Articles
12
Documents
Isolation and Identification of Transforming Growth Factor β from In Vitro Matured Cumulus Oocyte Complexes

HAYATI Journal of Biosciences Vol 19, No 1 (2012): March 2012
Publisher : Bogor Agricultural University, Indonesia

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (92.482 KB)

Abstract

Transforming growth factor-β (TGF-β) is a two-chain polypeptide with molecular weight of 25 kDa which takes significant role in the steroidogenesis process. In the ovarian oocyte in particular, TGF-β has an important role in regulating reproductive function. TGF-β represents a key intrafollicular protein that regulates follicle development and aromatization process. The purpose of this research was to characterize and identify a protein fraction of TGF-β from the bovine isolated oocytes, which is synthesized during in vitro oocyte maturation process. Oocytes were collected from follicles with diameter of 3-8 mm. Oocytes were then matured in TCM 199 media supplemented with 5 μg/mg LH, 3% BSA, and 50 μg/ml gentamicin sulfate, and cultured in CO2 incubator (5%, 38.5 oC) for 20 hours. TGF-β receptors were identified immunohistochemically. Characteristics of the TGF-β protein were determined using SDS PAGE and TGF-β specification was tested using Western Blotting. The results showed that TGF-β receptors were identified and found in cumulus oocyte complexes (COCs). TGF-β protein was isolated from bovine oocytes with molecular weight 25 kDa and it was identified by Western blotting methods in the same molecular weight.

Comparative Study Of Diluter Tris And TCM-199 In Freezing Bull Sperm After Sephadex G-200 filtration

Media Veteriner Vol 6, No 4 (1999): Media Veteriner
Publisher : Media Veteriner

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (562.58 KB)

Abstract

Percobaan ini dilaksanakan di Laboratorium Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Brawijaya Malang dan Balai Inseminasi Buatan Singosari pada bulan Agustus sampai Desember 1998. Tujuan penelitian ini adalah untuk mencari metode pembekuan spermatozoa hasil seleksi jenis kelamin dengan menggunakan filtrasi sephadex G-200. Percobaan ini terdiri atas 10 kali ulangan dengan dua perlakuan yaitu krioprotektan ekstraseluler TCM- 199+ 10% serum+ 14% kuning telur dan tris aminomethan- kuning telur. Parameter yang diukur meliputi persentase motilitas, hidup, kapasitasi dan reaksi akrosom. Media TCM-199 kuning telur lebih dapat mempertahankan mutu semen dibandingkan dengan tris aminomethan kuning telur, dan proses pembekuan meningkatkan kapasitasi dan reaksi akrosom.

RECONSIDER OUR UNDERST ANDING ON BIOLOGICAL SYSTEM (A new concept driven by Nanobiology and Complexity Science)

Prosiding Seminar Biologi Vol 8, No 1 (2011): Seminar Nasional VIII Pendidikan Biologi
Publisher : Prodi Pendidikan Biologi FKIP UNS

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (4957.715 KB)

Abstract

Sistem kehidupan adalah merupakan obyek kajian yang sangat rumit, dengan demikian Biologi menjadi bidang ilmu dengan obyek penelitian paling sulit dibandingkan Kimia, Fisika dan bahkan Matematika.  Akibat dari rumitnya obyek, maka kajian di bidang Biologi dan life sciences pada umumnya, cenderung dilakukan dengan pendekatan analitik  yang  bertujuan  mengurai kerumitan sehingga memudahkan pembicaraan dalam  pengembangan  konsep dan simpulan.  Namun demikian, tetap saja kita dihadapkan pada kenyataan rumitnya sistem serta banyaknya data sehingga cenderung untuk memilih maupun memilah yang pada akhirnya melakukan penyederhanaan dan pembatasan pada hal-hal yang dianggap penting atau utama sesuai dengan kapasitas kemampuan manusiawi yang kita miliki. Aktivitas penyederhanaan  (reduksionistik)  di atas merupakan jalan mencari pengetahuan yang selama kurun waktu puluhan sampai ratusan tahun belakangan ini dianggap sebagai jalan  untuk dapat  berfikir yang dapat diandalkan untuk pengembangan ilmu-ilmu hayati.  Melalui pendekatan reduksionistik seperti tersebut ini sudah banyak pengetahuan dan rahasia sistem kehidupan diperoleh dan menjadi pengetahuan ummat berupa khasanah keilmuan. Namun demikian di sisi lain, masih sangat  banyak  pula  hal yang menjadi misteri dan  terasa  tidak akan pernah dapat dipahami  bila  dikaji dengan  cara pendekatan yang selama ini dilakukan. Dominasi jalan berfikir analitik dan reduksionistik ini menjadikan khasanah ilmu hayati bersifat parsial dan bahkan terasa hanya menjadi tumpukan  pengetahuan-pengetahuan yang sulit dirajut menjadi pengetahuan untuk memahami hakekat yang memerlukan pendekatan yang lebih komprehensif.  Kecenderungan penyerderhanaan  obyek kajian  umumnya disertai  dengan memilih bagian yang dianggap strategis dan penting.  Sebagai konsekuensinya  banyak sekali asumsi dan  sekaligus juga pengabaian fakta, Akibat dari jalan berfikir selama ini  terlihat nyata pada pada Ilmu Kedokteran ketika melakukan  upaya-upaya  mengatasi permasalahan penyakit-penyakit  yang memiliki ketidak-jelasan  antara  sebab dan akibat. Penyakit-penyakit degeneratif  maupun penyakit-penyakit kejiwaan  adalah contoh  problematika  yang dianggap  pelik  di bidang Kedokteran  yang memerlukan bahasan dengan sudut pandang baru untuk mengatatasinya. Untuk memberikan kajian yang lebih komprehensif terhadap konsep-konsep bersifat linearistik hasil pendekatan analitik-reduksionistik, maka dalam kajian Ilmu-ilmu Hayati termasuk Kedokteran perlu memanfaatan konsep-konsep Fisika Modern. Hal ini berarti  Biologi  harus  menyentuh aspek diskusi  sampai pada sistem kerja atomik maupun partikel. Dengan demikian sebuah makro molekul tidak cukup hanya didiskusikan strukturnya ataupun dibahas hanya dengan bahasa Kimia, nmaun juga harus ada bahasan tentang karakter makro molekul tersebut di aspek medan gaya energi  serta  fenomena-fenomena  gerakan sangat cepat  yang  mengabaikan asas ruang dan waktu.  Selama ini,  menurut kaidah Fisika, pendekatan  Biologi diklasifikasikan sebagai cara berfikir  Newtonian. Maksudnya,  seluruh  fakta  Biologi hanya dikembangkan dari  fenomena yang  dapat  diamati melalui  indera dan  atau dengan instrumentasi yang membantu keterbatasan indera. Basis berfikir Newtonian ini menuntut  seluruh proses hidup  perlu  digambarkan dan divisualisasikan  baik tentang  struktur, bentuk, posisi (spatial) maupun  pola dan  mengamati  kecepatan gerakannya. Ceramah kali ini  berbicara tentang pemanfaatan pandangan  Nano  Biology dalam bidang Ilmu-ilmu Hayati dengan ilustrasi kajian-kajian yang menyentuh aspek molekul dan unit penyelenggara kehidupan yang berukuran antara 1 sampai 100 nm dengan memakai konsep fisika modern. Unit-unit berukuran nano tersebut  selama ini hanya didekati melalui perspektif hukum kimia  dan Biologi  dalam  kajian-kajian Biokimia dan  Biologi Sel.    Unit-unit ini umumnya berupa makro molekul bersifat susunan komplek dari beberapa komponen monomer, mereka    bekerja sangat spesifik bahkan dianggap memiliki kecerdasan. Mereka tahu kapan,  bagaimana, dimana dan dengan siapa  mereka harus bekerja.  Namun demikian bagaimana mekanismenya, medan gaya apa yang bekerja, dan mengapa dapat tetap bekerja dengan respon sangat cepat (dalam ukuran mikro sampai piko detik) sampai saat ini tidak dibahas. Selain itu sistem kehidupan mustinya juga dipandang sebagai aliran kontinu energi dan materi yang sedang menyelenggaraan  keteraturan  tubuh yang dinamis. Dengan diasumsikan bahwa rancangan atau konsep hidup sudah ada pada molekul-molekul makro ukuran nanomener ini, maka pendekatan Fisika Modern diharapkan dapat lebih membuka tabir rahasia  atom-atom atau molekul-molekul ketika mereka  menyelenggarakan  sifat hidup.  Pemikiran baru  ini terdukung oleh perkembangan  Ilmu Komputer dan Sistem Informasi,  yang memungkinkan penerapan Complexity Science dan sedapat mungkin menghindarkan pengabaian karena semua keberadaan dianggap memiliki peranan.   Kata Kunci: Biological System, Nanobiology, Complexity Science

RECONSIDER OUR UNDERST ANDING ON BIOLOGICAL SYSTEM (A new concept driven by Nanobiology and Complexity Science)

Prosiding Seminar Biologi Vol 8, No 1 (2011): Seminar Nasional VIII Pendidikan Biologi
Publisher : Prodi Pendidikan Biologi FKIP UNS

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (4957.715 KB)

Abstract

Sistem kehidupan adalah merupakan obyek kajian yang sangat rumit, dengan demikian Biologi menjadi bidang ilmu dengan obyek penelitian paling sulit dibandingkan Kimia, Fisika dan bahkan Matematika.  Akibat dari rumitnya obyek, maka kajian di bidang Biologi dan life sciences pada umumnya, cenderung dilakukan dengan pendekatan analitik  yang  bertujuan  mengurai kerumitan sehingga memudahkan pembicaraan dalam  pengembangan  konsep dan simpulan.  Namun demikian, tetap saja kita dihadapkan pada kenyataan rumitnya sistem serta banyaknya data sehingga cenderung untuk memilih maupun memilah yang pada akhirnya melakukan penyederhanaan dan pembatasan pada hal-hal yang dianggap penting atau utama sesuai dengan kapasitas kemampuan manusiawi yang kita miliki. Aktivitas penyederhanaan  (reduksionistik)  di atas merupakan jalan mencari pengetahuan yang selama kurun waktu puluhan sampai ratusan tahun belakangan ini dianggap sebagai jalan  untuk dapat  berfikir yang dapat diandalkan untuk pengembangan ilmu-ilmu hayati.  Melalui pendekatan reduksionistik seperti tersebut ini sudah banyak pengetahuan dan rahasia sistem kehidupan diperoleh dan menjadi pengetahuan ummat berupa khasanah keilmuan. Namun demikian di sisi lain, masih sangat  banyak  pula  hal yang menjadi misteri dan  terasa  tidak akan pernah dapat dipahami  bila  dikaji dengan  cara pendekatan yang selama ini dilakukan. Dominasi jalan berfikir analitik dan reduksionistik ini menjadikan khasanah ilmu hayati bersifat parsial dan bahkan terasa hanya menjadi tumpukan  pengetahuan-pengetahuan yang sulit dirajut menjadi pengetahuan untuk memahami hakekat yang memerlukan pendekatan yang lebih komprehensif.  Kecenderungan penyerderhanaan  obyek kajian  umumnya disertai  dengan memilih bagian yang dianggap strategis dan penting.  Sebagai konsekuensinya  banyak sekali asumsi dan  sekaligus juga pengabaian fakta, Akibat dari jalan berfikir selama ini  terlihat nyata pada pada Ilmu Kedokteran ketika melakukan  upaya-upaya  mengatasi permasalahan penyakit-penyakit  yang memiliki ketidak-jelasan  antara  sebab dan akibat. Penyakit-penyakit degeneratif  maupun penyakit-penyakit kejiwaan  adalah contoh  problematika  yang dianggap  pelik  di bidang Kedokteran  yang memerlukan bahasan dengan sudut pandang baru untuk mengatatasinya. Untuk memberikan kajian yang lebih komprehensif terhadap konsep-konsep bersifat linearistik hasil pendekatan analitik-reduksionistik, maka dalam kajian Ilmu-ilmu Hayati termasuk Kedokteran perlu memanfaatan konsep-konsep Fisika Modern. Hal ini berarti  Biologi  harus  menyentuh aspek diskusi  sampai pada sistem kerja atomik maupun partikel. Dengan demikian sebuah makro molekul tidak cukup hanya didiskusikan strukturnya ataupun dibahas hanya dengan bahasa Kimia, nmaun juga harus ada bahasan tentang karakter makro molekul tersebut di aspek medan gaya energi  serta  fenomena-fenomena  gerakan sangat cepat  yang  mengabaikan asas ruang dan waktu.  Selama ini,  menurut kaidah Fisika, pendekatan  Biologi diklasifikasikan sebagai cara berfikir  Newtonian. Maksudnya,  seluruh  fakta  Biologi hanya dikembangkan dari  fenomena yang  dapat  diamati melalui  indera dan  atau dengan instrumentasi yang membantu keterbatasan indera. Basis berfikir Newtonian ini menuntut  seluruh proses hidup  perlu  digambarkan dan divisualisasikan  baik tentang  struktur, bentuk, posisi (spatial) maupun  pola dan  mengamati  kecepatan gerakannya. Ceramah kali ini  berbicara tentang pemanfaatan pandangan  Nano  Biology dalam bidang Ilmu-ilmu Hayati dengan ilustrasi kajian-kajian yang menyentuh aspek molekul dan unit penyelenggara kehidupan yang berukuran antara 1 sampai 100 nm dengan memakai konsep fisika modern. Unit-unit berukuran nano tersebut  selama ini hanya didekati melalui perspektif hukum kimia  dan Biologi  dalam  kajian-kajian Biokimia dan  Biologi Sel.    Unit-unit ini umumnya berupa makro molekul bersifat susunan komplek dari beberapa komponen monomer, mereka    bekerja sangat spesifik bahkan dianggap memiliki kecerdasan. Mereka tahu kapan,  bagaimana, dimana dan dengan siapa  mereka harus bekerja.  Namun demikian bagaimana mekanismenya, medan gaya apa yang bekerja, dan mengapa dapat tetap bekerja dengan respon sangat cepat (dalam ukuran mikro sampai piko detik) sampai saat ini tidak dibahas. Selain itu sistem kehidupan mustinya juga dipandang sebagai aliran kontinu energi dan materi yang sedang menyelenggaraan  keteraturan  tubuh yang dinamis. Dengan diasumsikan bahwa rancangan atau konsep hidup sudah ada pada molekul-molekul makro ukuran nanomener ini, maka pendekatan Fisika Modern diharapkan dapat lebih membuka tabir rahasia  atom-atom atau molekul-molekul ketika mereka  menyelenggarakan  sifat hidup.  Pemikiran baru  ini terdukung oleh perkembangan  Ilmu Komputer dan Sistem Informasi,  yang memungkinkan penerapan Complexity Science dan sedapat mungkin menghindarkan pengabaian karena semua keberadaan dianggap memiliki peranan.   Kata Kunci: Biological System, Nanobiology, Complexity Science

PENGARUH INDUKSI EPIDERMAL GROWTH FACTOR (EGF) TERHADAP PROTEIN Cx43 SELAMA EKSPANSI SEL KUMULUS

Jurnal Kedokteran Hewan Vol 6, No 1 (2012): J. Ked. Hewan
Publisher : Syiah Kuala University

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (562.406 KB)

Abstract

Tujuan penelitian ini untuk mengetahui pengaruh induksi EGF terhadap lokalisasi Cx43 dan gap junction selama ekspansi sel kumulus. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa ekspansi sel kumulus mempunyai signifikansi dengan meningkatnya konsentrasi EGF dan waktu kultur. Ekspansi sel kumulus diindikasikan dengan perubahan bentuk sel menjadi memanjang dan menyebar. Ekspresi Cx43 meningkat pada kultur jam ke-5 dan semakin meningkat pada kultur jam ke-10 dengan semakin padatnya protein pada badan sel. Pada kultur jam ke-15 terjadi penurunan ekspresi Cx43 pada badan sel. EGF berpengaruh terhadap peningkatan ekspansi sel kumulus tetapi tidak pada ekspresi Cx43 dengan bertambahnya konsentrasi dan waktu kultur. Hal ini menunjukkan bahwa komunikasi antar sel kumulus menurun, karena jarak antar sel yang semakin jauh.

Bovine And Human Zona Pellucida 3 Gene Glycans Site Prediction Using In Silico Analysis

Journal of Tropical Life Science Vol 4, No 3 (2014)
Publisher : Journal of Tropical Life Science

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Zona pellucida is one of the protective layer of the egg cell and has a function as an intermediary species-specific fertilization. Glycoproteins of human and bovine zona pellucida is composed of three types, namely ZP1, ZP2 and ZP3. ZP3 gene has amino acid sequence homology with other mammals. Oligosaccharides components of the zona pellucida glycans are composed from units of asparagine residues (N -linked) and serine/threonine (O -linked). The aims of this study was to analyze the DNA sequences of human and bovine and further predicts glycans site on amino acid sequence of human and bovine ZP3. In this study, ZP3 gene fragments have been isolated from bovine and humans were analyzed in Silico. This work were conducted by comparing the data of DNA sequence from human and bovine PCR product using NCBI BLAST. The results showed that there were similarities at amino acid positions number 23-38. bZP3 sequence had three glycans site (Asn-X-Thr/Ser) and one site on hZP3 glycans. One of the sites was conserved between the two species.

Analisis Titer Antibodi Bovine Zona Pellusida 3 (Anti-bZP3) Hasil Induksi Bovine Zona Pellusida 3 (bZP3) pada Kera (Macaca fascicularis)

The Journal of Experimental Life Science Vol 2, No 1 (2012)
Publisher : Graduate School, University of Brawijaya

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Zona pellusida 3 merupakan molekul glikoprotein yang berfungsi sebagai reseptor primer spermatozoa dalam proses fertilisasi. Bovine zona pellusida 3 (bZP3) dapat dikembangkan sebagai target antigen untuk vaksin imunokontrasepsi. Efektivitas kerja antibodi sangat dipengaruhi oleh titer antibodi. Tujuan dilakukan  penelitian ini adalah mengetahui profil titer antibodi bovine zona pellusida 3 (anti-bZP3) hasil induksi bovine zona pellusida 3 (bZP3) pada kera (Macaca fascicularis). Imunisasi bZP3 pada kera (Macaca fascicularis) dilakukan secara sub kutan (SC) menggunakan CFA (Complete Freund’s Adjuvant) untuk imunisasi pertama dan IFA (Incomplete Freund’s Adjuvant) untuk imunisasi booster 1 dan booster 2. Serum dipanen sebanyak 4 kali setelah booster 1 dan 2. Hasil analisa menunjukkan berat molekul anti-bZP3 dari kera adalah 160 kDa. Titer naik mulai minggu ketiga hingga kelima dan turun lagi setelah minggu keenam setelah imunisasi pertama (minggu pertama hingga keempat pasca booster pertama) dan titer naik kembali pada minggu ke tujuh hingga kesembilan serta turun pada minggu ke sepuluh setelah imunisasi pertama (minggu pertama hingga ke empat pasca booster kedua). Titer antibodi tertinggi dicapai pada minggu kesembilan pasca imunisasi pertama atau minggu ketiga pasca booster kedua.Kata kunci: bZP3, imunokontrasepsi, Macaca fascicularis, zona pellusida 

Direct and Indirect Effect of TNFα and IFNγ Toward Apoptosis in Breast Cancer Cells

Molecular and Cellular Biomedical Sciences Vol 2, No 2 (2018)
Publisher : Cell and BioPharmaceutical Institute

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Background: Breast cancer (BC) is the leading cause of death cancer in women. Cancer therapies using TNFα and IFNγ have been recently developed by direct effects and activation of immune responses. This study was performed to evaluate the effects of TNFα and IFNγ directly, and TNFα and IFNγ secreted by Conditioned Medium-human Wharton’s Jelly Mesenchymal Stem Cells (CM-hWJMSCs) toward apoptosis of BC cells (MCF7).Materials and Methods: BC cells were induced by TNFα and IFNγ in 175 and 350ng/mL, respectively. CM-hWJMSCs were produced by co-culture hWJMSCs and NK cells that secreted TNFα, IFNγ, perforin (Prf1), granzyme B (GzmB) for treating BC cells. The BC cells were treated with CM-hWJMSCs in 50%. The expression of apoptotic genes Bax, p53, and the antiapoptotic gene Bcl-2 were determined using RT-PCR.Results: TNFα and IFNγ at concentration of 350 ng/mL induced higher Bax expression compared to 175 ng/mL. TNFα and IFNγ 350 ng/mL, 175 ng/mL induced p53 expression, whilst TNFα and IFNγ at 350 ng/mL decreased Bcl-2 expression. Perf1, GzmB, TNFα and IFNγ-containing CM-hWJMSCs induced significantly apoptosis percentage, induced Bax expression, but did not effect p53, Bcl-2 expression.Conclusion: TNFα and IFNγ directly induce Bax, p53, decrease Bcl-2 gene expression. The Prf1, GzmB, TNFα, IFNγ-containing CM-hWJMSCs induce apoptosis and Bax expression.Keywords: breast cancer, Wharton’s Jelly mesenchymal stem cells, TNFα, IFNγ

Cigarette Smoke Induces Colorectal Carcinogenesis in Wistar Rats by Decreasing The Expression of APC, MSH2 and MLH1

Biosaintifika: Journal of Biology & Biology Education Vol 9, No 1 (2017): April 2017
Publisher : Department of Biology, Faculty of Mathematics and Sciences, Semarang State University . Ro

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Colorectal carcinogenesis induced by cigarette smoke requires at least 30-40 years. This long time duration causes an animal research conducted becomes relevant. This research was carried out to observe colorectal carcinogenesis due to cigarette smoke exposure in Wistar Rat. The observations focused on changes in epithelial morphology and expression of APC, MSH2 and MLH1. Twenty male Wistar rats inbreed strain were randomly allocated into control group and experimental group exposure to cigarettes smoke for 14 weeks and 28 weeks sequentially. Colorectal epithelial morphology was assessed on the histopathology examination, whereas the expression of APC, MSH2 and MLH1 was assessed on aspect of immunohistochemistry. The comparative analysis between the two groups was performed using non-parametric Mann-Whitney U test. Histology of colorectal epithelium showed pattern of colitis associated cancer that was significant both in 14 weeks and 28 weeks of treatment. This research indicated negative expression of APC, MSH2 and MLH1 in the colorectal cancer that were significant at 28 weeks of exposure. This research implies that chronic exposure to cigarette smoke can induce colitis associated colorectal cancer through decreased expression of APC, MSH2 and MLH1.

Effect of Ethylene Glycol Concentration and Length of Exposure on In Vitro Fertility of Bovine Oocyte

Jurnal Kedokteran Hewan Vol 4, No 2 (2010): J. Ked. Hewan
Publisher : Syiah Kuala University

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (273.813 KB)

Abstract

The purpose of the study was to determine the influence of the concentration of ethylene glycol (EG) and length of exposure to levels of bovine oocytes in vitro fertility. This research was conducted using a completely randomized design factorial 5x3 with 7 replicates. The first factor was the concentration of cryoprotectants EG 10, 20, 30, 40, and 50%. The second factor was the length of exposure 1, 3, and 5 minutes. The results showed that the concentration of EG and the length of exposure were effect on fertilized oocytes (P<0.05). The level of oocytes in vitro fertility after vitrification in 30% EG and long exposure to 3 minutes did not different (P>0.05) compared to fresh oocytes, while the EG treatment 10, 20, 40, and 50% significantly showed a lower fertility rate than the 30% EG (P<0.05). It was concluded that the concentration of EG and length of exposure were effect on fertilized oocytes. The highest oocytes in vitro fertility level were found in 30% EG concentration with 3 minutes exposure time.