Sobir Sobir
Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian Institut Pertanian Bogor, Kampus IPB-Dramaga, Bogor 16680 dan Pusat Kajian Hortikultura Tropika IPB

Published : 27 Documents
Articles

Found 27 Documents
Search

Comparison Analysis for Diversity Pattern of Introduction Banana Based on Phenotypic and RAPD Markers and Estimating Correlation Between Both of Them toTheir Genomic Composition

Jurnal Agronomi Indonesia (Indonesian Journal of Agronomy) Vol 33, No 1 (2005): Jurnal Agronomi Indonesia
Publisher : Bogor Agricultural University

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Banana accessions introduced from INIBAP Transit Center (ITC) have been studied their diversity revealed on phenotypic and RAPD markers. Both of them showed different clustering pattern and not fit to genomic composition. In order to know fitness level of clustering pattern both of them, comparison analysis have done to their similarity coefficient matrix, and followed by partial correlation analysis among phenotypic traits, and genomic composition. The comparison analysis resulting very poor correlation (r = 0.491). Partially correlation analysis among traits, DNA profile, and Musa genomic composition at 95-99% confidence revealed only OPA-18 line 2 related to accessions possessed pure “Aâ€Â genome, and they were together associated to green color of petiole margins. OPD-10 line 3, significantly, associated to accessions with genome dominated “Bâ€Â, but there was no correlation between both of them to any characters. These results suggested that some primers and characters may specifically associated with certain. Key words: Comparison analysis, Correlation analysis, Introduction bananas, Musa

Pemilihan Karakter Agronomi untuk Menyusun Indeks Seleksi pada 11 Populasi Kedelai Generasi F6

Jurnal Agronomi Indonesia (Indonesian Journal of Agronomy) Vol 34, No 1 (2006): Jurnal Agronomi Indonesia
Publisher : Bogor Agricultural University

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (129.405 KB)

Abstract

High-yielding variety is one of the targets in soybean breeding program. High-yielding variety could be developed through simultaneous selection. Simultaneous selection  using selection index was more efficient  than selection based on an individual trait only.  Objective of  the research was to select agronomic characters for construction selection index  on 11 soybean populations F6 generation based on correlation analysis, path analysis, and heritability.  The correlation analysis  showed that  number of branch,  number of total nod, number of filled pod, number of unfilled pod, number of total pod, and percentage of filled pod have positively and significantly correlated with  yield per plant.  Based on  path analysis, characters number of branch, number of unfilled pod, and number of filled pod have positive direct on yield per plant.   The result also showed that  number  of filled pod has maximum positive direct effect on yield per plant.  Generally, number of total nod, number of filled pod, number of total pod, and percentage of filled pod have higher heritability  than other characters.   Key words: Soybean, correlation, path analysis, heritability, selection index

Analisis Pembandingan Pola Keanekaragaman Pisang Introduksi Berdasarkan Penanda Fenotipik dengan Penanda RAPD dan Pendugaan Korelasi antara Keduanya terhadap Komposisi Genomiknya

Jurnal Agronomi Indonesia (Indonesian Journal of Agronomy) Vol 33, No 3 (2005): Jurnal Agronomi Iindonesia
Publisher : Bogor Agricultural University

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (150.843 KB)

Abstract

Banana accessions introduced from INIBAP Transit Center (ITC) have been studied their diversity revealed on phenotypic and RAPD markers.  Both of them showed different clustering pattern and not fit to genomic composition. In order to know fitness level of clustering pattern both of them, comparison analysis have done to their similarity coefficient matrix, and followed by partial correlation analysis among phenotypic traits, and genomic composition.  The comparison analysis resulting very poor correlation (r = 0.491). Partially correlation analysis among traits, DNA profile, and Musa genomic composition at 95-99% confidence revealed only OPA-18 line 2 related to accessions possessed pure "A" genome, and they were together associated to green color of petiole margins.  OPD-10 line 3, significantly, associated to accessions with genome dominated "B", but there was no correlation between both of them to any characters. These results suggested that some primers and characters may specifically associated with certain.    Key words:  Comparison analysis, Correlation analysis, Introduction bananas, Musa

Pengembangan Kriteria Seleksi pada Pisang (Musa sp.) Berdasarkan Analisis Lintas

Jurnal Agronomi Indonesia (Indonesian Journal of Agronomy) Vol 33, No 3 (2005): Jurnal Agronomi Iindonesia
Publisher : Bogor Agricultural University

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (47.695 KB)

Abstract

This research was aimed to develop selection criteria based on correlation and path coefficient analysis.  The experiment was carried out at CETROFS (Center for Tropical Fruit Studies) field station of Bogor Agricultural University, Tajur.  The result showed that plant height, pseudostem diameter, number of leaves, weeks to harvest,  finger number per plant, and mean of  finger weight were positively correlated with bunch weight. Pseudostem diameter,  number of leaves, finger number per plant have strong direct effect on bunch weight,  with path coefficient 0.321, 0.264, 0.297, and 0.722, subsequently.  However, the plant height showed strong indirect effect on bunch weight  through  pseudostem diameter. These characters  are useful as a selection criteria for developing new variety of banana  with higher bunch weight   Key words: path coefficient, selection criteria, banana  

Genetic Diversity of Indonesian Snake Fruits as Food Diversification Resources

International Journal on Advanced Science, Engineering and Information Technology Vol 5, No 3 (2015)
Publisher : International Journal on Advanced Science, Engineering and Information Technology

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1268.466 KB)

Abstract

Indonesia is one of the megabiodivesity, which is rich with germplasms including tropical fruit. Snake fruit (Salacca spp.) is a native fruit of Indonesia with a scaly peel and sweet-tart taste. The genetic diversity of 17 accessions of Indonesian snake fruit was resolved using the Random Amplified Polymorphic DNA Polymerase Chain Reaction with 5 primers. The study demonstrated that the samples were grouped in six different clusters with coefficient of similarity ranged from 0.12 to 0.71. The value indicated the wide range of genetic variability among the tested plants. This variability was an important resources for the snake fruit breeding program in developing the consumer‘s preferred product which by the end supports the plant diversification program.

Deteksi Virus pada Bawang Merah (Allium cepa var. ascalonicum) dengan Metode Dot Immuno Binding Assay

Jurnal Hortikultura Vol 25, No 4 (2015): Desember 2015
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (327.9 KB)

Abstract

Bawang merah umumnya diperbanyak secara vegetatif menggunakan umbi. Bibit unggul bawang merah ditentukan antara lain oleh status kesehatan benihnya termasuk bebas dari infeksi virus. Penyakit yang disebabkan oleh virus yang bersifat tular umbi merupakan salah satu kendala dalam meningkatkan produksi bawang merah. Penelitian bertujuan untuk mengetahui jenis-jenis virus terbawa umbi pada beberapa varietas bawang merah yang berasal dari Jawa Tengah (Brebes) dan Jawa Barat (Cirebon, Kuningan, Majalengka, Bandung), yaitu Bima Curut, Bima Brebes, Sumenep, Jawa, Batu Merah, Batu Putih, Nganjuk, Timur Carwan, Ilokos, dan Jalaksana. Deteksi virus dilakukan dengan metode dot immuno binding assay (DIBA) menggunakan antibodi spesifik. Deteksi virus pada umbi bawang dilakukan dengan dua teknik, yaitu deteksi langsung dari umbi dan deteksi daun muda yang diambil dari umbi yang ditumbuhkan selama 30 hari. Hasil deteksi menunjukkan adanya infeksi onion yellow dwarf virus (OYDV), shallot latent virus (SLV), dan garlic common latent virus (GCLV) dengan infeksi tertinggi OYDV dan SLV. Infeksi virus lebih banyak terdeteksi dari sampel daun muda dibandingkan dengan dari sampel umbi. Infeksi virus tertinggi ditemukan pada sampel umbi varietas Nganjuk, Batu Putih, Jawa, dan Sumenep asal Majalengka, Kuningan, dan Bandung.

Pengembangan Marka Molekuler yang Berasosiasi Dengan Kekuatan Dinding Sel Penyusun Saluran Getah Kuning Pada Manggis

Jurnal Hortikultura Vol 24, No 1 (2014): Maret 2014
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (519.171 KB)

Abstract

Salah satu masalah utama dalam peningkatan kualitas buah manggis ialah pencemaran buah oleh getah kuning akibat pecahnya sel penyusun saluran getah kuning. Seleksi buah manggis untuk mendapatkan buah bebas getah kuning dapat dibantu dengan memanfaatkan marka molekuler terpaut karakter kekuatan dinding sel penyusun saluran getah kuning. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Pusat Kajian Hortikultura Tropik (PKHT), Institut Pertanian Bogor Jawa Barat, pada Bulan Mei 2012 sampai dengan April 2013. Penelitian ini bertujuan mengembangkan marka molekuler yang berasosiasi dengan sifat kekuatan dinding sel penyusun saluran getah kuning pada manggis. Sebanyak 39 aksesi Garcinia mangostana L. koleksi Balai Penelitian Tanaman Buah Tropika, Sumatera Barat dan hasil koleksi dari Desa Leuwiliang, Jawa Barat digunakan dalam penelitian ini. Dua pasang primerdikembangkan dari sekuen gen kekuatan dinding sel manggis dengan teknik tersarang (nested PCR). Amplifikasi DNA dilakukan dengan teknik PCR standar. Hasil amplifikasi DNA menunjukkan satu pita DNA berukuran ± 260 pb yang polimorf antara tanaman dengan buah tercemar getah kuning dan tidak tercemar getah kuning. Pita tersebut berasosiasi dengan sifat kekuatan dinding sel penyusun saluran getah kuning.

Daya Gabung dan Aksi Gen pada Karakter Buah dan Hasil dari Populasi Setengah Dialel Lima Genotipe Pepaya (Carica papaya L.)

Jurnal Hortikultura Vol 25, No 4 (2015): Desember 2015
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (352.208 KB)

Abstract

Salah satu masalah dalam perakitan varietas hibrida, yaitu memilih tetua yang mempunyai daya gabung tinggi. Untuk menghasilkan hibrida F1 pepaya dengan kualitas dan produksi yang tinggi diperlukan informasi daya gabung yang tinggi antartetua.  Penelitian bertujuan mengetahui daya gabung umum (DGU) dan daya gabung khusus (DGK) untuk mendukung program perbaikan genetik varietas pepaya. Pendugaan DGU dan DGK  menggunakan populasi setengah dialel lima genotipe pepaya. Lima tetua pepaya yang dipergunakan, yaitu BT2, Carmina, Dampit, Carmida, and Merah Delima. Penelitian  menggunakan rancangan kelompok lengkap teracak (RKLT) dengan tiga ulangan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa karakter  bobot buah, panjang buah, dan kekerasan daging dikendalikan oleh aksi gen aditif. Tetua Dampit  dapat dipilih sebagai tetua dengan DGU terbaik untuk karakter tersebut. Karakter tebal daging, PTT, jumlah buah, produksi per pohon, dan persentase buah cacat dikendalikan oleh aksi gen nonaditif karena efek DGK dan ragam nonaditif lebih besar daripada efek DGU dan ragam aditif. Hibrida Carmina x Carmida  mempunyai  nilai DGK dan rata-rata yang tinggi untuk karakter tebal daging dan PTT. Hibrida BT2 x Dampit, Carmina x Dampit, Dampit x Merah Delima, dan Dampit x Merah Delima  mempunyai DGK dan rerata yang tinggi untuk karakter produksi per pohon. Pasangan kombinasi hibrid F1 tersebut dapat berpotensi untuk  dipilih sebagai varietas unggul  hibrida pepaya dengan keunggulan produksi buah yang tinggi. Calon varietas unggul baru pepaya tersebut   dapat dikembangkan di masyarakat sehingga akan meningkatkan produksi pepaya di Indonesia.

Analisis Keragaman Genetik Manggis dalam Satu Pohon

Jurnal Hortikultura Vol 25, No 2 (2015): Juni 2015
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (282.041 KB)

Abstract

Manggis (Garcinia mangostana) termasuk dalam kelompok Garcinia, merupakan tanaman asli dari Asia Tenggara. Manggis memiliki sistem reproduksi melalui mekanisme apomiksis yang bijinya terbentuk tanpa fertilisasi. Manggis termasuk tanaman apomiksis obligat, progeni yang dihasilkan akan memiliki kesamaan genotip dengan tanaman induk. Namun kenyataan di lapangan menunjukkan adanya keragaman genetik antaraksesi manggis. Penelitian bertujuan mengetahui keragaman morfologi dan genetik dalam satu pohon. Sampel tanaman yang digunakan berasal dari empat generasi manggis (P1, P2, P3, dan P4) Wanayasa, Purwakarta. Pengambilan sampel berdasarkan ketinggian tanaman dan masing-masing ketinggian dibagi menjadi empat sektor (utara, timur, selatan, dan barat). Penelitian meliputi tiga analisis, yaitu morfologi, molekuler dengan ISSR, dan data. Hasil penelitian menunjukkan terdapat keragaman morfologi dan genetik dalam satu pohon. Keragaman morfologi lebih besar dari pada genetik. Tingkat keragaman morfologi sebesar 18–43%, sedangkan keragaman genetik adalah 2–17%.

Keragaman Genetik Plasma Nutfah Rambutan di Indonesia Berdasarkan Karakter Morfologi

Jurnal Hortikultura Vol 24, No 4 (2014): Desember 2014
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (449.804 KB)

Abstract

Rambutan merupakan tanaman menyerbuk silang sehingga secara alami memiliki keragaman tinggi. Penelitian bertujuan mempelajari kemiripan genetik dan pengelompokan aksesi plasma nutfah rambutan (Nephelium lappaceum) dan kapulasan (Nephelium ramboutan-ake) di Indonesia berdasarkan karakteristik morfologi. Penelitian dilakukan di (1) Kebun Percobaan (KP) Aripan Balai Penelitian Tanaman Buah Tropika, (2) KP Subang Balai Penelitian Tanaman Buah Tropika, (3) KP Cipaku Balai Pengkajian Teknologi Pertanian Jawa Barat, dan (4) Kabupaten Limapuluh Kota (Sumatera Barat), pada bulan Juni 2013 sampai Februari 2014. Karakterisasi sifat morfologi dilakukan terhadap 29 aksesi rambutan dan empat aksesi kapulasan mengacu pada descriptor for rambutan yang diterbitkan IPGRI. Perhitungan koefisien ketidakmiripan antaraksesi dilakukan dengan metode Gower. Analisis nominal logistic biplot dilakukan untuk melihat sifat penciri dari suatu kumpulan aksesi. Analisis keragaman genetik dapat membedakan kelompok rambutan dan kapulasan dengan koefisien ketidakmiripan rerata sekitar 55%. Berdasarkan kerapatan tandan, rambutan dapat dikelompokkan menjadi lima kelompok, yaitu aksesi yang memiliki tandan sangat jarang, jarang, sedang, rapat, dan sangat rapat. Aksesi dengan tandan rapat sampai sangat rapat antara lain aksesi Gendut Kair, Tangkue, dan Aceh Gendut, sedangkan semua aksesi kapulasan memiliki tandan yang sangat jarang. Berdasarkan ketebalan kulit buah, semua aksesi rambutan memiliki ketebalan kulit sedang sampai tebal, sedangkan aksesi Sibabat diketahui memiliki kulit yang sangat tebal.