Iqmal Tahir
Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry, Universitas Gadjah Mada, Sekip Utara Yogyakarta 55281

Published : 50 Documents
Articles

PENGGUNAAN METODE SEMIEMPIRIK PM3 UNTUK EVALUASI INTERAKSI ALLOPURINOL–ASAM METAKRILAT UNTUK SINTESIS POLIMER TERCETAK MOLEKUL

CHEMISTRY PROGRESS Vol 5, No 1 (2012)
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Tahir dkk., 2012. Penggunaan Metode Semiempirik PM3 Untuk Evaluasi Interaksi Allopurinol–Asam MetakrilatUntuk Sintesis Polimer Tercetak Molekul. Polimer tercetak molekul untuk aplikasi sensor allopurinol berbasis Quartz Crystal Microbalance dapatdirancang dengan pemodelan molekul menggunakan metoda mekanika kuantum-semiempirik PM3. Kajianditentukan berdasarkan interaksi molekular antara allopurinol sebagai templat dan asam metakrilat sebagaimonomer fungsional, sehingga diperoleh rasio mol antara allopurinol dan asam metakrilat secara teoritik.Pemodelan molekul dilakukan dengan pendekatan perhitungan mekanika kuantum semi empirik PM3 padaperangkat lunak Hyperchem 8.0. Hasil penelitian menunjukkan interaksi yang terbentuk melibatkan interaksinon kovalen terutama ikatan hidrogen. Kestabilan struktur pre kompleks dari allopurinol – asam metakrilatpaling tinggi pada rasio mol 1:3 yang digunakan sebagai rekomendasi rasio mol untuk sintesis polimer tercetakallopurinol.Kata kunci : allopurinol, asam metakrilat, semiempirik PM3, polimer tercetak molekul, Quartz Crystal MicrobalanceTahir et al., 2012. Use of PM3 Semiempirical Method to Evaluate of Allopurinol-Methacrylic Acids Interactionfor Synthesis of Molecular Imprinted Polymer. Molecular imprinted polymer of allopurinol for sensing application based on Quartz Crystal Microbalance can bedesigned using molecular modeling applying quantum mechanics-PM3 semiempirical calculation. The study isperformed theoretically by evaluating of the molecular interaction between allopurinol as templat molecule andmethacrylic acids as functional monomer molecules. All of the calculation is run on PM3 semiempirical levelusing HyperChem Software. The result showed that the existences of interaction are formed by non covalentbinding especially hydrogen bonding. Structure stability of pre complex between allopurinol-methacrylic acid isrelatively optimum at ratio 1:3 and it can be used as the experimental mole ratio to synthesize of allopurinolimprinted polimer.Keywords : allopurinol, methacrylic acid, semiempirical PM3, molecular imprinted polymer, QuartzCrystal Microbalance

HUBUNGAN KUANTITATIF STRUKTUR ELEKTRONIK DAN AKTIVITAS ANTITUMOR SENYAWA TURUNAN AMINO PIRIMIDO ISOKUINOLIN KUINON DENGAN PENDEKATAN REGRESI KOMPONEN UTAMA

CHEMISTRY PROGRESS Vol 6, No 1 (2013)
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1024.725 KB)

Abstract

Tujuan penelitian ini yaitu menganalisis Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas (HKSA) turunan amino pirimidoisokuinolin kuinon yang berkhasiat sebagai antitumor telah dilakukan dengan menggunakan pendekatan regresikomponen utama. Data aktivitas biologis yang digunakan pada penelitian ini merupakan aktivitas senyawamelawan sel tumor AGS (Human Gastric Adenocarcinoma Cell Line) dalam ukuran log IC 50 . Sebagai deskriptordigunakan muatan atom bersih bersih (q) pada kerangka struktur senyawa dari hasil optimasi geometrimenggunakan perhitungan mekanika kuantum semiempirik AM1. Analisis komponen utama dilakukan sebelum proses regresi untuk mendapatkan variabel laten yang merupakan hasil transformasi data deskriptor muatanatom bersih (q). Dengan pendekatan regresi komponen utama diperoleh keterkaitan erat antara log IC 50 dan q yang direpresentasikan dengan persamaan HKSA berikut :log IC 50 = 0,671 - 0,041.x 1 + 0,232.x 2 + 0,270.x 3 - 0,087.x 4 + 0,105.x 5dengan, n = 27, r = 0,762, SE = 0,362, F hitung /F tabel = 2,168.Quantitative Structure Activity Relationship (QSAR) analysis of amino-pyrimido-isoquinolin-quinone analoguesas antitumor compound has been done using principal component regression approaches. Biological activitydata that used in this research were the activity against tumor cell AGS (Human Gastric Adenocarcinoma CellLine) as log IC 50 values. Atomic net charges (q) in the skeleton of the compound have been selected asdescriptors and all data were resulted by geometry optimization using AM1 semiempirical quantum mechanicscalculations. Principle component analysis has been performed before regression process to produce latentvariables by transformation of the descriptors. Based on principle component regression approaches, there isa selected quantitative relationship between log IC 50 to the descriptors that was shown by QSAR equation below:log IC 50 = 0.671 – 0.041.x 1 + 0.232.x 2 + 0.270.x 3 – 0.087.x 4 + 0.105.x 5with, n = 27, r = 0.762, SE = 0.362, F calc. /F table = 2.168.

MOLECULAR MODELING STUDY OF BORIC ACID IMPRINTED POLYMER FOR QUARTZ CRYSTAL MICROBALANCE APPLICATION

Journal of Chemistry Vol. 6, No. 2 Juli 2012
Publisher : Journal of Chemistry

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Design of boric acid imprinted polymer has Been conducted using molecular modeling approach to fabricate thYn film for sensor applications on quartz crystal microbalance. The study was carried out to find an optimum mole ratio between boric acid as the template and methacrylic acid as functional monomer. Molecular modeling was performed using AM1 semiempirical – quantum mechanics on Hyperchem 8.0 software. The result showed was stabilite of supramolecular structure between boric acid and methacrylic acid on ratios of 1:3 and 1:6. Recommendation of boric acid imprinted polymer is suggested to synthesize on mole ratio of 1:3.

CALCULATION OF DESCRIPTOR WITH ANION SALTS: QUANTITAVE STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP ANALYSIS OF ANTIMALARIAL 1,10-PHENANTHROLINE DERIVATIVES COMPOUNDS

MARINA CHIMICA ACTA Vol 1
Publisher : Universitas Hasanuddin

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (256.254 KB)

Abstract

The calculation of descriptor with anion salts of series 1,10-phenanthroline derivatives as antiplasmodial compounds have been carry out. Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR) analysis of a series of 1,10-phenanthroline derivatives have been conducted using atomic net charges (q), dipole moment (μ) ELUMO, EHOMO, polarizability (α) and log P as the descriptors. The descriptors were obtained from computational chemistry method using semi-empirical PM3. Antiplasmodial activities were taken as the activity of the drugs against chloroquine-resistant Plasmodium falciparum FCR3 strain and are presented as the value of ln (1/IC50) where IC50 is an effective concentration inhibiting 50% of the parasite growth. The best model of QSAR model was determined by multiple linear regression method and giving equation of QSAR: ln 1/IC50 = 15.29 – (12.399)qC2 + (106.149)qC5 + (71.572)qC6 + (82.445) qC7 – (4.801)qC8 + (73.828)qN10 – (34.446)qC12 – (6.020) ELUMO – (0.033)polarisabilitas – (0.283)log P. The equation was significant on the 95% level with statistical parameters: n=16; r=0.998; r2= 0.996; SE=0.146;  Fcalc/Ftable = 44.69 and gave the PRESS=0.095. Its means that there were only a relatively few deviations between the experimental and theoretical data of antimalarial activity. Keywords : Anion garam, QSAR analysis, antimalarial,  1,10-phenanthroline.

Optimisasi Rasio Diazinon/Asam Metakrilat Secara Teoritik Berdasarkan Metoda Semiempirik Am1 Untuk Sintesis Polimer Tercetak Molekul

Jurnal Sains dan Terapan Kimia Vol 7, No 2 (2013)
Publisher : Jurnal Sains dan Terapan Kimia

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Rasio optimum diazinon/asam metakrilat pada desain polimer tercetak molekul untuk aplikasi sensor diazinon berbasis quartz crystal microbalance telah ditentukan secara teoritik menggunakan perhitungan mekanika kuantum semiempirik AM1. Kajian ditentukan berdasarkan pemodelan molekul yang mempelajari interaksi non kovalen antara diazinon sebagai templat dan asam metakrilat sebagai monomer fungsional. Analisis dilakukan untuk mencari kestabilan komplek yang terbentuk dengan berdasarkan parameter energi interaksi antara diazinon dan asam metakrilat yang dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak Hyperchem 7.5.  Hasil penelitian menunjukkan pembentukan komplek stabil terjadi dengan melibatkan  ikatan hidrogen.  Untuk kompleks dengan energi interaksi optimum diperoleh dari komplek diazinon/asam metakrilat dengan rasio 1:3, yang kemudian direkomendasikan sebagai rasio mol optimum pada sintesis polimer tercetak diazinon.   Kata kunci : diazinon, asam metakrilat, semiempirik AM1, polimer tercetak molekul, Quartz Crystal Microbalance

Penggunaan Metode Semiempirik AM1 Untuk Pemilihan Monomer Fungsional Efektif Pada Prasintesis Polimer Tercetak Diazinon

VALENSI Vol 3, No 1 (2013): Jurnal Kimia Valensi Volume 3//No.1//Mei 2013
Publisher : Program Studi Kimia, Fakultas Sains dan Teknologi, UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Abstrak   Pemilihan monomer fungsional yang efektif untuk sintesis Molecular Imprinted Polymer (MIP) untuk diazinon telah dilakukan dengan pendekatan kimia komputasi dengan menerapkan metode semiempirik AM1 (Austin Model 1). Proses seleksi menggunakan parameter momen dipol, energi interaksi, dan ikatan hidrogen yang terbentuk. Energi interaksi yang optimum menunjukkan kompleks yang terbentuk stabil dan mengindikasikan MIP akan dapat terbentuk baik. Semua perhitungan pada penelitian ini dilakukan dengan menggunakan software Hyperchem 7.5. Hasil penelitian menunjukkan monomer fungsional efektif untuk prasintesis polimer tercetak diazinon yaitu akrilamida, asam akrilat, asam metakrilat, hidroksi etil metakrilat, asam urokanat, asam itakonat, dan asam urokanat etil ester. Hasil ini secara teoritik dapat memberikan informasi mengenai monomer fungsional efektif yang dapat digunakan sebagai pertimbangan sintesis MIP untuk diazinon dengan selektivitas relatif baik. Kata kunci: monomer fungsional, semiempirik AM1, energi interaksi, diazinon, MIP Abstract Selection of the effective functional monomer for MIP synthesis of diazinon has been done using computational chemistry approach applying AM1 (Austin Model 1) semiempirical method. Selection processes have been done based on dipole moment, interaction energy, and hydrogen bonding parameters. An optimum interaction energy shows stability complex and it indicates a good MIP produced by diazinon and the monomers. All calculations on this paper is run using Hyperchem 7.5 software. The result showed that the effective functional monomers for presynthesis of diazinon imprinted polymer are acrylamide, acrylic acid, methacrylic acid, hydroxyethyl methacrylate, urocanic acid, itaconic acid, and urocanic acid ethyl ester. Theoretically this result is expected as an early information to synthesis MIP of diazinon with good selectivity. Keywords: functional monomer, AM1 semiempirical, interaction energy, diazinon, MIP

Penggunaan Metode Semiempirik AM1 Untuk Pemilihan Monomer Fungsional Efektif Pada Prasintesis Polimer Tercetak Diazinon

VALENSI Vol 3, No 1 (2013): Jurnal Kimia Valensi Volume 3//No.1//Mei 2013
Publisher : Program Studi Kimia, Fakultas Sains dan Teknologi, UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (555.621 KB)

Abstract

Pemilihan monomer fungsional yang efektif untuk sintesis Molecular Imprinted Polymer (MIP)untuk diazinon dapat dilakukan dengan pendekatan kimia komputasi dengan menerapkan metode semiempirik AM1. Proses seleksi menggunakan parametermomen dipol, energi interaksi, dan ikatan hidrogen yang terbentuk. Energi interaksi yang optimum menunjukkan kompleks yang terbentuk stabildan mengindikasikan MIP akan dapat terbentuk baik.Semua perhitungan pada penelitian ini dilakukan dengan menggunakan software Hyperchem 7.5. Hasil penelitian menunjukkan monomer fungsional efektif untuk prasintesis polimer tercetak diazinon yaitu akrilamida, asam akrilat, asam metakrilat, hidroksi etil metakrilat, asam urokanat, asam itakonat, dan asam urokanat etil ester. Hasil ini secara teoritik  dapat memberikan informasi mengenai monomer fungsional efektif yang dapat digunakan sebagai pertimbangan sintesis MIP untuk diazinon dengan selektivitas relatif baik.

Karakterisasi dan Aplikasi Katalis Nikel-Molibdenum Teremban pada Zeolit Alam Aktif untuk Hidrorengkah Tir Batubara

Jurnal Natur Indonesia Vol 16, No 1 (2014)
Publisher : Jurnal Natur Indonesia

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (743.026 KB)

Abstract

Preparation and characterization of nickel-molybdenum catalysts supported on activated natural zeolite over hydrorackingof coal tar have been done. Modification of catalyst was included activation of zeolite by HCl 6N, wet impregnation of Ni-Mo metal and leaching the Ni-Mo from zeolite surfaces with EDTA solution.The parameters of catalyst have been determinedi.e acid site number, the ratio of Si/Al, crystallinity, content of Ni-Mo metal, specific surface area, total pore volume, and poreaverage diameter. The hydrocracking of coal tar was carried out at the optimum temperature (450°C) by flowing H2 gas (flowrate of 20 mL/min) on the coal tar with ratio of feed:catalyst was 10:1. The resulting liquid product was analyzed by GC/GCMS.The result showed that catalytic hydrocracking with ZAA catalyst had the highest conversion of liquid products,which were 40.51% (w/w) compared to Ni-Mo/ZAA catalyst gave 28.61% and Ni-Mo/ZAA(E) gaves 28.06% (w/w). Thehighest light fractions (67.63% (w/w)) produced by using Ni-Mo/ZAA catalyst and the highest medium fractions wereproduced over ZAA catalyst which was 36.61% (w/w) and the highest total conversion on the product with Ni-Mo/ZAA(E)catalyst produced was 50.05% (w/w). The product analyzed with GC-MS result on the 9th highest peak showed that thehydrocracking products resulted over Ni-Mo/ZAA mostly were phenol and its derivatives.Keywords: catalyst, coal tar, hydrocracking, natural zeolite, nickel-molybdenum

APLIKASI PRINCIPAL COMPONENT REGRESION UNTUK ANALISIS QSAR SENYAWA ANTIOKSIDAN TURUNAN FLAVON/ FLAVONOL MENGGUNAKAN DESKRIPTOR ELEKTRONIK HASIL PERHITUNGAN METODE AM1

Berkala Ilmiah MIPA Vol 16, No 3 (2006)
Publisher : FMIPA UGM

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Telah dilakukan aplikasi teknik Principal Component Regresion (PCR) untuk analisis hubungan kuantitatif antara struktur elektronik dan aktivitas (QSAR) antioksidan dari senyawa turunan flavon / flavonol. Data aktivitas merupakan data sekunder yang diperoleh dari literatur dan masing-masing dinyatakan sebagai % aktivitas. Representasi struktur kimia berupa deskriptor elektronik meliputi muatan bersih atom dan momen dipol yang diperoleh dari hasil perhitungan metode semiempirik AM1. Evaluasi QSAR yang dilakuakan berupa analisis tahapan Principal Component Analysis (PCA) untuk mengkonversi variabel laten yang dilanjutkan dengan analisis regresi multilinier antara aktivitas dan variabel laten. Hasil penelitian ditunjukkan dengan model persamaan QSAR terpilih dengan menggunakan 4 komponen utama yang dipresentasikan dalam persamaan :%A = 212.2 + (7.196) T1-(20.593)T2-(192.906)T3+(242.706)T4; n=18; 2=0.822 Fhitung/Ftabel=1,397. Kata Kunci: QSAR, Principal Component Analysis, molecular modeling

ANALISIS SPEKTRA TRANSISI ELEKTRONIK SENYAWA TABIR SURYA MAA’S-GLY PADA KONFIGURASI DIMER DAN KONFIGURASI SOLUT-ETANOL

Berkala Ilmiah MIPA Vol 17, No 2 (2007)
Publisher : FMIPA UGM

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Telah dilakukan kajian semiempirik pengaruh interaksi ikatan hidrogen terhadap spektra transisi elektronik molekul senyawa Mycosporine Amino Acid’s like turunan Glysin (MAA’s–Gly) yang bertujuan untuk mengkoreksi akurasi pemodelan senyawa tabir surya. Kajian dilakukan dengan membuat model molekul senyawa tabir surya dan dilakukan optimasi geometri menggunakan metode semiempirik PM3 yang dilanjutkan dengan analisis spektra transisi elektronik menggunakan metode ZINDO/s. Interaksi ikatan hidrogen yang menjadi obyek penelitian adalah bentuk dimer molekul senyawa tabir surya dan ikatan hidrogen antara molekul etanol sebagai pelarut dengan molekul MAAs-Gly. Hasil kajian secara umum menunjukkan pengaruh interaksi ikatan hidrogen memberikan kecenderungan pergeseran merah namun ukuran nilai pergeseran tersebut relatif tidak signifikan mendekati nilai hasil eksperimen. Interaksi dimer ikatan hidrogen antara dua molekul MAAs-Gly memberikan pergeseran nilai maks dengan disertai perubahan jumlah transisi UV yang terjadi. Konfigurasi ikatan hidrogen antara senyawa MAAs-Gly dengan etanol menyebabkan terjadinya pergeseran nilai maks namun jumlah transisi UV yang terjadi relatif tidak berubah. Kata kunci : tabir surya, transisi elektronik, mycosporine, pemodelan molekul, PM3

Co-Authors - Mudasir, - - Roto, - A.K.M. Shafiqul Islam A.K.M. Shafiqul Islam Abdullah, Abdul Hamid Adi Syahputra Ahmad Baikuni Ajidarma Widiatmoko AKM Shafiqul Islam Andrian Saputra Anifuddin Aziz Ari Ahmadi, Ari Arifin, Yalun Armand Blaschette Astuti Tri Padmaningsih Bambang Haryo Gatut Tamtama Bambang Purwono Bambang Setiaji Dachyar Arbain Dahyar Arbain Dinni Widianingsih Dwi Julian Sugianto, Dwi Julian Dwi Retno Nurotul Wahidiyah Eko Sugiharto Emi Shaqiza Azizi Enade Perdana Istyastono Endang Tri Wahyuni Eti Nurwening Sholikhah Eva Vaulina YD Faisal Amri Faisal Amri Tanjung H. Salmah Harjono Harjono Harno Dwi Pranowo Harnowo, Harnowo Ida Puji Astuti Maryono Putri Ika Liawati Is Fatimah Istinia, Yulia Jumina - Jumina Jumina Kamalia Kamalia Kamarudin Hussin Karna Wijaya Lisa Tania Luthfi Pratama M Utoro Yahya Mahardika Agus Wijayanti Mochammad Chasani Mohammad Imaduddin Mohd Noor Ahmad Mudasir Mudasir Muhammad Hanafi Mustafa - Mustofa Mustofa Muzakky Yapin Nanik Haryanti Ngatidjo Hadipranoto Nita Susanti Puspitasari, Nita Susanti Nur Aini Nuryono Nuryono Oliver Mours Paul Robert Martin Werfette, Paul Robert Martin Peter G Jones Ponco Iswanto Ria Armunanto Roto Roto Rudatiningsih Rudatiningsih Ruslin Hadanu Sabirin Mastjeh Salmah Husseinsyah Shafiqul Islam Sibarani, Johan Sudibyo Martono Syahrul Khairi Titik Subarni Tri Joko Raharjo Triyono Triyono Tutik Dwi Wahyuningsih Umi Nur Sholikhah Wega Trisunaryanti Yoeswono Yoeswono Yuliana Yuliana Yulistia, Irza Z.H. Tengku Faisal