Articles
16
Documents
IDENTIFIKASI POPULASI BAKTERI DALAM SPONS PENCUCI PIRING DENGAN METODE PCR-RFLP

Chimica et Natura Acta Vol 2, No 2 (2014)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (293.895 KB)

Abstract

Spons pencuci piring 200.000 kali lebih kotor dibanding dudukan toilet. Berbagai bakteri penyebab penyakit seperti Eschericia coli, Pseudomonas dan Staphylococcus, berkembang biak di permukaan yang basah. Selain itu, 500 ribu bakteri hidup di dalam saluran pembuangan bak cuci piring. Jika spons dalam kondisi tidak kering (lembab karena direndam), maka akan menjadi markas semua bakteri. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan populasi bakteri yang terdapat pada spons cuci piring yang basah. Identifikasi dilakukan dengan metoda molekular berbasis DNA yaitu teknik PCR-RFLP gen 16s rDNA. Metoda PCR-RFLP merupakan genetik fingerprinting yang akurat, cepat dan sederhana. Koloni bakteri yang ditumbuhkan dari spons pencuci piring di lisis dan digunakan sebagai templat untuk PCR. Hasil PCR gen 16s rDNA yang berukuran 1400 pb, dipotong dengan enzim restriksi, Hinf1. Hasil penelitian menunjukkan terdapat empat pola pemotongan yang berbeda-beda. Pola yang berbeda ini menunjukkan terdapat empat populasi yang berbeda hidup pada spons basah. Kami mengidentifikasi bahwa salah satu mikroba yang tumbuh adalah E. coli yang merupakan bakteri patogen.

Codon Optimization and Chaperone Assisted Solubilization of Recombinant Human Prethrombin-2 Expressed in Escherichia coli

Microbiology Indonesia Vol 8, No 4 (2014): December 2014
Publisher : Indonesian Society for microbiology

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Prethrombin-2 (PT2) is a thrombin precursor, which plays a role in the conversion of fibrinogen into fibrin during blood clotting process. Previous study reported that the expression of human prothrombin-2 (rhPT2) in Escherichia coli formed inclusion bodies. The aim of this study was to establish a strategy to express a soluble rhPT2 in E. coli. This study was animed to design and codon optimize human prethrombin-2 gene as well as to optimize the expression condition using four strains of E. coli. The codon adaptation index (CAI) of the unoptimized hpt2 gene was 0.336, with 56.8% GC content. After optimization, the CAI of optimized hpt2 became 1.000 with 53.1% GC content. The optimized gene was successfully cloned into pTWIN1 expression vector. Expression analysis indicated that only E. coli ArcticExpress strain could successfully express a soluble recombinant rhPT2 protein, with only part of rhPT2 being expressed in insoluble form. However, the rest of the E. coli strains used in the experiments failed to express the rhPT2 in soluble form. We are deducing that the success in achieving soluble expression was not only due to the availability of chaperonins Cpn60/Cpn10, which played a crucial role in the protein folding in E. coli ArcticExpress strain, but also due to the codon optimization of hpt2 gene.

STUDI MUTASI TITIK A3243G DNA MITOKONDRIA PENYEBAB MATERNALLY INHERITED DIABETES AND DEAFNESS

Pharmaceutical Sciences and Research (PSR) Vol 5, No 3 (2008)
Publisher : Directorate of Research and Community Engagement, Universitas Indonesia

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (64.241 KB)

Abstract

Point mutation of mitochondrial DNA A3243G has been known as a cause of Mater-nally Inherited Diabetes and Deafness (MIDD). Potency of MIDD can be identified from patient phenotype of Non Insulin Dependent Diabetes Mellitus (NIDDM). The objective of this study is acquiring information about MIDD on patient of NIDDM type and obtaining the simple method to detect the point mutation of mtDNA A3243G.50 NIDDM patients were attained from RSCM Hospital, Jakarta. Information con-cerning family history with NIDDM and existences of deafness, medication, and other complication and manifestation were obtained through interview and ques-tioner. Point mutation of A3243G was determined with the method of PCR Allele’s Specific Amplification (PASA) Mismatch 2 bases and PCR-Restriction Length Poly-morphism (PCR-RFLP) with the HaeIIl restriction enzyme. Detectable Potency MIDDwas found by perceiving the patient phenotype and identifying the mutation of heteroplasmic A3243G utilizing the PASA method.Key words: MIDD, A3243G, mtDNA, PASA, PCR-RFLP.

PCR Multipleks untuk Identifikasi Mycobacterium tuberculosis Resisten terhadap Isoniazid dan Rifampisin pada Galur Lokal Balai Laboratorium Kesehatan Provinsi Jawa Barat

Jurnal Kimia VALENSI Jurnal Kimia VALENSI Volume 4, No. 2, November 2018
Publisher : Study Program of Chemistry Faculty of Sciences and Technology UIN Jakarta

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (649.2 KB)

Abstract

The incidence of multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) cases has become the biggest source of the problem in the effort to eradicate tuberculosis (TB) disease in Indonesia. MDR-TB is a resistant TB bacteria to the two, at least, first-line TB drugs, e.g., rifampin and isoniazid. Unfortunately, the current diagnostics methods to identify the MDR-TB are still slow, unspecific, and inaccurate. The purpose of this study is to identify the isoniazid- and rifampin-resistant M. tuberculosis (local strain Balai Laboratorium Kesehatan Provinsi Jawa Barat) by using multiplex PCR method. The TB bacteria colonies were cultivated in Middlebrook 7h9 broth media, which followed by the isolation of chromosomal DNA. The best PCR condition was achieved by optimizing the annealing temperature, the concentration of magnesium chloride, and a number of the cycle. Multiplex PCR was conducted with inhA1-inhA2, rpoB1- rpoB2, katG1- katG2, and B1-B2 pair primers. Furthermore, the PCR product was characterized on 2% gel agarose electrophoresis which stained by using ethidium bromide. The result showed that isoniazid- and rifampin-resistant M. tuberculosis sample could be identified using multiplex PCR, producing DNA fragments with a size of 71 bp, 124 bp 186 bp, and 200 bp. A non-MDR-TB only produced one DNA fragments with a size of 200 bp. Therefore, it can be concluded that MDR-TB and non-MDR-TB can be distinguished using multiplex PCR with a combination of four pair primers.  

Pemurnian Pretrombin-2pH Hasil Ko-Ekspresi Chaperone pada Escherichia coli ER2566 Menggunakan Sistem IMPACT

Chimica et Natura Acta Vol 5, No 2 (2017)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (420.794 KB)

Abstract

Pemurnian pretrombin-2 merupakan tahap penting dalam produksi trombin sebagai salah satu komponen lem fibrin untuk mengganti teknik jahitan pascabedah mata. Pemurnian pretrombin-2 melalui sistem IMPACT memanfaatkan aktivitas pemotongan intein yang membawa penanda afinitas chitin-binding domain dan tidak memerlukan enzim protease tambahan. Pemotongan pretrombin-2pH dari CBD-intein dapat dilakukan melalui C-terminal intein dengan induksi perubahan pH dan suhu tanpa memerlukan reagen kimia tambahan. Namun dibutuhkan kondisi pH, suhu dan waktu inkubasi yang sesuai untuk memotong pretrombin-2pH dari C-terminal intein. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan kondisi pH, suhu dan waktu inkubasi pemotongan yang dibutuhkan dalam pemurnian pretrombin-2pH dengan memanfaatkan aktivitas pemotongan C-terminal intein. Metode yang dilakukan adalah ekspresi gen CBD-intein-pt2pH menggunakan vektor pTWIN1 dalam E. coli ER2566 disertai dengan ko-ekspresi chaperone menggunakan plasmid pG-KJE8, isolasi CBD-intein-PT2pH dengan metode sonikasi, pemurnian pretrombin-2pH menggunakan sistem IMPACT, serta karakterisasi pretrombin-2pH hasil pemurnian dengan metode SDS-PAGE. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa kondisi inkubasi pemotongan yang dibutuhkan untuk mendapatkan pretrombin-2pH murni adalah pada suhu 25oC, selama 48 jam dengan perubahan pH lingkungan kolom dari 8,5 ke 7,0. Namun efisiensi pemotongan yang dihasilkan sangat kecil. Hal ini mungkin disebabkan oleh kondisi suhu dan waktu inkubasi yang belum optimum serta diduga masih terdapat reaksi proteolisis yang mendegradasi pretrombin-2pH murni yang dihasilkan.

ANALISIS NUTRISI PADA MODIFIKASI FERMENTASI BIJI KAKAO DENGAN PENAMBAHAN SACCHAROMYCES CEREVISIAE, LACTOBACILLUS PLANTARUM, ACETOBACTER ACETI, ENZIM BROMELAIN, DAN SISTEI

Indonesian Journal of Applied Sciences Vol 3, No 1 (2013)
Publisher : Universitas Padjadjaran

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (5413.179 KB)

Abstract

AbstractCocoa is one of Indonesias agricultural potential in contributing to foreign exchange. At world level, Indonesian cocoa came in third after Ivory Coast and Ghana. Until recently, production of Indonesian cocoa is dominated by unfermented beans. This leads to application discounts to Indonesias cacao up to 10-15% in international markets. Unfermented cocoa beans will have a lowquality bean because it has no chocolate flavor potential. Therefore, to obtain seeds with high quality and have high chocolate flavor, it needs a good and right fermentation method. The purpose of this study is investigating the effect of variations in the fermentation with temperature optimation and addition of S. cerevisiae, L. plantarum, A. aceti, bromelain enzyme, cysteine by incubation fermentation method toward nutritional components, free amino acids, and polyphenol of cacao beans. The purpose of this study is investigating the effect of variations in the fermentation with temperature optimation and addition of S. cerevisiae, L. plantarum, A. aceti, bromelain enzyme, cysteine by incubation fermentation method toward nutritional components and polyphenol of cacao beans. We analyzed the nutritional components i.e levels of carbohydrates, protein, fat, and the content of total polyphenol compound using Folin-Ciocalteu reagent in cocoa beans after fermentation four dan five days. Based on the nutrition profile, fermentation with the addition of S. cerevisiae, L. plantarum, A. aceti, bromelain enzyme, and cysteine can accelerate the fermentation process from five days to four days and increase nutrient content and concentration cocoa polyphenols content in beans after fermentation.Keywords: fermentation, nutrition, poliphenol, Theobroma cacao L

PROSES DEPROTEINISASI KARET ALAM (DPNR) DARI LATEKS Hevea brasiliensis Muell Arg. DENGAN CARA ENZIMATIK

Chimica et Natura Acta Vol 2, No 2 (2014)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (564.301 KB)

Abstract

Indonesia merupakan salah satu negara penghasil karet terbesar setelah Thailand. Sehubungan dengan produksi karet alam di Indonesia, kultur tanaman Hevea brasiliensis secara ekonomi sangat penting bagi negara tropis penghasil karet. Salah satu peluang dari pemanfaatan lateks H. brasiliensis adalah dengan memproduksi karet densitas rendah yang memiliki kadar protein yang rendah untuk digunakan sebagai bahan pembuatan sponge untuk pipa apung lepas pantai atau sarung tangan, alat kontrasepsi (kondom), dan lain-lain. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menghasilkan karet alam yang memiliki densitas rendah, serta kandungan nitrogen total yang rendah,melalui sentrifugasi dan proses deproteinisasi dengan penambahan enzim protease(papain)dan kombinasi denaturan (β-merkaptoetanol dan SDS) pada fraksi karet dari lateksH. brasilliensis Muell Arg. Klon PR 255. Lateks disentrifugasi pada suhu 0oC dengan kecepatan 4.000 rpm selama 180 menit dan 19.000 rpm selama 60 menit. Lateks akan terpisah menjadi tiga fraksi utama; yaitu fraksi karet (atas), C serum (tengah) dan partikel koloid (bawah). Fraksi karet diperlakukan dengan tiga variasi enzimatik. Enzimatik A, dilakukan penambahan enzim papain. Enzimatik B, dilakukan penambahan enzim papain, deterjen SDS dan β-merkaptoetanol secara bersamaan. Enzimatik C, dilakukan penambahan deterjen SDS dan β-merkaptoetanol terlebih dahulu, setelah diinkubasi selama 24 jam dilakukan penambahan enzim papain. Proses inkubasi dilakukan selama 48 dan 96 jam, pada suhu 37oC. Densitas karet dan kadar nitrogen total dari fraksi karet sebelum dan sesudah proses enzimatik dianalisis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kondisi optimal penurunan kadar nitrogen didapat pada kecepatan 19.000 rpm selama 60 menit (waktuinkubasi selama 96 jam) yaitu sebesar 88,26% dengan kadar nitrogen total sebesar 0,05% (menurundarikadar nitrogen awal 0,40%) sertadensitasnyasebesar 0,8086 g/mL (menurun dari densitas awal 0,9287g/mL).Kadar nitrogen total sebelum sentrifugasi sebesar 0,40%, dan setelah sentrifugasi sebesar 0,30%. Densitas karet tanpa sentrifugasi, sesudah sentrifugasi pada kecepatan 4.000 rpm dan sesudah proses enzimatik C masing-masing sebesar 0,9287; 0,8986 dan 0,8168 g/mL.Sedangkan untuk kecepatan 19.000 rpm, densitas karet tanpa sentrifugasi, setelah sentrifugasi dan setelah proses enzimatik C masing-masing sebesar 0,9287; 0,8890dan 0,8086 g/mL.

FERMENTASI BIAK RENDAM MOLASES DENGAN Aspergillus niger UNTUK PRODUKSI ASAM SITRAT

Chimica et Natura Acta Vol 3, No 1 (2015)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (341.699 KB)

Abstract

Asam sitrat terdapat melimpah di alam dan dihasilkan sebagai salah satu zat antara pada siklus asam sitrat saat karbohidrat dioksidasi menjadi karbondioksida. Asam sitrat merupakan penyebab rasa asam pada berbagai buah seperti jeruk, nanas dan pir. Karena kelarutannya yang tinggi, rasanya yang enak dan toksisitasnya yang rendah maka asam sitrat banyak digunakan dalam industri makanan, minuman dan obat-obatan. Salah satu metode yang digunakan untuk produksi asam sitrat adalah dengan metode fermentasi. Aspergilus niger merupakan salah satu mikroorganisme yang dapat digunakan pada proses produksi asam sitrat. Produksi asam sitrat pada penelitian ini dilakukan dengan tahap pemeliharaan A. niger pada media agar miring, aktivasi kultur A. niger dalam inokulum dan produksi asam sitrat dalam media fermentasi yang mengandung 20, 25, 30 dan 35% konsentrasi molase dengan metode biak rendam. Analisis yang dilakukan mencakup perubahan pH, berat kering sel, konsumsi gula pereduksi, serta konsentrasi asam sitrat yang dihasilkan. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa asam sitrat paling banyak diproduksi pada media yang mengandung 30% molase, yaitu diperoleh 85,8 g/L asam sitrat.

Ekspresi Prethrombin-2 Manusia Recombinan dalamPichia pastoris dan Optimasi Kondisi Ekspresinya

Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology Vol 4, No 1 (2017)
Publisher : Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (566.296 KB)

Abstract

Pretrombin merupakan prekursor dari trombin yang memiliki aktivitas proteolitik. Trombin merubah fibrinogen menjadi benang fibrin yang salah satu aplikasinya adalah dapat digunakan sebagai lem untuk menggantikan teknik jahitan pasca bedah. Aplikasi trombin untuk pembuatan lem fibrin menuntut diproduksinya trombin rekombinan. Tujuan dari penelitian ini adalah ekspresi gen pretrombin-2 (PT2) manusia rekombinan menggunakan sistem ekspresi Pichia pastoris. Gen pengode PT2 dirancang sesuaidengan kodon preferensi P. pastoris. Fragmen PT2 diamplifikasi dengan metoda PCR dengan penambahan sisi restriksi EcoR1 pada ujung 5’ dan sisi restriksi SacII pada ujung 3’. Produk PCR yang berukuran 924 pb diligasi dengan vektor ekspresi pPICZaB untuk P. pastoris dan disubkloning dalam inang Escherichia coli. Urutan nukleotida dikonfirmasi dengan metoda dideoxy Sanger. Plasmid rekombinan pPICZaB-PT2 kemudian digunakan untuk mentransformasi P. pastoris SMD1168 defisien protease dengan metoda elektroporasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen PT2 berhasil diamplifikasi dan dikloning dalam E. coli. Analisis restriksi dan penentuan urutan DNA menunjukkan bahwa PT2 rekombinan 100% homologi dengan hasil rancangan. Hasil ekspresi PT2 oleh P. pastoris menggunakan metanol sebagai inducer memperlihatkan bahwa PT2 dengan berat molekul 35 kDa berhasil diekspresikan. Optimasi kondisi ekspresi melalui variasi konsentrasi metanol sebagai inducer dan sorbitol sebagai sumber karbon tambahan menunjukkan bahwa metanol 2% dan sorbitol 2% merupakan kondisi optimum ekspresi PT2.

Serum Otologus dan human Epidermal Growth Factor (hEGF) Mempercepat Proliferasi dan Migrasi Keratinosit pada Proses Re-Epitelisasi

Majalah Kedokteran Bandung Vol 48, No 4 (2016)
Publisher : Faculty of Medicine, Universitas Padjadjaran

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Penggunaan serum otologus merupakan pendekatan terapeutik yang direkomendasikan untuk mengobati beberapa jenis penyakit yang bersifat kronis, menahun bahkan dapat bertahan seumur hidup. Serum otologus mengandung epidermal growth factor (EGF) yang dapat menstimulasi proses migrasi dan proliferasi keratinosit pada proses re-epitelisasi dalam penyembuhan luka. Penambahan hEGF pada serum otologus dilakukan sebagai upaya untuk mempercepat proses penyembuhan luka. Pengujian aktivitas dilakukan dengan mengukur proliferasi dan migrasi sel keratinosit menggunakan cell line HaCaT. Proliferasi sel diukur dengan metode Water Soluble Tetrazolium-8 (WST-8) dan migrasi sel diukur dengan metode Scratch Assay. Variasi konsentrasi hEGF yang ditambahkan adalah 0,5; 1; 5; 10; 25 dan 50 ng/mL. Terdapat perbedaan yang bermakna pada hasil proliferasi sel HaCaT yang ditambahkan hEGF dan konsentrasi optimal pada penambahan hEGF 25 ng/mL (p<0,05), sedangkan penambahan variasi konsentrasi hEGF pada serum otologus tidak menunjukkan perbedaan yang bermakna terhadap proliferasi sel HaCaT (p>0,05). Penambahan hEGF pada serum otologus terlihat peranannya dalam mempercepat laju migrasi sel. Dalam waktu 18 jam, persentasi migrasi sel HaCaT yang diberikan hEGF dan serum otologus adalah 55–70% kemudian menjadi 65–80% dalam waktu 24 jam, sedangkan yang diberikan hEGF saja 25–45% dan dalam waktu 24 jam meningkat menjadi 35-70%. [MKB. 2016;48(4):205–10]Kata kunci: hEGF, proliferasi dan migrasi, re-epitelisasi, serum otologusAutologous Serum and human Epidermal Growth Factor (hEGF) Accelerate Keratinocyte Proliferation and Migration during Re-epithelialization ProcessAbstractAutologous serum is used as a therapeutic approach recommended to treat certain types of chronic diseases that can even last a lifetime. Autologous serum contains Epidermal Growth Factor (EGF), which can stimulate the migration and proliferation of keratinocytes in the re-epithelialization process in wound healing. The addition of hEGF on autologous serum is a part of efforts to accelerate the wound healing process. Tests were performed by measuring proliferation and migration activities of keratinocytes cells using HaCaT cell line. The cell proliferation was measured using Water Soluble Tetrazolium-8 (WST-8) method while the cell migration was measured using Scratch Assay method. Variations in the concentration of hEGF added were 0.5, 1, 5, 10, 25, and 50 ng / mL. There were significant differences in the results of cell proliferation in hEGF-added HaCaTcells and the optimum concentration was seen in 25 ng/mL hEGF group (p <0.05). On the contrary, the addition of various concentrations of hEGF in autologous serum resulted in no significant difference in HaCaT cell proliferation (p>0 , 05). The addition of hEGF and autologous serum showed a visible role in accelerating the pace of cell migration. Within 18 hours, the percentage of cell migration in HaCaT cells added by hEGF and autologous serum reaches 55-70% and then 65-80% within 24 hours while HaCaT cells that receive hEGF only only reaches 25-45% cell migration which increases to 35-70% within 24 hours. [MKB. 2016;48(4):205–10]Key words: Autologous serum, hEGF, proliferation and migration, re-epithelialization