I Made Tasma
Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development, Jl. Tentara Pelajar 3A, Bogor 16111, Indonesia Phone (+62-251) 8337975

Published : 19 Documents
Articles

Found 1 Documents
Search
Journal : Jurnal Penelitian dan Pengembangan Pertanian

PEMANFAATAN TEKNOLOGI SEKUENSING GENOM UNTUK MEMPERCEPAT PROGRAM PEMULIAAN TANAMAN Tasma, I Made
Jurnal Penelitian dan Pengembangan Pertanian Vol 34, No 4 (2015): Desember 2015
Publisher : Pusat Perpustakaan dan Penyebaran Teknologi Pertanian

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (221.649 KB)

Abstract

Sumber daya genetik (SDG) tanaman menyediakan materi dasar untuk program pemuliaan tanaman. Namun, baru sebagian kecil (<1%) koleksi SDG yang dimanfaatkan untuk pemuliaan tanaman. Karakterisasi SDG sudah banyak dilakukan dengan menggunakan karakter morfologi, namun metode ini lambat, menyita waktu, dan memerlukan banyak tenaga. Teknologi sekuensing modern menghasilkan peta genom rujukan suatu spesies tanaman yang   dapat mempercepat karakterisasi SDG menggunakan teknik next generation sequencing (NGS). Tulisan ini mengulas pemanfaatan teknologi sekuensing genom untuk karakterisasi, proteksi, dan pemanfaatan SDG untuk mempercepat program pemuliaan tanaman. Di Indonesia, teknologi NGS telah dimanfaatkan sejak 2010 untuk resekuensing genom komoditas unggulan nasional seperti kedelai, kakao, jagung, dan cabai merah. Jutaan SNP dan Indel telah diidentifikasi pada setiap komoditas sebagai sumber daya pemuliaan yang bernilai tinggi. Sebagian kecil SNP/Indel tersebut berada pada protein coding region yang potensial untuk penemuan gen-gen unggul. Selain SNP yang diidentifikasi pada semua genotipe, ditemukan SNP pada genotipe tertentu (SNP unik). Koleksi SNP dalam jumlah besar ini digunakan untuk mensintesis SNP chip untuk genotyping SDG secara cepat dan komprehensif. Didukung data fenotipe, SNP chip bermanfaat untuk melabel gen-gen unggul. Marka SNP yang berpautan dengan karakter unggul digunakan untuk menyeleksi individu pembawa karakter unggul tersebut. Dengan teknologi NGS, perakitan VUB tanaman dapat dilakukan lebih cepat, akurat, dan efisien. Dengan demikian, teknologi NGS dapat memfasilitasi karakterisasi dan pemanfaatan SDG untuk mem-percepat program pemuliaan tanaman.