Hotma Hutapea, Hotma
Kementerian Kesehatan Republik Indonesia

Published : 4 Documents
Articles

Found 4 Documents
Search

Diterima: 8 April 2013 Direvisi: 6 Mei 2013 Disetujui: 20 Agustus 2013 59 Kloning Fragmen DNA Pengkode Integrase (int) HIV (Human Immunodeficiency Virus) 1 Pada Escherichia Coli JM109 Hutapea, Hotma; Oktavian, Antonius
Jurnal Biotek Medisiana Indonesia Vol 2, No 2 (2013)
Publisher : Central Basic Biomedical and Health Technology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (343.914 KB)

Abstract

Human Immunodeficiency Virus (HIV) is an RNA virus. It is a lentivirus, a retrovirus member family which causes Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS). An early event in every retroviral multiplication is the integration of the viral double-stranded DNA genome into the host chromosome. The integration is facilitated by the activation of integrase.The goal of this research is to obtain the HIV integrase encoding gene. The obtained integrase ORF was intended to be cloned into cloning vector pJETclone and to transform Escherichia coli JM109. The cDNA synthesis was conducted by reverse transcription by converting the RNA genome to DNA. The obtained cDNA was amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) technique to obtain integrase encoding gene. The PCR product was inserted into the plasmid using blunt ended cloning system and was characterized using DNA gel electrophoresis and nucleotide analysis. The DNA gel electrophoresis of PCR product showed the expected band. Further characterization was conducted using nucleotide sequencing showed that the PCR product was homologue to HIV-1 integrase from Indonesia. The PCR was performed on the cloned showed DNA insert on expected size. The nucleotide analysis was conducted on the pure recombinant plasmid, the DNA was read properly.Key words: HIV-1,Iintegrase, E.coli JM109 AbstrakHIV (Human Immunodeficiency Virus) adalah virus RNA, dan termasuk ke dalam lentivirus, anggota kelompok retrovirus yang menyebabkan penyakit AIDS Acquired Immunodeficiency Syndrome. Tahap awal multiplikasi setiap retrovirus adalah integrasi genom DNA untai ganda virus ke dalam kromosom inang. Tahap integrasi ini difasilitasi oleh aktivasi enzim integrase. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh DNA pengkode integrase HIV. Kerangka baca terbuka atau Open Reading Frame (ORF) pengkode integrase yang diperoleh diklon ke vektor kloning pJETclone dan digunakan untuk mentransformasi Escherichia coli JM109. Sintesis cDNA dilakukan dengan mentranskripsi balik genom RNA menjadi DNA yang selanjutnya digunakan sebagai templat untuk amplifikasi ORF pengkode integrase dengan teknik reaksi polimerisasi berantai atau Polymerase Chain Reaction (PCR). Produk PCR selanjutnya disisipkan kedalam plasmid menggunakan sistem kloning blunt-ended dan dikarakterisasi dengan elektroforesis DNA dan analisis nukleotida. Analisis dengan elektroforesis DNA menunjukkan bahwa produk PCR berukuran sesuai dengan ukuran teoritis. Karakterisasi lebih lanjut dengan teknik analisis nukleotida menunjukkan produk PCR tersebut homolog dengan integrase HIV-1 dari Indonesia. Teknik PCR juga dilakukan terhadap klon, dan adanya produk PCR berukuran sesuai dengan ukuran teoritis menunjukkan adanya DNA sisipan. Analisis nukleotida dilakukan pada plasmid rekombinan murni dan DNA terbaca dengan baik.Keywords: HIV-1,Integrase, E.coli JM109
Teknik Long Polymerase Chain Reaction (LPCR) Untuk Perbanyakan Kerangka Baca Terbuka Gen Pengkode Polimerase Virus Hepatitis B Hutapea, Hotma; Retnoningrum, Debbie; Rahman, Ernawati Giri; Rostinawati, Tina
JURNAL PLASMA Vol 1, No 2 Jun (2015)
Publisher : Balai Penelitian dan Pengembangan Biomedis Papua

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (150.775 KB)

Abstract

Teknik PCR dapat dikembangkan untuk mengamplifikasi potongan DNA dengan ukuran panjang. Salah satu teknik yang digunakan adalah Long PCR (LPCR). Teknik LPCR sering digunakan untuk mengamplifikasi gen atau potongan DNA yang berukuran lebih panjang ketika PCR standar tidak dapat diaplikasikan untuk amplifikasi tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memperoleh kerangka baca terbuka gen pengkode polimerase virus hepatitis B (PolHBV) menggunakan metode LPCR, dan menentukan urutan nukleotida potongan DNA tersebut. Amplifikasi dilakukan menggunakan Taq polimerase. Kerangka baca terbuka gen pengkode PolHBV telah berhasil diamplifikasi dengan LPCR yang telah dimodifikasi. Hal tersebut diindikasikan dengan keberadaan pita DNA berukuran  pasangan basa (bp) pada elektroforesis gel agarosa yang mendekati ukuran teoritisnya yaitu 2532 bp. Hasil penentuan urutan nukleotida parsial menunjukkan bahwa potongan DNA yang diperoleh memiliki homologi 98% dengan gen PolHBV yang dideposit di GenBank.Technique of PCR can be improved to permit the amplification of longer DNA fragment. One of this technique is Long PCR (LPCR). LPCR is often used to amplify larger genes or large segment of DNA which standard PCR is not applicable. The objective of this study is to obtain the open reading frame of gene encoding polymerase of HBV (polHBV) using LPCR method, and to determine the nucleotide sequence of DNA fragment encoding polHBV. The amplification was conducted using Taq polymerase. The open reading frame of gene encoding polHBV was successfully amplified using modified LPCR method. It  was  identified by  a  band  between  2000 dan  3000  base  pairs  (bp) DNA marker.  The determination of nucleotide sequence informed that DNA fragment obtained was 98% homologue to the gene encoding PolHBV deposited on GenBank. .
Hubungan Jumlah Cluster of Differentiation 4 (CD4) dengan Infeksi Oportunistik Pada Pasien HIV/AIDS di Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) DOK II Jayapura Widiyanti, Mirna; Hutapea, Hotma
JURNAL BIOLOGI PAPUA Vol 7, No 1 (2015)
Publisher : JURNAL BIOLOGI PAPUA

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Human Immunodeficiency Virus (HIV) is an infection that attacks and weakens the immune system. HIV infection causes a decrease in the number of Cluster Differentiation 4 (CD4) thereby increasing the progression of the disease and lead to high risk of opportunistic infections (OI). The purpose of this study was to examine the relationship between CD4 cell count with opportunistic infections in patients infected with HIV/AIDS. Analytical research methods using cross-sectional design, by taking medical records. The population in this study were 67 patients with HIV/AIDS in the VCT Clinic Dok II Hospital Jayapura 2014. Data were processed with the Chi Square test hypotheses. Based on the results of hypothesis testing of 67 patients, there were 21 people have opportunistic infections. Tuberculosis is an opportunistic infection that is most common (17.9%). Significance of the relationship seen in the low CD4 counts (< 350 cells/mm3) and found value of 0.02 (CI 95%) which indicates that there is a relationship if p
Serologic observation and risk factor of yaws in Hamadi Public Health Center, Jayapura Sitanggang, Yuli Arisanti; Hutapea, Hotma; Suhardi, Suhardi; Maladan, Yustinus; Wahyuni, Tri; Rokmad, Muhammad Fajri
Health Science Journal of Indonesia Vol 8, No 1 (2017)
Publisher : Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (0.001 KB) | DOI: 10.22435/hsji.v8i1.6387.25-29

Abstract

Latar belakang: Penyakit frambusia masih menjadi masalah yang belum terselesaikan di Kota Jayapura sebab terdapat daerah kantong frambusia di Kota Jayapura. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan data status frambusia secara serologi dan faktor risikonya. Metode: Penelitian deskriptif yang dilakukan secara potong lintang. Pemeriksaan laboratorium standar yang digunakan berupa uji Treponema pallidum haemagglutination (TPHA) pada 322 kasus yang didiagnosis Yaws di Puskesmas Hamadi dari Januari ? Oktober 2016. Hasil: Faktor risiko frambusia berupa riwayat pernah mengalami frambusia memiliki potensi dua kali lebih besar untuk mengalami frambusia kembali. Faktor risiko frambusia meningkat dua kali lebih besar pada kasus yang kurang berperilaku hidup bersih dan sehat yaitu: jarang mandi  dan tanpa menggunakan sabun dan mempunyai kebiasaan  jarang/tidak pakai sandal. Potensi risiko meningkat tiga kali pada kebiasaan pakai handuk bersama. Kesimpulan: Secara serologi dengan TPHA yang positif didapat pada 111 sampel dari kasus dan kontak.  Periaku hidup yang kurang bersih dan sehat merupakan faktor risiko yang mempengaruhi kejadian frambusia. Kata kunci: TPHA, frambusia, faktor risiko, perilaku hidup bersih dan sehat  Background: Yaws remained an unfinished health problem in Jayapura City, as there still yaws case found. This research aimed to obtain serological prevalence data and determine the risk factors for yaws transmission in Jayapura. Methods: These was descriptive and  cross-sectional research, and TPHA was the standard laboratory test used during the research. Results: The risk factor of a frambusia in the history of having experienced frambusia has twice as much potential for experiencing frambusia again. The risk factor of frambusia has increased twice as much in less healthy behaviors: rarely bathing and without using soap and having a rare / non-slip habit. Potential risk increased three times in the habit of sharing a towel together. Conclusion: Serology with positive TPHA was obtained in 111 samples of cases and contacts. Not clean and healthy behavior is a risk factor that affects the incidence of frambusia.Keywords: TPHA, yaws, risk factor, personal hygiene