Articles

Found 15 Documents
Search

Codon Optimization and Chaperone Assisted Solubilization of Recombinant Human Prethrombin-2 Expressed in Escherichia coli SILABAN, SARONOM; MAKSUM, IMAN PERMANA; GHAFFAR, SHABARNI; HASAN, KHOMAINI; ENUS, SUTARYA; SUBROTO, TOTO; SOEMITRO, SOETIJOSO
Microbiology Indonesia Vol 8, No 4 (2014): December 2014
Publisher : Indonesian Society for microbiology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.5454/mi.8.4.5

Abstract

Prethrombin-2 (PT2) is a thrombin precursor, which plays a role in the conversion of fibrinogen into fibrin during blood clotting process. Previous study reported that the expression of human prothrombin-2 (rhPT2) in Escherichia coli formed inclusion bodies. The aim of this study was to establish a strategy to express a soluble rhPT2 in E. coli. This study was animed to design and codon optimize human prethrombin-2 gene as well as to optimize the expression condition using four strains of E. coli. The codon adaptation index (CAI) of the unoptimized hpt2 gene was 0.336, with 56.8% GC content. After optimization, the CAI of optimized hpt2 became 1.000 with 53.1% GC content. The optimized gene was successfully cloned into pTWIN1 expression vector. Expression analysis indicated that only E. coli ArcticExpress strain could successfully express a soluble recombinant rhPT2 protein, with only part of rhPT2 being expressed in insoluble form. However, the rest of the E. coli strains used in the experiments failed to express the rhPT2 in soluble form. We are deducing that the success in achieving soluble expression was not only due to the availability of chaperonins Cpn60/Cpn10, which played a crucial role in the protein folding in E. coli ArcticExpress strain, but also due to the codon optimization of hpt2 gene.
SUKROSA DARI KULIT BATANG ALANGIUM KURZII CRAIB M.NUR, SOFYAN; SOEMITRO, SOETIJOSO; H.BAHTI, HUSEIN; J.RUMAMPUK, RYMOND; TARIGAN, PONIS
Alchemy Jurnal Penelitian Kimia Vol 1, No 1 (2002)
Publisher : Alchemy Jurnal Penelitian Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Abstrak (ina) :Suatu disakarida, sukrosa telah diisolasi dari kulit batang Alangium kurzii Craib. Metode isolasi yang dilakukan ialah kulit batangAlangium kurzii Craib kering diekstraksi dengan methanol. Selanjutnya methanol dipartisi dengan aseton. Residu tidak larut dalam aseton dikromatografi kolom dengan fasa diam silika gel dan berbagai fasa gerak diperoleh senyawa murni sukrosa sebanyak 340 mg. Penentuan struktur sukrosa tersebut dilakukan dengan cara membandingkan data spektroskopinya dengan data literatur. Rumus molekul C12H22O11 diperoleh dari gabungan data spektrum Distortionless Enhancement by Polirization Transfer (DEPT) pada resonanis magnetik inti karbon (RMI 13C) dan spectrum massa. Spektrumk resonansi magnetic inti proton (RMI-1H) menunjukkan adanya satu proton anomerik pada pergeseran kimia (?) 6,20 ppm. Spektrum RMI-13C menunjukkan dua karbon anomerik pada ? 105,9 dan 93,6 ppm. Spektrum DEPT menunjukkan adanya sinyal-sinyal sebagai berikut: tiga metilen pada ? 64,9 (C-6’);  63,0  (C-1’); 62,5 (C-6), delpan metin pada ? 93,6 (C-1); 84,4 (C-5’); 80,0 (C-3’); 75,7 (C4’); 75,2 (C-3); 74,9 (C-5); 73,5 (C-2); 71,9 (C-4); dan satu karbon kuartener pada ? 105,9 ppm (C-2’).
SOYASAPONIN SEBAGAI ADJUVAN UNTUK MENINGKATKAN IMUNOGENISITAS VAKSIN INFLUENZA BERBASIS EPITOP M2e Idar, Idar; Subroto, Toto; Soemitro, Soetijoso
Chimica et Natura Acta Vol 3, No 1 (2015)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (267.422 KB) | DOI: 10.24198/cna.v3.n1.9173

Abstract

Indonesia menempati urutan pertama di dunia dalam kasus infeksi flu burung. Vaksin flu burung yang beredar saat ini masih berbasis hemaglutinin (HA) dan Neuraminidase (NA) yang mudah mengalami mutasi. Untuk mengatasi hal tersebut, dikembangkan vaksin influenza universal yang berbasis epitop virus influenza yang lestari yaitu M2e. Namun diperlukan adjuvan untuk meningkatkan imunogenisitas M2e. Soyasaponin adalah salah satu jenis saponin yang berpotensi dikembangkan sebagai adjuvan. Dalam penelitian ini, digunakan epitop M2e yang telah dimodifikasi, M2e2-16-K-P25 dan soyasaponin I sebagai adjuvannya. Efektivitas vaksin diuji terhadap mencit galur BALB/c. Respon antibodi M2e yang dihasilkan pada serum mencit diukur dengan ELISA Berdasarkan penelitian ini, soyasaponin I terbukti dapat meningkatkan immunogenisitas epitop M2e2-16-K-P25 dengan cukup baik.
PERUBAHAN SIFAT FISIKOKIMIA TEPUNG SORGUM SETELAH HIDROLISIS PARSIAL DENGAN ENZIM α-AMILASE DARI Bacillus Sp. (TERMAMYL®) Fadhlillah, Muhammad; Ishmayana, Safri; Idar, Idar; Soemitro, Soetijoso; Subroto, Toto
Chimica et Natura Acta Vol 4, No 1 (2016)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (379.479 KB) | DOI: 10.24198/cna.v4.n1.10444

Abstract

Salah satu upaya untuk memperbaiki sifat tepung adalah dengan menggunakan perlakuan enzimatik dengan enzim α-amilase. Sifat fisikokima tepung sorgum yang sudah dihidrolisis sebagian dapat mengalami perubahan. Penelitian kelompok kami sebelumnya menunjukkan bahwa α-amilase komersial (Termamyl®) memiliki kemampuan untuk mendegradasi tepung sorgum. Pada penelitian ini sifat tepung sorgum yang telah didegradasi ditentukan yaitu mencakup volume pengembangan, viskositas, dan kristalinitas. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa terjadi penurunan volume pengembangan sebesar 60% pada suhu 95°C, penurunan suhu pembentukan pasta dari 80-85°C menjadi 70-75°C, dan pengurangan refleksi kristalit yang menunjukan perubahan kristalinitas dari semikristalin menjadi amorf pada tepung sorgum terhidrolisis bila dibandingkan dengan tepung sorgum sebelum hidrolisis.
POTENSI ENZIM α-AMILASE DARI Bacillus Sp. (TERMAMYL®) UNTUK PEMROSESAN TEPUNG SORGUM Fadhlillah, Muhammad; Soemitro, Soetijoso; Subroto, Toto
Chimica et Natura Acta Vol 3, No 3 (2015)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (288.666 KB) | DOI: 10.24198/cna.v3.n3.9218

Abstract

Tepung sorghum merupakan salah satu sumber karbohidrat non gluten yang dapat digunakan sebagai pengganti gandum. Sayangnya, makanan berbahan dasar sorgum seperti roti sorgum memiliki kecenderungan penurunan kualitas tekstur lebih cepat selama penyimpanan. α-Amilase rutin digunakan dalam pembuatan roti gandum sebagai antifirming untuk menghasilkan kualitas yang lebih baik. Pada penelitian ini dilakukan penentuan karakter enzim α-amilase komersial (Termamyl®) serta menentukan potensinya untuk digunakan dalam pemrosesan tepung sorgum. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Termamyl® memiliki kemampuan untuk memecah pati mentah. Penelitian lebih lanjut menunjukkan bahwa tepung sorgum yang diberi perlakuan Termamyl® mengubah bentuk granula pati sorgum dan juga mengurangi kandungan amilosa sebesar 27%.
Pemurnian Pretrombin-2pH Hasil Ko-Ekspresi Chaperone pada Escherichia coli ER2566 Menggunakan Sistem IMPACT Maksum, Iman Permana; Budiantoro, Ogi; Hasan, Khomaini; Soemitro, Soetijoso; Subroto, Toto
Chimica et Natura Acta Vol 5, No 2 (2017)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (420.794 KB) | DOI: 10.24198/cna.v5.n2.14605

Abstract

Pemurnian pretrombin-2 merupakan tahap penting dalam produksi trombin sebagai salah satu komponen lem fibrin untuk mengganti teknik jahitan pascabedah mata. Pemurnian pretrombin-2 melalui sistem IMPACT memanfaatkan aktivitas pemotongan intein yang membawa penanda afinitas chitin-binding domain dan tidak memerlukan enzim protease tambahan. Pemotongan pretrombin-2pH dari CBD-intein dapat dilakukan melalui C-terminal intein dengan induksi perubahan pH dan suhu tanpa memerlukan reagen kimia tambahan. Namun dibutuhkan kondisi pH, suhu dan waktu inkubasi yang sesuai untuk memotong pretrombin-2pH dari C-terminal intein. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan kondisi pH, suhu dan waktu inkubasi pemotongan yang dibutuhkan dalam pemurnian pretrombin-2pH dengan memanfaatkan aktivitas pemotongan C-terminal intein. Metode yang dilakukan adalah ekspresi gen CBD-intein-pt2pH menggunakan vektor pTWIN1 dalam E. coli ER2566 disertai dengan ko-ekspresi chaperone menggunakan plasmid pG-KJE8, isolasi CBD-intein-PT2pH dengan metode sonikasi, pemurnian pretrombin-2pH menggunakan sistem IMPACT, serta karakterisasi pretrombin-2pH hasil pemurnian dengan metode SDS-PAGE. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa kondisi inkubasi pemotongan yang dibutuhkan untuk mendapatkan pretrombin-2pH murni adalah pada suhu 25oC, selama 48 jam dengan perubahan pH lingkungan kolom dari 8,5 ke 7,0. Namun efisiensi pemotongan yang dihasilkan sangat kecil. Hal ini mungkin disebabkan oleh kondisi suhu dan waktu inkubasi yang belum optimum serta diduga masih terdapat reaksi proteolisis yang mendegradasi pretrombin-2pH murni yang dihasilkan.
Ekspresi Prethrombin-2 Manusia Recombinan dalamPichia pastoris dan Optimasi Kondisi Ekspresinya Gaffar, Shabarni; Upay, Purba; Maksum, Iman Permana; Hasan, Khomaini; Subroto, Toto; Enus, Sutarya; Soemitro, Soetijoso; Pertiwi, Wulan
Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology Vol 4, No 1 (2017)
Publisher : Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (566.296 KB) | DOI: 10.15416/ijpst.v4i1.9766

Abstract

Pretrombin merupakan prekursor dari trombin yang memiliki aktivitas proteolitik. Trombin merubah fibrinogen menjadi benang fibrin yang salah satu aplikasinya adalah dapat digunakan sebagai lem untuk menggantikan teknik jahitan pasca bedah. Aplikasi trombin untuk pembuatan lem fibrin menuntut diproduksinya trombin rekombinan. Tujuan dari penelitian ini adalah ekspresi gen pretrombin-2 (PT2) manusia rekombinan menggunakan sistem ekspresi Pichia pastoris. Gen pengode PT2 dirancang sesuaidengan kodon preferensi P. pastoris. Fragmen PT2 diamplifikasi dengan metoda PCR dengan penambahan sisi restriksi EcoR1 pada ujung 5’ dan sisi restriksi SacII pada ujung 3’. Produk PCR yang berukuran 924 pb diligasi dengan vektor ekspresi pPICZaB untuk P. pastoris dan disubkloning dalam inang Escherichia coli. Urutan nukleotida dikonfirmasi dengan metoda dideoxy Sanger. Plasmid rekombinan pPICZaB-PT2 kemudian digunakan untuk mentransformasi P. pastoris SMD1168 defisien protease dengan metoda elektroporasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen PT2 berhasil diamplifikasi dan dikloning dalam E. coli. Analisis restriksi dan penentuan urutan DNA menunjukkan bahwa PT2 rekombinan 100% homologi dengan hasil rancangan. Hasil ekspresi PT2 oleh P. pastoris menggunakan metanol sebagai inducer memperlihatkan bahwa PT2 dengan berat molekul 35 kDa berhasil diekspresikan. Optimasi kondisi ekspresi melalui variasi konsentrasi metanol sebagai inducer dan sorbitol sebagai sumber karbon tambahan menunjukkan bahwa metanol 2% dan sorbitol 2% merupakan kondisi optimum ekspresi PT2.
Cloning, Expression, and Functional Characterization of Autoactivated Human Prethrombin-2 Synthetic Gene by Using Pichia pastoris SMD1168 As a Host SUBROTO, TOTO; PERTIWI, WULAN; FADHILLAH, MUHAMMAD; HASAN, KHOMAINI; BUDIANTORO, OGI; ENUS, SUTARYA; SOEMITRO, SOETIJOSO
Microbiology Indonesia Vol 10, No 2 (2016): June 2016
Publisher : Indonesian Society for microbiology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (4368.912 KB) | DOI: 10.5454/mi.10.2.1

Abstract

Prethrombin-2 is a thrombin precursor that has important role in blood coagulation. It is the smallest precursor which is activated into thrombin by FXa prior to coagulation process. However, as a commercial theurapetic protein in fibrin sealant component, prethrombin-2 must be activated by ecarin before used. Thus, the production process of this protein needs further purification. In order to eliminate ecarin activation step and to increase production efficiency, we designed, cloned and expressed the recombinant autoactivated human prethrombin-2 in Pichia pastoris SMD1168. The variant was designed with 4 mutations, E40A, D47A, G48P, and E52A, following the result of a previous study. The synthetic variant gene was first optimized to conform with P. pastoris codon preference. The optimized synthetic gene was cloned in pD912 plasmid using XhoI and SacII restriction enzymes. The transformed P. pastoris was selected on agar plate supplemented with 1,000 µg.mL-1 Zeocin as a selection marker. This study showed that autoactivated prethrombin-2 was succesfully expressed extracellularly by P. pastoris SMD1168. The activity of recombinant autoactivated prethrombin-2 using a chromogenic substrate S-2238 was 0.540 unit/mg. Taken together, these results demonstrated that autoactivated human prethrombin-2 was successfully produced extracellularly in P. pastoris.
Heterologous Expression of α-Amylase from Saccharomycopsis fibuligera R64 and its Tyr401Trp Mutant in Pichia pastoris AMALIA, RIEZKI; ISMAYA, WANGSA TIRTA; PUSPASARI, FERNITA; HASAN, KHOMAINI; SUBROTO, TOTO; NATALIA, DESSY; SOEMITRO, SOETIJOSO
Microbiology Indonesia Vol 10, No 1 (2016): March 2016
Publisher : Indonesian Society for microbiology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1302.355 KB) | DOI: 10.5454/mi.10.1.4

Abstract

α-Amylase from Saccharomycopsis fibuligera R64 is a non-adsorbing raw-starch degrading enzyme, a unique characteristic. This character is difficult to explain in the absence of its three-dimensional structure. Here we discuss the expression of a-amylase from Saccharomycopsis fibuligera in Pichia pastoris and the effect of site directed mutagenesis on its activity. A model based on the structure of its homologs suggested mutation of codon of Tyr401 into that of a Trp residue. An activity study using whole cells P. pastoris showed similar substrate degradation rates by cells carrying either the native or mutant amylase encoding gene. However, the purified enzyme of the mutant strain showed faster starch hydrolysis.
Kajian Ekspresi Gen Pretrombin-2 Manusia Sintetik pada Escherichia coli Secara In Silico Untuk Produksi Trombin Sebagai Komponen Lem Fibrin Silaban, Saronom; Maksum, Iman Permana; Enus, Sutarya; Hasan, Khomaini; Subroto, Toto; Soemitro, Soetijoso
Jurnal Pendidikan Kimia (JPKim) Vol 8, No 1 (2016): April 2016
Publisher : Jurnal Pendidikan Kimia (JPKim)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (879.476 KB) | DOI: 10.24114/jpkim.v8i1.4425

Abstract

Abstrak. Pretrombin-2 merupakan prekursor trombin dan dapat berperan sebagai komponen lem fibrin (LF). LF merupakan biomaterial perekat yang dapat diaplikasikan sebagai pengganti teknik jahitan pasca operasi. Biomaterial ini terdiri dari trombin, fibrinogen dan faktor XIII sebagai komponen utamanya. Dalam LF, trombin rekombinan berperan sebagai enzim yang mengubah fibrinogen menjadi fibrin untuk membentuk benang-benang fibrin sehingga luka tertutup. Kajian ini bertujuan untuk memprediksi ekspresi gen pretrombin-2 (PT2) manusia sintetik pada Escherichia coli secara in silico. Urutan asam amino pretrombin-2 manusia yang diperoleh dari data GeneBank dirubah ke dalam bentuk wild type urutan nukleotida menggunakan software OPTIMIZER sesuai dengan kodon preferensi E. coli K12, Selanjutnya dianalisis dengan Graphical Codon Usage Analyzer dan dioptimasi secara menual berdasarkan preferensi kodon E. coli dari data Codon Usage Database. Untuk memprediksi tingkat ekspresinya pada inang E. coli, dipelajari kajian ekspresi PT2 secara in silico menggunakan perangkat lunak dalam jaringan OptimumGeneTM. Hasil analisis secara in silico urutan nukleotida PT2 hasil optimasi dan wild type terhadap kodon preferensi E. coli menunjukkan bahwa, persentase rata-rata kandungan GC hasil optimasi sebesar 54,71% sedangkan wild type 52,56%, PT2 hasil optimasi memiliki 100% kodon dengan frekuensi tinggi, sedangkan wild type hanya 67%, dan PT2 hasil optimasi memiliki nilai Codon Adaptasi Index  satu, sedangkan wild type hanya 0,89. Dengan demikian dapat diprediksi bahwa gen pretrombin-2 manusia sintetik kemungkinan akan diekspresikan tinggi di inang E. coli. Kata kunci: pretrombin-2, trombin, kodon preferensi, kajian ekspresi, E. coli