayasa genetika untuk mengoverekspresi-kan gen LIPASE pada kapang hasil skriningtersebut dipandang merupakan satu pendekatanpotensial untuk produksi enzim ini secaraefisien. Penelitian ini bertujuan untukmengisolasi fragmen gen LIPASE dari tigakapang indigenous Indonesia, yaituA. corymbifera, R. oryzae dan R. oligosporus,menggunakan teknik RT-PCR (ReverseTranscriptase Polymerase Chain Reaction).Hasil penelitian menunjukkan bahwa fragmencDNA sepanjang 462 bp dari ketiga kapangtelah diisolasi, masing-masing dengankuantitas yang berbeda. Hasil tertinggidiperoleh dari kapang A. corymbifera. ProdukRT-PCR dari A. corymbifera diklon, disekuenkemudian dianalisis homologinya dengansekuen gen LIPASE dari spesies lain. AnalisisBLAST menunjukkan bahwa sekuen DNA dariproduk RT-PCR terklon yang berasal dariA. corymbifera memiliki homologi tinggidengan gen LIPASE dari Rhizopus niveus.
Kloning gen penyandi β-1,6-glukanase kapang secara cepat dengan teknik RT-PCR menggunakan primer spesifik Rapid cloning for gene encoding fungal β-1,6-glucanase by means of RT-PCR using specific primers BUDIANI, Asmini; PUTRANTO, Riza A.; MINARSIH, Hayati; FITRANTI, Niyyah; SANTOSO, Djoko
E-Journal Menara Perkebunan Vol 77, No 1: Juni 2009
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v77i1.115

Abstract

AbstractProduction of bioethanol from biomass ofagricultural waste has been hindered with a highproduction cost because enzymes needed for theprocess has to be imported with relatively a highprice. Genetic engineering using its encodinggenes is able to produce those enzymes withlower cost. In this report we described a researchaimed to clone gene encoding β-1,6-glucanasefrom Trichoderma harzianum with a relativelyrapid and inexpensive method, by means of RT-PCR using gene specific primers. The primerswere designed based on the DNA sequence of thetarget gene from the same species of organismused in this research. RT-PCR using that primersresulted in DNA fragment with sizescorresponding to the predicted size of full lengthgene encoding β-1,6-glucanase, about 1300 bp.After a sequential experiments of cloning usingpGEM-T Easy vector, DNA sequencing andBlastN - BlastX analyses of the sequences, it wasproven that the isolated DNA was full length geneof β-1,6-glucanase. This was implied from thepercentage of Identity and E-value which were96% and 0.0 (< e-04) respectivety.AbstrakProduksi bioetanol dari biomassa limbahpertanian, terkendala oleh tingginya biayaproduksi karena enzim yang diperlukan untukproses tersebut masih harus diimpor denganharga yang relatif mahal. Melalui rekayasagenetika menggunakan gen-gen penyandinya,enzim-enzim tersebut dapat diproduksi denganbiaya yang lebih murah. Penelitian ini bertujuanuntuk mengklon gen penyandi β-1,6-glukanasedari Trichoderma harzianum secara cepat danekonomis, dengan RT-PCR menggunakan primerspesifik. Primer tersebut dirancang berdasarkansekuen DNA dari gen target asal spesiesorganisme yang sama dengan yang digunakandalam penelitian. RT-PCR dengan primertersebut menghasilkan fragmen DNA yangukurannya sesuai dengan gen lengkap penyandiβ-1,6-glukanase, yaitu sekitar 1300 bp. Setelahsecara berurutan diklon menggunakan vektorpGEM-T Easy, sekuensing urutan DNA dananalisis BlastN maupun BlastX dari sekuen yangdiperoleh, terbukti bahwa fragmen DNA tersebutadalah gen lengkap penyandi β-1,6-glukanase.Hal ini ditunjukkan oleh Nilai Kesamaan(Identity) dan E-Value yang masing-masingmencapai 96% dan 0.0.