Shabarni Gaffar, Shabarni
Department of Chemistry, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Padjadjaran University, Jl. Raya Bandung-Sumedang Km 21, Jatinangor, Sumedang 45363, East Java

Published : 17 Documents
Articles

Found 17 Documents
Search

CYTOTOXIC ACTIVITY OF ALPINUMISOFLAVONE FROM ERYTHRINA POEPPIGIANA (LEGUMINOSAE) AGAINST COLON CANCER (WIDR), CERVICAL CANCER (HELA), AND HEPATOMA CANCER (HEPG2) CELLS Herlina, Tati; Haraswati, Nayla; Apriani, Riza; Nishinarizki, Vicki; Gaffar, Shabarni; Supratman, Unang
HAYATI Journal of Biosciences Vol. 26 No. 2 (2019): April 2019
Publisher : Bogor Agricultural University, Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (434.245 KB) | DOI: 10.4308/hjb.26.2.%x

Abstract

Cancer is the second cause of death after cardiovascular diseases in the world. Anticancer prevention used can cause undesirable things. Flavonoids are secondary metabolites derived from natural products that are useful for anticancer treatment. This study was performed to observe the cytotoxic activity of alpinumiso?avone from Erythrina poeppigiana, toward cervical cancer (Hela), colon cancer (WiDr), and hepatoma cancer (HepG2) cells. The cytotoxic activity of alpinumiso?avone was tested using (3-[4,5-dimethylthiazol-2-yl]-2,5 diphenyltetrazolium bromide) assay. The percentage of cell mortality was calculated and the IC50 was calculated using probit analysis. The result shown that alpinumiso?avone has antiproliferative e?ect to colon cancer (WiDr), cervical cancer (Hela), and hepatoma cancer (HepG2) cells with the value of IC50 are 5.63, 7.18, and 18.08 µg/ml, respectively. Based on the value of IC50 alpinumiso?avone is very cytotoxic to colon cancer WiDr cell.
Aktivitas Sitotoksik Ekstrak Etanol, Fraksi Etil Asetat dan n-heksana Daun Kelor (Moringa oleifera) Terhadap Sel Kanker Payudara T47D Gaffar, Shabarni; Apriani, Riza; Herlina, Tati
ALCHEMY Jurnal Penelitian Kimia Vol 14, No 2 (2018): Vol 14, No 2 (2018): Alchemy Jurnal Penelitian Kimia
Publisher : UNIVERSITAS SEBELAS MARET (UNS)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.20961/alchemy.14.2.17298.303-313

Abstract

Daun Kelor (Moringa oleifera) merupakan salah satu tanaman yang berpotensi memiliki aktivitas antikanker. Beberapa penelitian telah melaporkan bahwa daun M. oleifera mengandung sejumlah senyawa bioaktif yang memiliki potensi sebagai antikanker. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas sitotoksik esktrak etanol, fraksi etil asetat dan fraksi n-heksana daun M. oleifera terhadap sel kanker payudara T47D. Daun M. oleifera dimaserasi dengan pelarut etanol 90%. Ekstrak yang diperoleh dipartisi dengan menggunakan pelarut n-heksana dan etil asetat. Masing-masing ekstrak etanol, fraksi etil asetat dan fraksi n-heksana diuji aktivitas sitotoksiknya terhadap sel kanker payudara T47D menggunakan metode MTS (3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-5-(3-carboxymethoxyphenyl)-2-(4-sulfophenyl)-2H-tetrazolium). Konsentrasi ekstrak dan fraksi yang digunakan adalah berturut-turut: 1500, 750, 375, 187, 93, 46, 50 dan 23 μg/mL dengan waktu inkubasi selama 48 jam. Nilai IC50 ekstrak etanol, fraksi etil asetat dan fraksi n-heksana daun M. oleifera berturut-turut yaitu sebesar 51,31; 20,17; 223,67 μg/mL. Berdasarkan hasil tersebut, terlihat bahwa fraksi etil asetat daun M. oleifera memiliki aktivitas sitotoksik yang paling tinggi terhadap sel kanker payudara T47D.Cytotoxic Activity of the Ethanol Extract, Ethyl Acetate and n-hexane Fractions of Kelor Leaves (Moringa oleifera) against Breast Cancer Cell T74D. Moringa oleifera is one plant that has the potential anticancer activity. Several studies have been reported that M. oleifera leaves contain bioactives compounds that are potential as anticancer. This study was aimed to determine the cytotoxic activity of the ethanol extract, ethyl acetate and n-hexane fraction of M. oleifera leaf against breast cancer cell T47D. M. oleifera leaves were extracted by maceration with ethanol solvent. The extracts that have been obtained were partitioned by using n-hexane and ethyl acetate solvents. Each ethanol extract, ethyl acetate fraction and n-hexane fraction were tested for their cytotoxic activity against T47D breast cancer cells using MTS (3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-5-(3-carboxymethoxyphenyl)-2-(4-sulfophenyl)-2H-tetrazolium) method. The applied concentration of extract and fraction were 1500, 750, 375, 187, 93, 46, 50 and 23 μg/mL with an incubation time of 48 hours. IC50 value of ethanol extract, ethyl acetate and n-hexane fractions of M. oleifera leaves were 51.31; 20.17; 223.67 μg/mL. Based on these results, it shows that the ethyl acetate fractions of M. oleiferaleaves are highly toxic against T47D breast cancer cells. 
Ekspresi Prethrombin-2 Manusia Recombinan dalamPichia pastoris dan Optimasi Kondisi Ekspresinya Gaffar, Shabarni; Upay, Purba; Maksum, Iman Permana; Hasan, Khomaini; Subroto, Toto; Enus, Sutarya; Soemitro, Soetijoso; Pertiwi, Wulan
Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology Vol 4, No 1 (2017)
Publisher : Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (566.296 KB) | DOI: 10.15416/ijpst.v4i1.9766

Abstract

Pretrombin merupakan prekursor dari trombin yang memiliki aktivitas proteolitik. Trombin merubah fibrinogen menjadi benang fibrin yang salah satu aplikasinya adalah dapat digunakan sebagai lem untuk menggantikan teknik jahitan pasca bedah. Aplikasi trombin untuk pembuatan lem fibrin menuntut diproduksinya trombin rekombinan. Tujuan dari penelitian ini adalah ekspresi gen pretrombin-2 (PT2) manusia rekombinan menggunakan sistem ekspresi Pichia pastoris. Gen pengode PT2 dirancang sesuaidengan kodon preferensi P. pastoris. Fragmen PT2 diamplifikasi dengan metoda PCR dengan penambahan sisi restriksi EcoR1 pada ujung 5’ dan sisi restriksi SacII pada ujung 3’. Produk PCR yang berukuran 924 pb diligasi dengan vektor ekspresi pPICZaB untuk P. pastoris dan disubkloning dalam inang Escherichia coli. Urutan nukleotida dikonfirmasi dengan metoda dideoxy Sanger. Plasmid rekombinan pPICZaB-PT2 kemudian digunakan untuk mentransformasi P. pastoris SMD1168 defisien protease dengan metoda elektroporasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen PT2 berhasil diamplifikasi dan dikloning dalam E. coli. Analisis restriksi dan penentuan urutan DNA menunjukkan bahwa PT2 rekombinan 100% homologi dengan hasil rancangan. Hasil ekspresi PT2 oleh P. pastoris menggunakan metanol sebagai inducer memperlihatkan bahwa PT2 dengan berat molekul 35 kDa berhasil diekspresikan. Optimasi kondisi ekspresi melalui variasi konsentrasi metanol sebagai inducer dan sorbitol sebagai sumber karbon tambahan menunjukkan bahwa metanol 2% dan sorbitol 2% merupakan kondisi optimum ekspresi PT2.
IDENTIFIKASI POPULASI BAKTERI DALAM SPONS PENCUCI PIRING DENGAN METODE PCR-RFLP Gaffar, Shabarni; Maksum, Iman Permana; Julaeha, Euis
Chimica et Natura Acta Vol 2, No 2 (2014)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (293.895 KB) | DOI: 10.24198/cna.v2.n2.9154

Abstract

Spons pencuci piring 200.000 kali lebih kotor dibanding dudukan toilet. Berbagai bakteri penyebab penyakit seperti Eschericia coli, Pseudomonas dan Staphylococcus, berkembang biak di permukaan yang basah. Selain itu, 500 ribu bakteri hidup di dalam saluran pembuangan bak cuci piring. Jika spons dalam kondisi tidak kering (lembab karena direndam), maka akan menjadi markas semua bakteri. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan populasi bakteri yang terdapat pada spons cuci piring yang basah. Identifikasi dilakukan dengan metoda molekular berbasis DNA yaitu teknik PCR-RFLP gen 16s rDNA. Metoda PCR-RFLP merupakan genetik fingerprinting yang akurat, cepat dan sederhana. Koloni bakteri yang ditumbuhkan dari spons pencuci piring di lisis dan digunakan sebagai templat untuk PCR. Hasil PCR gen 16s rDNA yang berukuran 1400 pb, dipotong dengan enzim restriksi, Hinf1. Hasil penelitian menunjukkan terdapat empat pola pemotongan yang berbeda-beda. Pola yang berbeda ini menunjukkan terdapat empat populasi yang berbeda hidup pada spons basah. Kami mengidentifikasi bahwa salah satu mikroba yang tumbuh adalah E. coli yang merupakan bakteri patogen.
STUDI IN SILICO SINGLE CHAIN VARIABLE FRAGMENT (SCFV) SELEKTIF TERHADAP HORMON BASIC NATRIURETIC PEPTIDE (BNP) Gaffar, Shabarni; Masyhuri, Aga Adi; Hartati, Yeni Wahyuni; Rustaman, Rustaman
Chimica et Natura Acta Vol 4, No 2 (2016)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (450.167 KB) | DOI: 10.24198/cna.v4.n2.10671

Abstract

Basic natriuretic peptide (BNP) merupakan polipeptida yang terdiri dari 32 asam amino yang disekresikan oleh bilik jantung untuk merespon peregangan yang berlebihan pada sel otot jantung. Pengeluaran BNP dimodulasi oleh ion kalsium. BNP berpotensi untuk digunakan sebagai marker untuk meramalkan pasien yang mengalami gagal jantung. Anti BNP single chain variable fragment (Anti BNP SCFV) merupakan gabungan polipeptida antara daerah yang bervariasi pada rantai heavy (VH) dan rantai light (VL) dari immunoglobulin. Anti BNP SCFV akan berikatan dengan BNP melalui pengenalan antigen-antibodi yang biasanya berada pada daerah CDR (Complementary Determining Region) yang merupakan bagian dari SCFV. Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajari selektivitas docking SCFV yang diperoleh dari Protein Data Bank (PDB) dengan BNP berdasarkan parameter energi intermolekular secara in silico. SCFV terpilih dimodifikasi melalui penggantian asam amino yang berperan pada interaksi untuk mendapatkan SCFV yang lebih selektif terhadap BNP dengan energi interaksi intermolekular yang lebih rendah. Docking dilakukan menggunakan program Autodock 4.2.3. Visualisasi dilakukan menggunakan program Molegro Virtual Viewer. Hasil penelitian menunjukkan SCFV dengan ID-PDB 4OUO merupakan SCFV yang selektif terhadap BNP dengan energi intermolekular -12,81 kkal/mol, Ki 0,9712 M, namun energi ikatan yang positif: 17,33 kkal/mol. Penggantian asam amino arginin 116 menjadi histidin pada SCFV 4OUO memperlihatkan pengikatan yang lebih selektif terhadap BNP dengan energi intermolekul -13,66 kkal/mol, energi ikatan 16,47 kkal/mol, dan Ki 0,9726 M. Bagaimanapun, metode prediksi interaksi antara BNP dan SCFV perlu dikembangkan lebih lanjut untuk mendapatkan hasil yang lebih baik.
DETEKSI URUTAN OLIGONUKLEOTIDA Mycobacterium tuberculosis SECARA VOLTAMMETRI MENGGUNAKAN SCREEN PRINTED CARBON ELECTRODE (SPCE) Hartati, Yeni Wahyuni; Yohan, Yohan; Nurmalasari, Ratna; Gaffar, Shabarni; Lubis, Rubianto A.
Chimica et Natura Acta Vol 4, No 2 (2016)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (204.19 KB) | DOI: 10.24198/cna.v4.n2.10674

Abstract

Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri penyebab tuberkulosis (TB). Pengembangan analisis secara biosensor DNA sangat menarik perhatian karena penerapannya mudah. Dalam penelitian ini telah dilakukan penentuan urutan pendek oligonukleotida M. tuberculosis gen RV0508 dari strain H37RV secara voltammetri pulsa differensial menggunakan screen printed carbon electrode (SPCE). Pendeteksian berdasarkan teknik hibridisasi urutan oligonukleotida probe yang diadsorpsi pada permukaan SPCE, dengan pasangan komplementernya dari DNA target, tanpa indikator hibridisasi, yaitu dengan mensubstitusi basa guanin probe dengan basa inosin. Respon hibridisasi berupa signal guanin DNA target di daerah potensial sekitar +0,9 V. Telah diperoleh korelasi linear antara arus puncak dengan konsentrasi DNA target pada rentang 5,0-20,0 µg/mL dengan batas deteksi 8,2 µg/mL.
A Rapid and Sensitive Diagnosis of Typhoid Fever Based On Nested PCR-Voltammetric DNA Biosensor Using Flagellin Gene Fragment Hartati, Yeni Wahyuni; Wyantuti, Santhy; Firdaus, M. Lutfi; Auliany, Nurul; Surbakti, Rini; Gaffar, Shabarni
Indonesian Journal of Chemistry Vol 16, No 1 (2016)
Publisher : Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (333.05 KB) | DOI: 10.22146/ijc.21182

Abstract

Typhoid fever caused by Salmonella typhi is an important issue for public health in the world. Laboratory methods for rapid and sensitive diagnosis are very important for disease management. The purpose of this study was to determine the performance of nested PCR–voltammetric DNA biosensor using flagellin gene (fla) of S. typhi as a marker. The differential pulse voltammetry using pencil graphite electrode was applied to measure the guanine oxidation signal of probes vs synthetic target stDNA and probes vs fla PCR product hybridizations. The probe DNA selectivity was examined by hybridized probes vs non-complementary sequence. The result showed that the first round nested PCR product can not be visualized by agarose electrophoresis, whereas using the voltammetric biosensor methods can be detected both for the first or second round nested PCR product. The average peak current of hybridized probe vs first and second round of PCR product was 2.32 and 1.47 μA respectively, at 0.9 V. Detection of the DNA sequences of the infectious diseases from PCR amplified real sample was also carried out using this voltammetric DNA biosensor methods.
PENGARUH KONSENTRASI PENGINDUKSI METANOL SERTA"SUMBER KARBON SORBITOL DAN MONITOL TERHADAP PRODUKSI a-AMILASE Saccharomycopsis fibuligera R64 DALAM Pichia pastoris Gaffar, Shabarni; Permana, Dani; Rahmawati, Diana P; Meirina, Triana N; Syihab, Abu Bakar M.I.; Ismayana, Safrl; Subroto, Toto; Suprijana, O
Jurnal Kimia Terapan Indonesia (Indonesian Journal of Applied Chemistry) Vol 13, No 2 (2011)
Publisher : Research Center for Chemistry - LIPI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (5297.927 KB) | DOI: 10.14203/jkti.v13i2.152

Abstract

Pichia pastoris has been widely used as host for heterologous protein expression for commercial purposes. The advantages of P. pastoris as protein expression host is its ability to grow with high cell density and the presence of a gene promoter that canbe induced tightly, named AOXI encoding alcohol oxidase. Improvement of recombinant protein production under control of AOXI promoter in P. pastoris expression system is still a major concern. Optimization of methanol concentration as inducerand addition of carbon sources, is one of the strategies to improve the expression level. This research aims to study the effect of methanol as inducer as well as sorbitol and mannitol as additional carbon source to the expression level of recombinantSaccharomycopsis fibuligera a-amylase (Sfamy) by P. pastoris (Mut). Sorbitol and manuot known as non-repressive carbon source, to increase the growth ofP. past oris, but not inhibit the AOX1 promoter and foreign proteins expression. Sfamy was expressed in P. pastoris GS115 (His-, Mut) with addition ofcarbon source, sorbitol and mannitol saparately to the expression medium. The result showed that, the optimum concentration" of methanol inducer for Sfamy production is 0.75%. The addition of sorbitol or mannitol increased Sfamy production. Concentrations of sorbitol and mannitol 2% with0.75% methanol inducer increase the secretion level of recombinant Sfamy 2.13 times and 1.94 times respectively, compared with no additional carbon source. This result indicated that addition of carbon source can improved recombinant protein production by P. pastoris, and the used of sorbitol as additionalcarbon source is more effective compared to mannitol.Key words: a-amylase. Pichid pastoris, methanol, sorbitol,mannitol.
Ekspresi Prethrombin-2 Manusia Recombinan dalamPichia pastoris dan Optimasi Kondisi Ekspresinya Gaffar, Shabarni; Upay, Purba; Maksum, Iman Permana; Hasan, Khomaini; Subroto, Toto; Enus, Sutarya; Soemitro, Soetijoso; Pertiwi, Wulan
Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology Vol 4, No 1 (2017)
Publisher : Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (566.296 KB) | DOI: 10.15416/ijpst.v4i1.9766

Abstract

Pretrombin merupakan prekursor dari trombin yang memiliki aktivitas proteolitik. Trombin merubah fibrinogen menjadi benang fibrin yang salah satu aplikasinya adalah dapat digunakan sebagai lem untuk menggantikan teknik jahitan pasca bedah. Aplikasi trombin untuk pembuatan lem fibrin menuntut diproduksinya trombin rekombinan. Tujuan dari penelitian ini adalah ekspresi gen pretrombin-2 (PT2) manusia rekombinan menggunakan sistem ekspresi Pichia pastoris. Gen pengode PT2 dirancang sesuaidengan kodon preferensi P. pastoris. Fragmen PT2 diamplifikasi dengan metoda PCR dengan penambahan sisi restriksi EcoR1 pada ujung 5? dan sisi restriksi SacII pada ujung 3?. Produk PCR yang berukuran 924 pb diligasi dengan vektor ekspresi pPICZaB untuk P. pastoris dan disubkloning dalam inang Escherichia coli. Urutan nukleotida dikonfirmasi dengan metoda dideoxy Sanger. Plasmid rekombinan pPICZaB-PT2 kemudian digunakan untuk mentransformasi P. pastoris SMD1168 defisien protease dengan metoda elektroporasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen PT2 berhasil diamplifikasi dan dikloning dalam E. coli. Analisis restriksi dan penentuan urutan DNA menunjukkan bahwa PT2 rekombinan 100% homologi dengan hasil rancangan. Hasil ekspresi PT2 oleh P. pastoris menggunakan metanol sebagai inducer memperlihatkan bahwa PT2 dengan berat molekul 35 kDa berhasil diekspresikan. Optimasi kondisi ekspresi melalui variasi konsentrasi metanol sebagai inducer dan sorbitol sebagai sumber karbon tambahan menunjukkan bahwa metanol 2% dan sorbitol 2% merupakan kondisi optimum ekspresi PT2.
DETEKSI URUTAN OLIGONUKLEOTIDA Mycobacterium tuberculosis SECARA VOLTAMMETRI MENGGUNAKAN SCREEN PRINTED CARBON ELECTRODE (SPCE) Hartati, Yeni Wahyuni; Yohan, Yohan; Nurmalasari, Ratna; Gaffar, Shabarni; Lubis, Rubianto A.
Chimica et Natura Acta Vol 4, No 2 (2016)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (204.19 KB) | DOI: 10.24198/cna.v4.n2.10674

Abstract

Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri penyebab tuberkulosis (TB). Pengembangan analisis secara biosensor DNA sangat menarik perhatian karena penerapannya mudah. Dalam penelitian ini telah dilakukan penentuan urutan pendek oligonukleotida M. tuberculosis gen RV0508 dari strain H37RV secara voltammetri pulsa differensial menggunakan screen printed carbon electrode (SPCE). Pendeteksian berdasarkan teknik hibridisasi urutan oligonukleotida probe yang diadsorpsi pada permukaan SPCE, dengan pasangan komplementernya dari DNA target, tanpa indikator hibridisasi, yaitu dengan mensubstitusi basa guanin probe dengan basa inosin. Respon hibridisasi berupa signal guanin DNA target di daerah potensial sekitar +0,9 V. Telah diperoleh korelasi linear antara arus puncak dengan konsentrasi DNA target pada rentang 5,0-20,0 µg/mL dengan batas deteksi 8,2 µg/mL.