Articles

Found 15 Documents
Search
Journal : Jurnal Riset Akuakultur

TOKSISITAS SEL UTUH DAN EXTRACELLULAR PRODUCT (ECP) Streptococcus agalactiae β-HEMOLITIK DAN NON-HEMOLITIK PADA IKAN NILA (Oreochromis niloticus) Suhermanto, Achmad; Sukenda, Sukenda; Zairin Jr., Muhammad; Lusiastuti, Angela Mariana; Nuryati, Sri
Jurnal Riset Akuakultur Vol 13, No 4 (2018): (Desember 2018)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (126.738 KB) | DOI: 10.15578/jra.13.4.2018.317-328

Abstract

Bakteri Streptococcus agalactiae tipe β-hemolitik dan non-hemolitik menjadi agen penyebab infeksi streptococcosis yang mengakibatkan kematian dan kerugian besar pada budidaya ikan nila. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan toksisitas sel utuh dan extracellular product (ECP) bakteri b-hemolitik dan non-hemolitik yang diinjeksikan pada ikan nila. Karakterisasi S. agalactiae berdasarkan SNI dan API 20 STREP, serta pemisahan protein dengan metode SDS-PAGE. Pengujian toksisitas dilakukan dengan cara menginjeksikan sel utuh dan ECP S. agalactiae secara intraperitoneal (IP) dengan dosis 0,1 mL ekor-1. Hasil uji biokimia, dan konfirmasi dengan API 20 STREP menunjukkan bahwa semua isolat positif S. agalactiae. Fraksinasi protein pada sel utuh bakteri diperoleh pita protein masing-masing sebanyak sembilan dan tujuh pita pada tipe β-hemolitik dan non-hemolitik. Fraksinasi ECP teridentifikasi pada β-hemolitik sebanyak tujuh pita dan non-hemolitik empat pita protein. Konsentrasi protein sel utuh dan ECP b-hemolitik lebih besar dibandingkan bakteri non-hemolitik. Gejala abnormalitas lebih cepat terjadi pada ikan nila yang diinjeksi ECP bakteri b-hemolitik dan berbanding lurus dengan kematian sebanyak 91%-100% pada jam ke-13 pascainjeksi. Hasil ini menunjukkan bahwa ECP bakteri S. agalactiae β-hemolitik lebih virulen dibandingkan tipe non-hemolitik. Hingga akhir pemeliharaan tidak ada kematian pada ikan yang diinjeksi sel utuh bakteri S. agalactiae b-hemolitik dan non-hemolitik. Studi histopatologi ikan yang diinjeksi ECP S. agalactiae pada organ hati, limpa, otak, dan ginjal menunjukkan adanya kongesti, hemoragi, dan nekrosis.The β-hemolytic and non-hemolytic biotype of Streptococcus agalactiae are the agents that cause streptococcosis infection which resulted in high mortality and major losses in tilapia culture. This study aimed to compare the toxicity of whole cell and extracellular product (ECP) b-hemolytic and non-hemolytic bacteria from injected tilapia. Characterization of S. agalactiae was based on SNI and API 20 STREP and protein separation by SDS-PAGE method. Toxicity test was carried out by injecting whole cells and ECP S. agalactiae intraperitoneally with a dose of 0.1 mL fish-1. The results of biochemical tests, with confirmation by API 20 STREP showed that all isolates were positive for S. agalactiae. Protein fractionation of whole bacterial cells obtained as many as nine and seven bands of protein in b-hemolytic and non hemolytic biotype, respectively. ECP fractionation was identified in β-hemolytic biotype as many as seven bands and four protein bands in non-hemolytic. The whole cell protein concentration and ECP β-hemolytic were higher than non-hemolytic bacteria. Symptoms of abnormalities occurred faster in tilapia which was injected with ECP b-hemolytic bacteria and had positive correlation with 91%-100% mortalities at the 13th hours post-injection. This results indicated that ECP of S. agalactiae β-hemolytic are more virulent than non-hemolytic. Until the end of the trial, there were no deaths in fish injected with whole cells of b-hemolytic and non-hemolytic S. agalactiae. Histopathological studies of ECP-injected fish S. agalactiae in the liver, spleen, brain, and kidneys showed congestion, hemorrhage, and necrosis. 
STATUS KESEHATAN IKAN LELE (Clarias gariepinus) YANG MENERIMA PAKAN BERSUPLEMEN KOMBINASI DAUN SIRIH (Piper betler leaf), JAMBU BIJI (Psidium guajava leaf), DAN KIPAHIT (Tithonia diversifolia leaf) Nafiqoh, Nunak; Sukenda, Sukenda; Junior, Muhamad Zairin; Alimuddin, Alimuddin; Lusiastuti, Angela Mariana; Avarre, Jean-Christophe
Jurnal Riset Akuakultur Vol 13, No 4 (2018): (Desember 2018)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (97.799 KB) | DOI: 10.15578/jra.13.4.2018.357-365

Abstract

Tanaman obat telah banyak digunakan sebagai bahan pencegah dan pengobatan penyakit pada ikan budidaya. Penelitian ini ditujukan untuk mengetahui status kesehatan ikan lele (C. gariepinus) yang menerima pakan dengan suplemen tanaman obat kombinasi dari daun sirih, jambu biji, dan kipahit melalui pengamatan gambaran darah dan histologi ginjal sebagai organ yang memproduksi darah. Kombinasi satu merupakan kombinasi dari ketiga daun tanaman obat masing-masing sebanyak 33%, kombinasi dua juga terdiri dari daun sirih, jambu biji, dan kipahit masing-masing sebanyak 5%:19%:76%, dan kontrol yaitu pakan tanpa penambahan tanaman obat. Gambaran darah dan histologi ginjal diamati pada minggu ketiga setelah pemberian pakan. Hasil pengamatan gambaran darah menunjukkan bahwa terdapat peningkatan jumlah sel darah merah pada ikan yang menerima pakan perlakuan dibandingkan dengan kontrol (0,4 ± 0,14). Namun tidak terdapat perbedaan nyata antara jumlah sel darah merah dari kelompok perlakuan kombinasi satu dan dua (1,5 ± 0,17 dan 1,4 ± 0,1). Jumlah sel darah putih pada kelompok perlakuan juga meningkat dibandingkan dengan kelompok kontrol (10,5 ± 0,46), namun tidak terdapat perbedaan nyata antara kelompok perlakuan kombinasi satu dan dua (15,1 ± 1,19 dan 17,6 ± 1,14). Hasil pengamatan histologi terlihat jaringan hematopoietik organ ginjal dari kelompok yang menerima perlakuan berproliferasi lebih banyak dibandingkan kelompok kontrol. Namun tidak ada pengaruh pada nilai hemoglobin dan persentase leukosit diferensiasi antara kelompok perlakuan dan kontrol. Penambahan daun tanaman obat dalam pakan ikan mampu meningkakan status kesehatan dari ikan lele.Medicinal herbs have been traditionally used as prophylactic and therapeutic supplement to treat diseases in aquaculture. This study was aimed to improve the health quality of catfish (C. gariepinus) through feeding on diets enriched with a combination of betel, guava, and tithonia as medicine by analyzing hematology and histology of kidney as blood producing organ. Diet-one was feed enrich with 33% of each plant. Diet-two was feed enriched with betel, guava, and tithonia at a proportion of 5%,19%, and 76%, respectively. Control diet was fed without the plants’ supplementation. Hematology and histology of fish kidney were observed after fish received three-week feed treatments. The results showed that there was an increase of erythrocyte levels in the treated fish groups fed with diet-one and diet-two compared with the control (0.4 ± 0.14). However, no significant differences of erythrocyte level were observed between fish groups fed with diet -one and die-two (1.5 ± 0.17 and 1.4 ± 0.1). Leucocyte levels also increased in the treated fish group with diet-one and diet-two compared to the control (10.5 ± 0.46). However, there was no significant difference of leucocyte level between the fish group feed with diet-one and diet-two (15.1 ± 1.19 and 17.6 ± 1.14). Histological observations found that there were more hematopoietic tissues in the fish kidney of proliferated treated group than the control group. However, there was no effect on hemoglobin level and leukocyte percentage differentiation between the treatment and control groups. This study concludes that medicinal herbs as enrichment ingredients in fish diet can increase the health quality of fish.
TOKSISITAS PROTEIN 89 kDa PRODUK EKSTRASELULER Streptococcus agalactiae PADA IKAN NILA (Oreochromis niloticus) Amrullah, Amrullah; Sukenda, Sukenda; Harris, Enang; Alimuddin, Alimuddin; Lusiastuti, Angela Mariana
Jurnal Riset Akuakultur Vol 10, No 3 (2015): (September 2015)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (598.612 KB) | DOI: 10.15578/jra.10.3.2015.397-403

Abstract

Identifikasi protein toksin yang bersifat antigenik dari produk ekstraselular (ECP) crude Streptococcus agalactiae penting dilakukan untuk pengembangan vaksin protein toksoid. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi toksisitas protein dengan berat molekul 89 kDa dari ECP Streptococcus agalactiae hasil fraksinasi dengan SDS-PAGE (ECPP89). Ikan nila dengan bobot sekitar 25 g masing-masing diinjeksi secara intraperitonial dengan protein ECPP89 dosis 1, 2, 4, 8, dan 16 μg/mL/ekor ikan (secara berturut-turut diberi kode ECPP89-1, ECPP89-2, ECPP89-4, ECPP89-8, dan ECPP89-16). Sebagai kontrol positif ikan diinjeksi dengan bakteri utuh S. agalactiae 1 x 104 cfu/mL (WCB) dan ECP crude S. agalactiae (ECPC), sementara kontrol negatif ikan diinjeksi larutan PBS. Ikan dipelihara selama 15 hari dengan kepadatan 10 ekor (70 L air). Hasil penelitian menunjukkan bahwa ikan nila yang diinjeksi dengan ECPP89 mengalami gejala seperti perubahan morfologi, perubahan nafsu makan, dan perubahan renang ikan. Mortalitas pada perlakuan ECPP89 secara umum lebih tinggi dibandingkan dengan ECPC, namun lebih rendah (p<0,05) dibandingkan dengan WCB. Mortalitas ikan pada perlakuan ECPP89-4, ECPP89-8, dan ECPP89-16 tidak berbeda tetapi secara signifikan lebih tinggi dibandingkan dengan ECPC dan dua dosis perlakuan ECPP89 lainnya (p<0,05). Ikan kontrol negatif tidak mengalami kematian maupun perubahan klinis. Hasil ini menunjukkan bahwa ECPP89 merupakan protein toksin dari ECP S. agalactiae.
RESPONS PERTUMBUHAN DAN KERAGAAN DARAH DARI TIGA STRAIN IKAN NILA TERHADAP PEMBERIAN HORMON PERTUMBUHAN REKOMBINAN IKAN KERAPU KERTANG Listiyowati, Nunuk; Alimuddin, Alimuddin; Sukenda, Sukenda; Setyawan, Priadi
Jurnal Riset Akuakultur Vol 10, No 4 (2015): (Desember 2015)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (578.867 KB) | DOI: 10.15578/jra.10.4.2015.481-492

Abstract

Berbagai strain ikan nila sudah berhasil dibudidayakan di Indonesia. Penelitian ini dilakukan untuk mengevaluasi penambahan hormon pertumbuhan rekombinan ikan kerapu kertang, Epinephelus lanceolatus (rElGH) dalam pakan terhadap performa pertumbuhan dan imunitas tiga strain ikan nila terhadap infeksi bakteri Streptococcus agalactiae. Tiga strain nila yang digunakan adalah strain nila biru (hasil pemuliaan di Sukamandi), srikandi (toleran salinitas tinggi dari Sukamandi) dan nirwana (hasil pemuliaan di Wanayasa)dengan kisaran rerata bobot 0,24-0,4 g/ekor dan panjang standar 1,9-2,27 cm/ekor. Ikan dipelihara dalam bak fiber bulat kapasitas 1,5 ton air sebanyak sembilan buah selama 50 hari, dengan padat tebar 200 ekor/bak. Pakan mengandung rElGH dosis 2 mg/kg pakan diberikan dua hari sekali, selama dua minggu dengan frekuensi tiga kali sehari (pagi, siang, dan sore) secara at satiation (sampai kenyang). Hasil penelitian menunjukkan ikan yang diberi rElGH memiliki pertumbuhan yang lebih baik dibandingkan kontrol, kecuali nila biru. Pertumbuhan terbaik terdapat pada nila srikandi dengan bobot 6,08 ± 1,26 g; laju pertumbuhan harian 0,12 ± 0,03 g/hari dan panjang standar 5,5 ± 0,63 cm. Ikan nila yang mendapatkan perlakuan rElGH pada pakan menunjukkan ketahanan tubuh yang berbeda ketika diuji tantang dengan bakteri S. agalactiae. Ikan nila nirwana memiliki jumlah kematian yang paling sedikit P<0,05) dibandingkan dengan ikan nila srikandi dan nila biru terhadap infeksi S. agalactiae. Nilai MTD ikan nila nirwana perlakuan rElGH dan kontrol adalah 174,3 jam dan 217,7 jam. Hasil pengamatan uji tantang menunjukkan bahwa tidak ada yang berbeda dalam parameter hematologi. Sebagai kesimpulan, strain ikan nila sangat memengaruhi efektivitas pemberian rElGH dalam memacu pertumbuhan dan imunitasnya.
DETEKSI GEN-GEN PENYANDI FAKTOR VIRULENSI PADA BAKTERI VIBRIO Kadriah, Ince Ayu Khairani; Susianingsih, Endang; Sukenda, Sukenda; Yuhana, Munti; Harris, Enang
Jurnal Riset Akuakultur Vol 6, No 1 (2011): (April 2011)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (660.041 KB) | DOI: 10.15578/jra.6.1.2011.119-130

Abstract

Penelitian untuk mendeteksi gen-gen penyandi virulensi dilakukan denganmenggunakan isolat bakteri yang diisolasi dari budidaya udang windu di berbagai daerah di Sulawesi Selatan dan Jawa. Pada penelitian ini digunakan primer spesifik untuk mendeteksi gen-gen virulen toxR gene, hemolysin (vvh) gene, dan GyrB gene dengan metode PCR. Dari 35 isolat yang diisolasi, 20 isolat terdeteksi memiliki gen virulensi dan 8 di antaranya memiliki dua gen virulen. Spesies bakteri yang memiliki gen virulen adalah: V.harveyi, V. parahaemolyticus, V. mimicus, dan V. campbelli
PENGARUH KO-INFEKSI BAKTERI Streptococcus agalactiae DENGAN Aeromonas hydrophila TERHADAP GAMBARAN HEMATOLOGI DAN HISTOPATOLOGI IKAN TILAPIA ( Oreochromis niloticus ) Sugiani, Desy; Sukenda, Sukenda; Harris, Enang; Lusiastuti, Angela Mariana
Jurnal Riset Akuakultur Vol 7, No 1 (2012): (April 2012)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1257.12 KB) | DOI: 10.15578/jra.7.1.2012.85-91

Abstract

Karakteristik hasil ko-infeksi buatan dari penyakit Streptococcosis dan MAS (Motile Aeromonas Septicemia) dapat dilihat dengan menggunakan parameter gambaran hematologi dan histopatologi. Ikan tilapia (Oreochromis niloticus) ukuran 15 g diinfeksi secara intra peritoneal dengan bakteri Streptococcus agalactiae dan Aeromonas hydrophila menggunakan dosis LD50. Perubahan pertahanan non spesifik ikan terhadap infeksi patogen dilihat dengan mengamati level hematokrit, neutrofil, limfosit, monosit, dan indeks fagositik darah ikan tilapia yang diambil dari arteri caudalis pada hari ke-3, 6, 9, 12, dan 15 setelah infeksi. Hasil analisis perubahan level hematokrit dan limfosit lebih tinggi dibandingkan dengan kontrol, level neutrofil lebih rendah dibandingkan dengan kontrol, dan level monosit dan indeks fagositik fluktuatif selama masa perlakuan memperlihatkan adanya homeostasi gambaran darah ikan terhadap serangan infeksi antigen. Hasil histopatologi organ ginjal, otak, hati, dan limfa memperlihatkan dua pola karakter luka. Pola pertama, luka yang focal sampai terlihat adanya inflamasi dan perdarahan. Pola kedua, luka yang multifocal, luka parah (acute), nekrotik, dan luka inflamasi yang mengakibatkan deformasi sel-sel organ.
SELEKSI BAKTERI PROBIOTIK UNTUK BIOKONTROL VIBRIOSIS PADA LARVA UDANG WINDU, Penaeus monodon MENGGUNAKAN CARA KULTUR BERSAMA Widanarni, Widanarni; Tepu, I.; Sukenda, Sukenda; Setiawati, Mia
Jurnal Riset Akuakultur Vol 4, No 1 (2009): (April 2009)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (880.757 KB) | DOI: 10.15578/jra.4.1.2009.95-105

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh bakteri probiotik yang mampu menghambat pertumbuhan Vibrio harveyi mengggunakan metode kultur bersama. Sebanyak 51 isolat kandidat probiotik berhasil diisolasi dari larva udang dan lingkungan pemeliharaannya di Balai Pengembangan Benih Ikan Air Payau dan Udang (BPBILAPU), Pangandaran serta hatcheri udang PT Biru Laut Khatulistiwa dan tambak udang intensif di Lampung. Dari total isolat tersebut setelah diseleksi secara in vitro menggunakan metode kultur bersama dipilih 3 isolat kandidat probiotik yang paling potensial dalam menekan atau menghambat pertumbuhan V. harveyi MR 5399 RfR yakni 1Ub, P20Bf, dan 10a. Ketiga isolat tersebut selanjutnya digunakan pada uji patogenisitas dan uji tantang pada larva udang windu. Hasil uji patogenisitas dengan konsentrasi bakteri 106 CFU/mL menunjukkan bahwa ketiga isolat tersebut tidak bersifat patogen pada larva udang windu. Hasil uji tantang pada larva udang juga menunjukkan bahwa ketiga isolat tersebut mampu meningkatkan sintasan larva udang windu. Nilai sintasan larva pada perlakuan yang selain diinfeksi dengan V. harveyi MR5399 RfR juga ditambah probiotik 1Ub, P20Bf, dan 10a masing-masing adalah 90,0%; 86,7%; dan 78,3% sedangkan pada perlakuan yang hanya diinfeksi dengan V. harveyi MR5399 RfR tanpa probiotik nilai sintasannya hanya mencapai 73,3%. Populasi bakteri V. harveyi pada perlakuan dengan penambahan bakteri probiotik lebih rendah dibanding perlakuan tanpa probiotik, hal ini menunjukkan kemungkinan adanya kompetisi antara bakteri V. harveyi dengan 1Ub.This research was aimed to obtain probiotic bacteria that can be used to inhibit the growth of Vibrio harveyi using co-culture method. This method succeeded in isolating 51 probiotic bacteria candidates from shrimp larva and their rearing environment in Balai Pengembangan Benih Ikan Laut Payau dan Udang (BPBILAPU), Pangandaran and shrimp hatchery of PT Biru Laut Khatulistiwa and intensively managed shrimp pond in Lampung. After in vitro selection of the total isolates using co-culture method, three most potential probiotic bacteria candidates in inhibiting or suppressing growth of V. harveyi MR 5399 RfR bacteria were chosen. The three isolates were then used in pathogenicity and challenge test in tiger shrimp larva. Results of pathogenicity test at the concentration of 106 CFU/mL bacteria showed that the three isolates were not pathogen to tiger shrimp larvae. Challenge test results in shrimp larvae also showed that the three isolates could increase survival rates of tiger shrimp larva. Larva survival rate value of treatment using V. harveyi MR5399 RfR with 1Ub, P20Bf, dan 10a probiotic were 90.0%, 86.7% dan 78.3%, respectively; whereas infection treatment merely using V. harveyi MR5399 RfR without probiotic only gave 73.3% survival rate. V. harveyi population in treatment with addition of probiotic bacteria were lower than that of without probiotic. This suggested the existence of possible competition between V. harveyi and 1Ub bacteria.
VAKSINASI IKAN TILAPIA (Oreochromis niloticus) MENGGUNAKAN VAKSIN MONOVALEN DAN BIVALEN UNTUK PENCEGAHAN PENYAKIT MOTILE AEROMONAS SEPTICEMIA DAN STREPTOCOCCOSIS Sugiani, Desy; Sukenda, Sukenda; Harris, Enang; Lusiastuti, Angela Mariana
Jurnal Riset Akuakultur Vol 8, No 2 (2013): (Agustus 2013)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (202.955 KB) | DOI: 10.15578/jra.8.2.2013.230-239

Abstract

Peningkatan respon antibodi pascavaksinasi dengan antigen tunggal dan campuran dari bakterin Aeromonas hydrophila and Streptococcus agalactiae diharapkan dapat meningkatkan daya tahan ikan tilapia (Oreochromis niloticus) terhadap penyakit Motile Aeromonas Septicemia/MAS dan Streptococcosis. Sediaan vaksin disiapkan dengan metode pembuatan dan formula yang berbeda, proses inaktifasi dilakukan dengan menambahkan 3% Neutral Buffer Formalin (NBF 10%) pada biakan bakteri dalam media tumbuh BHI dan TSB. Vaksinasi diberikan melalui injeksi intraperitoneal dengan sediaan vaksin monovalen A. hydrophila, monovalen S. agalactiae, dan bivalen A. hydrophila + S. agalactiae (Sel utuh, produk ektraselular/ECP, crude supernatan, campuran sel utuh + ECP, dan broth). Uji tantang dilakukan menggunakan dosis LD50 infeksi tunggal maupun ko-infeksi dari bakteri A. hydrophila dan S. agalactiae. Efektivitas dan keampuhan vaksin tersebut dihitung berdasarkan nilai RPS (Relative Percent Survival) dan hasil respon hematologi. Titer antibodi dapat terdeteksi setelah satu minggu pemeliharaan pasca vaksinasi. Nilai titer antar perlakuan vaksin bivalen berbeda nyata (P<0.05) dengan vaksin monovalen dan kontrol. Nilai RPS vaksin bivalen (campuran sel utuh + ECP) mencapai 100 untuk uji tantang dengan A. hydrophila dan 56,7 pada uji tantang ko-infeksi. Vaksin monovalen A. hydrophila maupun S. agalactiae hanya mampu memproteksi terhadap bakteri homolog, tidak terjadi proteksi silang di antara keduanya.
KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODE GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon Parenrengi, Andi; Alimuddin, Alimuddin; Sukenda, Sukenda; Sumantadinata, Komar; Tenriulo, Andi
Jurnal Riset Akuakultur Vol 4, No 1 (2009): (April 2009)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (434.829 KB) | DOI: 10.15578/jra.4.1.2009.1-13

Abstract

Transgenesis pada ikan merupakan sebuah teknik modern yang berpotensi besar dalam menghasilkan organisme yang memiliki karakter lebih baik melalui rekombinan DNA gen target termasuk gen anti virus dalam peningkatan resistensi pada udang. Gen anti virus PmAV (Penaeus monodon Anti Viral gene) merupakan salah satu gen pengkode anti virus yang berasal dari spesies krustase. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui karakteristik gen anti virus yang diisolasi dari udang windu, Penaeus monodon. Isolasi gen anti virus menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan selanjutnya dipurifikasi untuk sekuensing. Data yang dihasilkan dianalisis dengan program Genetyx Versi 7 dan basic local alignment search tool (BLAST). Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen anti virus PmAV yang berhasil diisolasi dari cDNA udang windu dengan panjang sekuen 520 bp yang mengkodekan 170 asam amino. BLAST-N menunjukkan tingkat similaritas yang sangat tinggi (100%) dengan gen anti virus yang ada di GeneBank. Komposisi asam amino penyusun gen anti virus yang paling besar adalah serin (10,00%), sedangkan yang terkecil adalah asam amino prolin dan lisin masing-masing 1,76%. Analisis sekuen gen dan deduksi asam amino (BLAST-P) memperlihatkan adanya C-type lectin-like domain (CTLD) yang memiliki kemiripan dengan gen C-type lectin yang diisolasi dari beberapa spesies krustase.Transgenic fish technology is a potential modern technique in producing better character organism through DNA recombinant of target genes including anti viral gene for improvement of shrimp immunity. PmAV (Penaeus monodon Anti Viral) gene is one of anti viral genes isolated from crustacean species. The research was conducted to analyze the characteristics anti viral gene isolated from tiger prawn, Penaeus monodon. Anti viral gene was isolated using Polymerase Chain Reaction (PCR) technique and then purified for sequencing. Data obtained were analyzed using Genetyx Version 7 software and basic local alignment search tool (BLAST). The results showed that the PmAV antiviral gene has been isolated from cDNA of tiger prawn at the position of approximately 520 bp consisting of 170 amino acids. BLAST-N showed high similarity (100%) compared to the other anti viral genes deposited at the GeneBank. The highest percentage of amino acid encoding anti viral gene is serine (10.00%), while the lowest is proline and lysine (1.76%). Sequence analysis and amino acid deduction (BLAST-P) revealed a C-type lectin-like domain (CTLD) that is similar with the C-type lectin gene isolated from several crustacean species.
DESAIN PRIMER SPESIFIK UNTUK DETEKSI DINI PENYAKIT VIBRIOSIS PADA UDANG PENAEID Kadriah, Ince Ayu Khairana; Susianingsih, Endang; Sukenda, Sukenda; Yuhana, Munti; Harris, Enang
Jurnal Riset Akuakultur Vol 8, No 1 (2013): (April 2013)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (858.543 KB) | DOI: 10.15578/jra.8.1.2013.131-143

Abstract

Serangan Vibriosis, yang disebabkan oleh Vibrio harveyi berpendar pada budidaya udang telah menyebabkan penurunan yang signifikan dalam produksi, baik pada pembenihan maupun di tambak pembesaran. Pengembangan metode deteksi cepat berbasis PCR (Polymerase Chain Reaction) sangat penting untuk mencegah penularan vibriosis. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengembangkan metode cepat deteksi vibriosis pada udang penaeid dengan menggunakan penanda molekuler yang spesifik. PCR berbasis deteksi gen spesifik dilakukan menggunakan primer spesifik toxR, haemolysin (vvh), dan gyrB. Dari 35 isolat, 22 isolat yang terdeteksi memiliki gen spesifik toxR, haemolysin (vvh) dan gen gyrB dan 9 isolat terdeteksi memiliki dua gen tertentu. Penanda molekuler spesifik telah dirancang menggunakan data urutan gen penyandi protein haemolysin dan gyrase. Desain pasangan primer yang didasarkan pada program perangkat lunak dari Primer3 dan secara manual menggunakan program perangkat lunak Bioedit. Tiga pasangan primer untuk gen haemolysin dan dua primer gyrase telah diperoleh dan dipilih sebagai primer.