Agus Purwantara
Balai Penelitian Bioteknologi Perkebunan Indonesia Jl. Taman Kencana No. 1, Bogor 16151

Published : 18 Documents
Articles

Found 18 Documents
Search

PENGARUH LAMA PENYIMPANAN DAN PERLAKUAN BENIH TERHADAP PENINGKATAN VIGOR BENIH KAKAO HIBRIDA , Baharudin; Ilyas, Satriyas; Rahmad Suhartanto, Mohamad; Purwantara, Agus
Jurnal Pengkajian dan Pengembangan Teknologi Pertanian Vol 13, No 1 (2010): Maret 2010
Publisher : Jurnal Pengkajian dan Pengembangan Teknologi Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Effect of Length Storage and Seed Treatment to Improve Seed Vigour of Kakao Hybrid. Cacaoseeds are categorized as recalcitrant which have some problems such as: hight water content, short storability,sensitive to desiccation, sensitive to low temperature and pathogen contamination. The aims of the research wasto observe the interaction effect between the period of storage and seed treatment on viability and vigor of hybridcacao seeds and seedling of TSH 858. This research was conducted at Seed Main Garden of Indonesian Centreof Coffee and Cacao Research Institute (Puslitkoka) in Jember, Laboratory of Bogor Agricultural University, andMicrobiological laboratory and glass house of Biotechnology Research Institute for Estate Crops of Indonesia inBogor during May to December 2008. Seeds used were derived from results of open cross pollination betweencacao TSH 858 vs Sca 6 from Puslitkoka. Factorial completely randomized design was used, the first factor wasthe period of seed storage and the second factor was the seed treatment. Result showed that interaction betweenthe period of seed storage and seed treatment were statistically significant on germination ability, speed growthrelatively, T50, and number of leaf. The germination ability of seed decreased after 4 weeks storage, but the useof Trichoderma harzianum DT/38 and T. pseudokoningii DT/39 able to increase the germination ability from 8%to 63%. Seed vigor was showed by speed growth relatively, growth velocity (T50- ), and number of leaf werealso improved in matriconditioned seeds compared with the untreated ones. Matriconditioning plus T. harzianumDT/38 and T. pseudokoningii DT/39 treatment also increased index of vigor 32%, speed of germination 0, 5 mg,height of seedlings 3,5 cm, length of roots 0,6 cm and number of roots 8,7 compared with those were untreated.Key words : Biological control, hybrid seed, seed storages, seed vigor, Theobroma cacaoBenih kakao tergolong rekalsitran yang memiliki beberapa kendala antara lain berkadar air tinggi, periodehidup yang relatif singkat, tidak tahan desikasi dan suhu rendah, dan mudah terkontaminasi patogen. Penelitianbertujuan untuk mengetahui pengaruh interaksi antara lama penyimpanan dengan perlakuan benih terhadapviabilitas dan vigor benih, serta bibit kakao hibrida TSH 858. Penelitian dilaksanakan di Kebun Induk Benih PusatPenelitian Kopi dan Kakao Indonesia Jember, Laboratorium Benih IPB, Laboratorium dan rumah kaca mikrobiologiBalai Penelitian Bioteknologi Perkebunan Indonesia Bogor, pada bulan Mei sampai Desember 2008. Benih hibridaberasal dari hasil persilangan terbuka antara kakao TSH 858 x Sca 6 dari Puslitkoka. Penelitian menggunakanPengaruh Lama Penyimpanan dan Perlakuan Benih terhadap Peningkatan Vigor Benih Kakao Hibrida (Baharudin, SatriyasIlyas, Mohamad Rahmad Suhartanto dan Agus Purwantara)74rancangan lingkungan acak lengkap faktorial, faktor pertama adalah lama penyimpanan secara alami dan faktorkedua perlakuan benih. Hasil penelitian menunjukkan interaksi antara lama penyimpanan benih dengan perlakuanbenih nyata mempengaruhi daya berkecambah, kecepatan tumbuh relatif,T50dan jumlah daun. Benih kakaosetelah penyimpanan empat minggu menunjukkan daya berkecambah yang menurun, tetapi dengan perlakuanmatriconditioning plus Trichoderma harzianum DT/38 dan T. pseudokoningii DT/39 mampu meningkatkan dayakecambah dari 8% menjadi 63%. Vigor benih yang ditunjukkan oleh kecepatan tumbuh relatif, kecepatan tumbuh(T50 -), dan jumlah daun juga ikut meningkat dengan perlakuan matriconditioning. Perlakuan matriconditioningplus T. harzianum DT/38 dan T. pseudokoningii DT/39 mampu meningkatkan indeks vigor 32%, laju pertumbuhankecambah 0, 5 mg, tinggi bibit 3,5 cm, panjang akar 0,6 cm dan jumlah akar 8,7 dibanding tanpa perlakuan.Kata kunci : Pengendalian hayati, benih hibrida, penyimpanan benih, Theobroma cacao, vigor benih
Analisis keragaman genetik Phytophthora palmivora dari tanaman kakao di Indonesia menggunakan AFLP Genetic diversity analysis of Phytophthora palmivora from cocoa in Indonesia using AFLP PURWANTARA, Agus; UMAYAH, Abu
E-Journal Menara Perkebunan Vol 78, No 2: Desember 2010
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v78i2.65

Abstract

Abstract Phytophthora palmivora is the causal agent of pod rot, stem canker, seedling and leaf blight and cherelle wilt of cacao (Theobroma cacao) in Indonesia.  The genetic structure of the pathogen population across the country is unknown.  In this study, a population of 20 cultures of P. palmivora isolated from cocoa at six major cocoa producing provinces namely Sumatera Utara, Lampung, Jawa Barat, Jawa Timur, Sulawesi Selatan and Sulawesi Tenggara in Indonesia was evaluated for genotypic diversity using amplified fragment length polymorphisms (AFLP).  Ten primer combinations were used to evaluate all isolates, 68 out of 347 AFLP markers (19.6 %) produced were polymorphic.  Results of the AFLP analyses showed that the P. palmivora population in Indonesia possessed high degree of similarity (96 %). AFLP banding patterns indicated that the isolates form two distinct groups, but with no genetic differentiation based on geography, types of cocoa or the part of the tree from which the isolates were obtained.  These data suggest that frequent outbreaks of Phytophthora pod rot in various growing regions is probably resulted from changing of local climatic condition which is condusive for the disease epidemic rather than from different genetic structure or pathogenic populations of this pathogen, which would affect recommendations for disease management.Abstrak Phytophthora palmivora adalah penyebab penyakit busuk buah, kanker batang, hawar bibit dan daun, dan layu pentil pada tanaman kakao (Theobroma cacao) di Indonesia.  Struktur genetik dari populasi patogen di seluruh negeri belum diketahui.  Pada kajian ini, 20 kultur P. palmivora yang diisolasi dari berbagai bagian tanaman kakao dari enam provinsi penghasil kakao di Indonesia, yaitu Sumatera Utara, Lampung, Jawa Barat, Jawa Timur, Sulawesi Selatan dan Sulawesi Tenggara diuji keragaman genetiknya mengguna-kan amplified fragment length polymorphisms (AFLP). Sepuluh kombinasi primer digunakan untuk menguji semua isolat, 68 di antara 347 penanda AFLP (19,6 %) yang dihasilkan adalah polimorfik.  Hasil analisis AFLP menun-jukkan bahwa populasi P. palmivora di Indonesia mempunyai tingkat kekerabatan yang tinggi (96 %).  Pola pita AFLP menunjukkan bahwa kedua puluh isolat membentuk dua kelompok, tetapi tidak ada perbedaan berdasar letak geografis, tipe kakao atau bagian tanaman kakao asal isolat diperoleh. Data ini menunjukkan bahwa ledakan penyakit busuk buah Phytophthora yang sering terjadi di berbagai daerah diduga lebih diakibatkan oleh perubahan kondisi iklim setempat yang memicu terjadinya epidemi daripada karena perbedaan genetik atau patogenisitas dari populasi patogen, sehingga hasil ini dapat melengkapi saran-saran dalam pengelolaan penyakit.
Kemiripan genetik klon karet (Hevea brasiliensis Muell. Arg.) berdasarkan metode Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLP) Genetic similarity of rubber clones (Hevea brasiliensis Muell. Arg) based on Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLP) method NURHAIMI-HARIS, .; ASWIDINNOOR, Hajrial ASWIDINNOOR; TORUAN-MATHIUS, Nurita; PURWANTARA, Agus
E-Journal Menara Perkebunan Vol 71, No 1: Juni 2003
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v71i1.180

Abstract

Summary   Genetic similarity among ten rubber clones originating from the Wickham collection was studied by Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) markers.  These clones have different levels of resistance to Corynespora cassiicola, one of the major pathogens in rubber plantations.  The information resulted from this study will be used to determine resistant and susceptible clones which will be used in expression study of the genes encoding plant resistance to C. cassiicola.  Genetic similarity values of clones were calculated from all AFLP markers and used to produce a dendrogram using Unweight Pair-Group Method Arithmetic (UPGMA) based on Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSYS) version  1.8 pc.  A total of 481 fragments were detected by using ten pairs of selective AFLP primers, and 233 fragments (48,4 %) of them were polymorphic.  The results clearly demonstrated that genetic background of these ten clones were 85.5% similar.  At 88.0% similarity level, the clones could be divided into three clusters.  Genetic similarity of IRR 100 (resistant clone) with RRIC 103, PPN 2444 and IAN 873 (susceptible clones) was 90.5, 89.5 and 89.0% respectively, while genetic similarity of other three resistant clones (AVROS 2037, PR 255 and BPM 1) to those susceptible clones was 88.0%.  The lowest genetic similarity (85.5%) was found between RRIC 100 (resistant clone) and those three susceptible clones. By considering the distribution and the source of clones, AVROS 2037 (resistant) and PPN 2444 (susceptible) clones which have 88.0% genetic similarity  will finally  be selected for the expression study of the genes.  Kemiripan genetik sepuluh klon karet yang berasal dari koleksi Wickham dipelajari dengan menggunakan marka Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP).  Kesepuluh klon tersebut memiliki tingkat resistensi berbeda terhadap Corynespora cassiicola, salah satu cendawan patogen penting pada daun tanaman karet. Informasi yang diperoleh dalam penelitian ini akan digunakan untuk menetapkan klon resisten dan klon rentan untuk digunakan dalam mempelajari ekspresi gen yang menyandikan ketahanan tanaman karet terhadap C. cassiicola.  Nilai kemiripan genetik kesepuluh klon karet dihitung berdasarkan semua marka AFLP yang diperoleh dan selanjutnya digunakan untuk. membuat dendrogram dengan menggunakan Unweight Pair-Group Method Arithmetic (UPGMA) berdasarkan Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSYS) version 1.8 pc.  Dengan menggunakan 10 pasang primer AFLP selektif diperoleh sebanyak 481 fragmen DNA, S 2037, PR 255 and BPM 1) to those susceptible clones was 88.0%.  The lowest genetic similarity (85.5%) was found between RRIC 100 (resistant clone) and those three susceptible clones. By considering the distribution and the source of clones, AVROS 2037 (resistant) and PPN 2444 (susceptible) clones which have 88.0% genetic similarity  will finally  be selected for the expression study of the genes. 233 fragmen (48,4 %) di antaranya polimorfik    Dendrogram  dengan nyata menunjukkan bahwa 85,5% latar belakang genetik kesepuluh klon karet tersebut adalah sama, dan pada tingkat 88,0% kesepuluh klon terpisah dalam tiga kelompok.  Kemiripan genetik klon IRR 100 (resisten) dengan klon rentan RRIC 103, PPN 2444 dan IAN 873 masing-masing adalah 90,5, 89,5 dan 89,0%,  sedangkan kemiripan genetik tiga klon resisten lainnya (AVROS 2037, PR 255 dan BPM 1) dengan ketiga klon rentan yang sama adalah 88,0%.  Kemiripan genetik terendah (85,5%) terdapat antara klon RRIC 100 (resisten) dengan ketiga klon rentan tersebut.  Dengan mempertimbangkan distribusi penyebaran klon dan asal klon maka klon resisten AVROS 2037 dan klon rentan PPN 2444 yang memiliki kemiripan genetik 88,0% akan dipilih untuk digunakan dalam studi ekspresi gen tanaman karet. acerun:yes'>  Kesepuluh klon tersebut memiliki tingkat resistensi berbeda terhadap Corynespora cassiicola, salah satu cendawan patogen penting pada daun tanaman karet. Informasi yang diperoleh dalam penelitian ini akan digunakan untuk menetapkan klon resisten dan klon rentan untuk digunakan dalam mempelajari ekspresi gen yang menyandikan ketahanan tanaman karet terhadap C. cassiicola.  Nilai kemiripan genetik kesepuluh klon karet dihitung berdasarkan semua marka AFLP yang diperoleh dan selanjutnya digunakan untuk. membuat dendrogram dengan menggunakan Unweight Pair-Group Method Arithmetic (UPGMA) berdasarkan Numerical Taxonomy and Multivariate System(NTSYS) version 1.8 pc.  Dengan menggunakan 10 pasang primer AFLP selektif diperoleh sebanyak 481 fragmen DNA, S 2037, PR 255 and BPM 1) to those susceptible clones was 88.0%.  The lowest genetic similarity (85.5%) was found between RRIC 100 (resistant clone) and those three susceptible clones. By considering the distribution and the source of clones, AVROS 2037 (resistant) and PPN 2444 (susceptible) clones which have 88.0% genetic similarity  will finally  be selected for the expression study of the genes.   
Penapisan dan potensi bakteri endofit asal tanaman Arecaceae sebagai agens pengendali hayati cendawan Pestalotiopsis sp. penyebab penyakit bercak daun pada kelapa kopyor (Cocos nucifera) [Selection and potency of endophytic bacteria from Arecaceae as biocontrol agents of Pestalotiopsis sp. causing leaf spot diseae on kopyor coconut (Cocos nucifera)] ERIS, Deden; MUNIF, Abdul; SOEKARNO, Bonny PW; PURWANTARA, Agus
E-Journal Menara Perkebunan Vol 85, No 1 (2017): April, 2017
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v85i1.235

Abstract

 Kopyor is a recessive-gene-trait coconut that has a delicious taste and high prices. One of several major problems of kopyor coconut cultivation is leaf spot disease. Endophytic bacteria originated from Arecaceae can be used as a biocontrol agents to control the disease in a sustainable way. The objective of the research was to select endophytic bacteria isolated from Arecaceae roots and leaves such as Pejibaye (Bactris gasipaes), Oil Palm (Elaeis guinensis), Kopyor Coconut (Cocos nucifera), Sugar Palm (Arenga pinnata) and Nibung (Oncosperma filamentosa) as biocontrol agent of Pestalotiopsis sp. Fourty isolates of endophyte bacteria are not pathogen to plant or animal and human. There are seven best selected endophytic isolates that can inhibit Pestalotiopsis sp. Some of them have the ability to dissolve phosphate, produce IAA, chitinase, and fix nitrogen. Those isolates are  EAKSS 502, EAKSS 507, EAKSS 509, EAKSS 510, EAAPN 237, EAONN 545 and EAKPN 201. EAKPN 201 is the best candidate as biocontrol agent againts Pestalotiopsis sp. with 64,4% inhibition of Pestalotiopsis sp. on antagonist test. [Keywords:  Palmae, plant pathogen, antagonist agents,  antibiotict test]AbstrakKopyor adalah kelapa dengan sifat gen resesif yang memiliki rasa lezat dan harga yang tinggi. Salah satu masalah utama dalam pembudidayaan kelapa kopyor adalah penyakit bercak daun. Bakteri endofitik yang berasal dari tanaman Arecaceae dapat digunakan sebagai agens pengendali hayati dalam mengendalikan penyakit secara berkelanjutan. Penelitian ini bertujuan untuk menseleksi bakteri endofit yang berasal dari akar dan daun tanaman Arecaceae seperti Pejibaye (Bactris gasipaes), Kelapa Sawit (Elaeis guinensis), Kopyor Coconut (Cocos nucifera), Aren (Arenga pinnata) dan Nibung (Oncosperma filamentosa) yang berfungsi sebagai agen biokontrol Pestalotiopsis sp. Empat puluh isolat bakteri endofit non patogen terhadap tumbuhan atau hewan dan manusia berhasil diperoleh. Tujuh isolat bakteri endofit memiliki daya penghambatan terbaik terhadap cendawan Pestalotiopsis sp. Beberapa isolat memiliki kemampuan dalam melarutkan fosfat, memproduksi IAA, kitinase dan mengikat nitrogen. Ketujuh isolat tersebut yaitu isolat EAKSS 502, EAKSS 507, EAKSS 509, EAKSS 510, EAAPN 237, EAONN 545 dan EAKPN 201  EAKPN 201 adalah kandidat terbaik sebagai agen biokontrol untuk Pestalotiopsis sp. dengan penghambatan sebesar 64,4% pada uji antagonis.[Kata kunci:  Palem-paleman, patogen tanaman, antagonis,  uji antibiosis]
ISOLASI DAN IDENTIFIKASI CENDAWAN TERBAWA BENIH KAKAO HIBRIDA BAHARUDIN, BAHARUDIN; PURWANTARA, AGUS; ILYAS, SATRIYAS; SUHARTANTO, MOHAMAD RAHMAD
Jurnal Penelitian Tanaman Industri Vol 18, No 1 (2012): Maret 2012
Publisher : Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/littri.v18n1.2012.40 - 46

Abstract

ABSTRAKBenih merupakan komponen dasar dalam menentukan produktivitastanaman kakao. Benih yang sehat dapat merupakan faktor penting dalammenentukan keberhasilan produktivitas kakao. Benih kakao mempunyaikadar air cukup tinggi sehingga berpotensi terinfeksi cendawan, yangdapat menurunkan mutu benih dan produksi kakao. Penelitian bertujuanuntuk mengisolasi dan mengidentifikasi beberapa cendawan terbawa benihpada kakao hibrida. Penelitian dilakukan di Kebun Induk Benih PusatPenelitian Kopi dan Kakao Indonesia, Jember, Laboratorium Mikro-biologi, Balai Penelitian Bioteknologi Perkebunan Indonesia, danLaboratorium Pengendalian Hayati IPB Bogor pada bulan Juni sampaiOktober 2008. Penelitian menggunakan benih kakao hibrida dari hasilpersilangan buatan antar TSH 858 dengan Sca 6, dan percobaan disusundengan rancangan acak lengkap dengan 3 ulangan. Benih ditumbuhkanpada 3 media, yaitu water agar (WA), potato dextrose agar (PDA), dankertas saring (KS). Tingkat infeksi pada benih diamati setiap hari dandianalisis dengan analisis sidik ragam dan dilanjutkan dengan uji selangberganda Duncan. Cendawan diisolasi, dibiakkan, dimurnikan, dandiidentifikasi dengan menggunakan buku kunci identifikasi. Tingkatinfeksi cendawan terbawa benih kakao hibrida tertinggi terdapat pada harikeempat (35,00%) dan kelima (51,67%) pada media PDA. Sebanyak 13spesies cendawan terbawa benih kakao hibrida berhasil diidentifikasidengan menggunakan media WA dan PDA, serta 8 spesies cendawandengan media KS. Ke-13 cendawan terbawa benih yang ditemukan sangatberpotensi menurunkan mutu fisiologis benih dan produktivitas kakao.Cendawan tersebut perlu diuji lebih lanjut karena masing-masing memilikisifat-sifat patogenik, saprofitik, atau antagonistis terhadap cendawan lainpada benih kakao. Cendawan terbawa benih kakao hibrida paling dominanadalah Aspergillus spp., Penicillium chrysogenium, Coletotrichumacutatum, Curvularia geniculata, dan Fusarium spp. Cendawan-cendawanyang diduga berbahaya adalah Aspergillus spp., Coletotrichum acutatum,Curvularia  geniculata,  Fusarium  spp.,  Phoma  glomerata,  danMacrophoma sp., dan yang diduga bersifat patogenik adalah Aspergillusflavus, Aspergillus ochraceus, Cladosporium herbanum, Curvulariageniculata, Fusarium oxysporum, Phoma glomerata, dan Macrophoma sp.Kata kunci : Theobroma cacao, benih hibrida, infeksi cendawan, mediatanamIsolation and Identification of Fungi on Hybrid Cacao SeedsABSTRACTSeed is the basic component influencing the productivity of cacaoplantation. Healthy seed is the most important factor in determining thesuccess of cacao productivity. Moisture content of cacao seeds is quitehigh potentially to cause fungi infection, which can further reduce seedquality and cacao production. The research aimed at isolating andidentifying several seedborne fungi on hybrid cacao. The study wasconducted at main nursery of Indonesian Coffee and Cocoa ResearchInstitute Jember, Laboratory of Microbiology, Indonesian BiotechnologyResearch Institute for Estate Crops, and the Laboratory for BiologicalControl of IPB Bogor from June to October 2008. Research used hybridcacao seeds derived from crossing between TSH 858 x SCA 6, and theexperiment was arranged using completely randomized design with threereplicates. Cacao seeds were grown on three media, i.e. water agar (WA),potato dextrose agar (PDA), and filter paper (KS). Infection rates on theseedlings were observed every day and analyzed using ANOVA followedby Duncans multiple regression test (DMRT). Fungi were isolated,cultured, purified, and identified using the identification keys. The highestrate of seedborn fungal infection occured on fourth (35.00%) and fifth(51.67%) days on PDA media. A total of 13 species of seedborn fungi onhybrid cocoa were identified by using WA and PDA media, as well as 8other species by using KS. The 13 seedborne fungi potentially reduce seedphysiological quality and cacao productivity. These fungi need to befurther tested because each has its own pathogenic, saprophytic, orantagonistic properties towards other fungi on cacao seeds. Predominantseedborn fungi on hybrid cacao were Aspergillus spp., Penicilliumchrysogenium, Coletotrichum acutatum, Curvularia geniculata, andFusarium spp. The fungi suspected harmful were Aspergillus spp.,Coletotrichum acutatum, Curvularia geniculata, Fusarium spp., Phomaglomerata, and Macrophoma sp., and those suspected pathogenic wereAspergillus flavus, Aspergillus ochraceus, Cladosporium herbanum,Curvularia geniculata, Fusarium oxysporum, Phoma glomerata, andMacrophoma sp.Key words : Theobroma cacao, fungi infection, hybrid seed, growingmedia
Identifikasi isolat Phytophthora asal kakao Identification of isolates of Phytophthora from cocoa UMAYAH, Abu; PURWANTARA, Agus
E-Journal Menara Perkebunan Vol 74, No 2: Desember 2006
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v74i2.108

Abstract

Summary Phytophthora spp. are responsible for some serious diseases of cocoa including pod rot, stem canker, leaf blight, seedling blight, and chupon wilt. Eight species of Phytophthora have been isolated from diseased cocoa worldwide, even though only three species cause most losses in cocoa production.  Twenty isolates of  Phytophthora sp. were isolated from various parts of the cocoa tree collected from six cocoa producing provinces in Indonesia, viz. North Sumatera, Lampung, West Java, East Java, South Sulawesi and Southeast Sulawesi.  All isolates were then identified using their morphological charac-teristics and it was concluded that all of the isolates are Phytophthora palmivora. This identification was then confirmed with molecular identification by amplification of ITS of rDNA of the isolates with primers ITS 4 and ITS 5, followed by restriction of the amplicon with enzymes.  The molecular identification confirmed that all isolates are P. palmivora. Ringkasan Phytophthora spp. merupakan penyebab beberapa penyakit penting pada kakao, termasuk busuk buah, kanker batang, hawar daun, hawar bibit, dan layu tunas air.  Delapan spesies Phytophthora telah berhasil diisolasi dari tanaman kakao sakit di seluruh dunia, meskipun hanya tiga spesies yang meng-akibatkan kehilangan produksi kakao yang nyata.  Dua puluh isolat Phytophthora sp. telah diisolasi dari berbagai bagian tanaman kakao yang dikumpulkan dari enam provinsi sentra produksi kakao di Indonesia, yaitu Sumatera Utara, Lampung, Jawa Barat, Jawa Timur, Sulawesi Selatan dan Sulawesi Tenggara.  Semua isolat diidentifikasi berdasarkan sifat-sifat morfologi dan dapat disimpulkan bahwa semua isolat adalah Phytophthora palmivora.  Identifikasi selanjutnya dilakukan secara molekuler dengan amplifikasi daerah ITS dari rDNA isolat menggunakan pasangan primer ITS 4 dan ITS 5, kemudian diikuti dengan pemotongan amplikon menggunakan enzim restriksi. Identifikasi molekuler juga menun-jukkan bahwa semua isolat Phytophthora penyebab penyakit pada kakao adalah P. palmivora.
Antagonisme beberapa bakteri endofit Arecaceae terhadap Curvularia sp. patogen penyebab bercak daun yang diisolasi dari tanaman kelapa kopyor (Antagonism of selected Arecaceae endophytic bacteria against Curvularia sp. leaf spot pathogen isolated from coconut kopyor) ERIS, Deden Dewantara; PURWANTARA, Agus; MUNIF, Abdul; SOEKARNO, Bonny Poernomo Wahyu
E-Journal Menara Perkebunan Vol 86, No 2 (2018): Oktober 2018
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v86i2.318

Abstract

Coconut kopyor is one of the most important commodities. One of the problems in coconut kopyor cultivation is grey leaf spot disease caused by Curvularia sp. Using endophytic bacteria is one of the control technique that is environmentally friendly. A total of 40 selected endophytic Arecaceaebacteria isolated from coconut kopyor, palm oil, aren, nibung and pejibaye were tested for their inhibitory ability to Curvularia sp.through antibiotic and volatile organic compound (VOC)test.The antibiotic test showed that thirty three  endophytic bacteria isolates have inhibitory capacity againstCurvularia sp. in a range of inhibition from 4.4% to 86.6%. Isolates with the highest inhibition were EAKSS 502, EAKSS 520 and EAKSS 507. VOC test showed that EAPJN 216, EAKSS 532, EAAPN 225, EAAPN 506, EAAPN 507 and EAAPN 557 were produced VOC that suppressed the growth of Curvulariasp fungal colonies in a range from 92.27% to 97.21%. Based on the best combination of antibiotic and production of volatile organic compound test, there were four potential isolates to inhibit the growth of Curvulariasp. in vitro i.e. EAKSS 502, EAKSS 507, EAKPN 201 and EAPJN 216. Those isolates were molecularly identified as Serratia marcescensstrain PIGB81, Burkholderiasp. DOP Ma316, S. marcescensstrain RY21 and S. marcescensstrain LB21.The four isolates were isolated from different plants such oil palm, coconut kopyor and pejibaye.[Keywords: antibiotics,Burkholderia,malforma-tion, Serratia,suppression, volatile compound]AbstrakKelapa kopyor saat ini menjadi salah satu komoditas perkebunan yang penting. Salah satu masalah dalam pembudidayaan kelapa kopyor adalah serangan penyakit bercak kelabu yang disebabkan oleh cendawan Curvulariasp. Penggunaan bakteri endofit merupakan salah satu cara control yang ramah lingkungan.Sebanyak 40 isolat bakteri endofit asal tanaman Arecaceaediisolasi dari tanaman kelapa kopyor, kelapa sawit, aren, nibung dan pejibaye diujikan kemampuan penghambatannya terhadap Curvulariasp. melalui uji antibiosis dan uji produksi senyawa organik volatil (VOC). Uji antibiosis menunjukkan se-banyak 33 isolat bakteri endofit menunjukkan daya penghambatan terhadap cendawan Curvulariasp. dengan kisaran 4,4%-86,6%. Penghambatan terbesar yakni isolat EAKSS 502, EAKSS 520 dan isolat EAKSS 507. Pengujian produksi senyawa organik volatil menunjukkan EAPJN 216, EAKSS 532, EAAPN 225, EAAPN 506, EAAPN 507 dan EAAPN 557 menghasilkan komponen volatil organik yang menekan pertumbuhan koloni cendawan Curvulariasp. pada kisaran 92,27%- 97,21%. Berdasarkan kombinasi data pengujian antibioisis dan produksi senyawa organik volatilterdapat 4 isolat bakteri endofit yang berpotensi menghambat perkembangan Curvulariasp. yaitu  isolat EAKSS 502, EAKSS 507, EAKPN 201 dan EAPJN 216.Hasil identifikasi secara molekuler ke empat isolat tersebut berturut-turut adalah Serratia marcescens strain PIGB81,Burkholderia sp.  DOP Ma316,S. marcescens strain RY21danS. marcescens strain LB21. Keempat isolat tersebut diisolasi daritanaman yang berbeda yakni kelapa sawit, kelapa kopyor dan pejibaye.[Kata kunci: antibiotik, Burkholderia,malformasi, penghambatan, Serratia,komponen volatil].
Sekuen Internal Transcribed Spacer (ITS) DNA ribosomal Oncobasidium theobromae dan jamur sekerabat pembanding Internal Transcribed Spacer (ITS) sequences of ribosomal DNA Oncobasidium theobromae and other related fungi as comparison MULYATNI, Agustin Sri; PRIYATMOJO, Achmadi; PURWANTARA, Agus
E-Journal Menara Perkebunan Vol 79, No 1: Juni 2011
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v79i1.75

Abstract

AbstractThe objective of this research was to sequence ITSregion from ribosomal DNA of Oncobasidium theobromae,and to compare the sequences to the isolates from Vietnamand Malaysia, and also to identify other related fungi speciesbased on the homology of the ITS region. O. theobromae wasisolated from three cocoa plantations in Indonesia that wereJember, Kendari, and Makasar. DNA was isolated from thefungal mycelia, and then amplified using ITS-4 and ITS-5primers, resulted in DNA fragments of 600 bp and 700 bpfor the isolate from Jember, 600 bp for the isolate fromKendari, and 700 bp for the isolate from Makasar. All of thefragments were successfully sequenced, except for 600 bpfragment of the isolate from Jember. The homology analysisusing BLAST was confirmed that ITS sequencesO. theobromae from Jember was homolog with Rhizoctoniasp. and Ceratobasidium sp., whereas isolate from Kendariwas homolog with Botryosphaeria sp. and isolate fromMakasar was homolog with Mycorrhizal basidiomycetes. Thesequences were then compared to the sequences ofO. theobromae from Vietnam and Malaysia. Phylogeneticanalyses using Clustal W program indicated thatO. theobrome from Indonesia which is represented byisolates from Jember showed higher degree of similarity toisolates from Vietnam. On the contrary, isolates fromIndonesia showed lower degree of similarity to isolates fromMalaysia.AbstrakPenelitian ini bertujuan untuk mengetahui sekuen daerahITS dari DNA ribosomal jamur Oncobasidium theobromae,dan membandingkannya dengan sekuen jamur O. theobromaeyang berasal dari Malaysia dan Vietnam, serta untukmengidentifikasi spesies lain yang merupakan kerabat dekatO. theobromae dengan berdasarkan kemiripan sekuenITSnya. Isolat jamur O. theobromae diisolasi dari tiga lokasiperkebunan kakao di Indonesia yaitu Jember, Kendari danMakasar. DNA diisolasi dari miselium jamur. Amplifikasidaerah ITS menggunakan primer ITS-4 dan ITS-5menghasilkan fragmen 600 bp dan 700 bp untuk isolatJember, 600 bp untuk isolat Kendari dan 700 bp untuk isolatMakasar. Semua fragmen berhasil disekuensing kecualifragmen Jember 600 bp. Analisis homologi menggunakanBLAST menunjukkan fragmen isolat Jember 700 bpmemiliki homologi tertinggi dengan Rhizoctonia sp. danCeratobasidium sp., isolat Kendari 600 bp homolog denganBotryosphaeria sp., dan isolat Makasar homolog denganMycorrhizal basidiomycetes. Hasil sekuen tersebut kemudiandibandingkan dengan sekuen daerah ITS O.theobromae dariMalaysia dan Vietnam untuk mengetahui hubungankekerabatannya. Analisis kekerabatan menggunakan programClustal W menunjukkan O. theobromae dari Indonesia yangdiwakili oleh isolat Jember berkerabat dekat dengan isolatVietnam, akan tetapi tidak dengan isolat Malaysia.
Konstruksi pustaka cDNA dari daun klon karet AVROS 2037 yang diinfeksi patogen Corynespora cassiicola Construction of a cDNA library from leaf of AVROS 2037 rubber clone infected by Corynespora cassiicola pathogen NURHAIMI-HARIS, .; ASWIDINNOOR, Hajrial; SUWANTO, Antonius; SUHARTONO, Maggy T.; TORUAN-MATHIUS, Nurita; PURWANTARA, Agus
E-Journal Menara Perkebunan Vol 73, No 2: Desember 2005
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v73i2.156

Abstract

SummaryConstruction of cDNA library derived fromtranscripts made under certain condition is animportant first step to understand diseaseresistant mechanisms. To identify rubber genesor transcripts involved in defense responsetoward Corynespora cassiicola, cDNA librarywas constructed using rubber clone AVROS2037, one of resistant clone to this pathogen.cDNA library was constructed based on thestrategy of leaves infection using conidia, withthe assumption that transcript expression relatedto defense response would be induced bypathogen infection. RNA was isolated from leavesthree days after inoculation with conidia ofC. cassiicola. Steps involved in the cDNA libraryconstruction were RNA isolation, mRNApurification, cDNA synthesis, vector modifcation,cDNA insert ligation, plasmid transformation andclone verifications. Each gram of leaf producedapproximately 300  g RNA, and 0.25% of themwas mRNA. The mRNA was used to synthesizedcDNA. Ligation of cDNA and modified vectorwas facilitated by restriction enzyme SfiI. Theconstructs were transformed into the E. coliDH5 competent cells. A total of 8000 colonieswere produced. Random examination of 270colonies showed that approximately 93% of thesecolonies carried plasmid vector with DNA insertsize of 200 – 2000 bp, with average size of 500 –800 bp. cDNA library construction of rubberleaves from AVROS 2037 clone as well as somenecessary modification steps are presented in thispaper.RingkasanKonstruksi pustaka cDNA yang me-ngandung transkrip yang diekspresikan dalamkondisi tertentu merupakan tahap awal yangsangat penting dalam berbagai studi biologi.Untuk mengidentifikasi gen karet atau transkripyang berperan dalam respons pertahanan tanamankaret terhadap Corynespora cassiicola, pustakacDNA dibuat dengan menggunakan daun klonAVROS 2037 yang merupakan salah satu klonresisten terhadap patogen tersebut. PustakacDNA dibuat berdasarkan strategi menginfeksidaun dengan konidia C. cassiicola denganpertimbangan bahwa ekspresi transkrip yangberperan dalam respons pertahanan akandiinduksi oleh adanya infeksi patogen. Dengandemikian pustaka cDNA yang dibuat diharapkanmengandung gen atau bagian gen yang ber-hubungan dengan respons pertahanan. RNAdiisolasi dari daun setelah daun diinokulasiselama tiga hari dengan konidia C. cassiicola.Beberapa tahapan telah dilakukan, dimulaidengan isolasi RNA, pemurnian mRNA, sintesiscDNA, modifikasi vektor kloning, ligasi fragmencDNA utas ganda dengan vektor kloning sertatransformasi hasil ligasi ke bakteri Escherichiacoli DH5 kompeten. Dari setiap gram jaringandaun berhasil diisolasi RNA sekitar 300 g, dandari jumlah tersebut sekitar 0,25% mRNA dapatdiisolasi. mRNA yang diisolasi digunakan untuksintesis cDNA. cDNA dipotong dengan enzimrestriksi SfiI dan diligasi ke vektor plasmid yangdimodifikasi dengan menyisipkan situs enzimSfiI. cDNA-vektor rekombinan ditransformasi kedalam sel bakteri E. coli DH5 kompeten meng-gunakan metode standar. Transformasi konstrukini menghasilkan 8.000 koloni. Pengujian PCRterhadap 270 koloni yang dipilih secara acakmengindikasikan bahwa sekitar 93% kolonitersebut membawa cDNA sisipan dengan ukuranfragmen cDNA yang menyisip berkisar antara200 sampai 2000 bp. cDNA sisipan terbanyakterdapat pada ukuran antara 500 – 800 bp. Dalamtulisan ini dibahas tahap demi tahap proses yangdilakukan untuk membuat pustaka cDNA asaldaun karet klon AVROS 2037 serta beberapamodifikasi yang diperlukan.
Effect of Tithonia diversifolia extract on the biodegradability of the bioplastics in plantation soil (Pengaruh ekstrak Tithonia diversifolia terhadap biodegradabilitas bioplastik di tanah perkebunan) ISROI, .; WIBOWO, Nendyo A; SAVITRI, Evi; ERIS, Deden D; PURWANTARA, Agus
E-Journal Menara Perkebunan Vol 86, No 2 (2018): Oktober 2018
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v86i2.293

Abstract

Effect of Tithonia diversifoliaextract on biodegradability of the bioplastic was evaluated using plantation soil as natural inoculum. The bioplastic was a composite of cellulose from cacao pod husk, starch and enriched by tithoniaextract. Biodegradation test wasereconducted in the glass jar for 60 days. The carbon dioxide generated from the biodegradation test titrated by 0.1 N sodium hydroxide solutions. The carbon dioxide was measured with 0.1 N HCl and using phenolphthalein followed by methyl orange as indicator. Carbon dioxide was detected in the bioplastic samples but not detected in the conventional plastic sample during the test. Biodegradation of the bioplastic enriched by tithoniaextract was higher than  that of the bioplastic without tithoniaextract. Biodegra-dation rate of the bioplastic samples in plantation soil were 0.068 mg CO2/day and 0.178 mg CO2/day for the bioplastic without and with tithoniaextract, respectively. Biodegradation of the bioplastic samples for 45 days were 12.44% and 28.07% for the bioplastic without and with tithoniaextract, respectively. Complete biodegradation of the bioplastic predicted in 244 days and 200 days for the bioplastic without and with tithoniaextract, respectively. [Kata kunci :Tithonia diversifolia, biodegrada-bility, bioplastic, plantation soil]. AbstrakPengaruh ekstrak Tithonia diversifoliaterhadap biodegradabilitas bioplastik dievaluasi dengan menggunakan tanah perkebunan sebagai inokulum alami. Bioplastik yang digunakan adalah komposit selulosa dari kulit buah kakao, pati dan diperkaya dengan ekstrak tithonia. Uji biodegra-dasi dilakukan di dalam botol selama 60 hari. Karbon dioksida yang dihasilkan dari uji biodegradasi diserap oleh larutan natrium hidroksida 0,1 N. Karbon dioksida dititrasi dengan HCl 0,1 N dan menggunakan fenolftalein diikuti dengan metil jingga sebagai indikator. Karbon dioksida terdeteksi pada sampel bioplastik namun tidak terdeteksi pada sampel plastik konvensional.Bioplastik yang diperkaya dengan ekstrak tithonia menghasilkan tingkat biodegradasi yang lebih tinggi dari pada bioplastik tanpa ekstrak tithonia. Tingkat biodegradasi sampel bioplastik di tanah perkebunan adalah 0,068 mg CO2/hari dan0,188 mg CO2/hari masing-masing untuk bioplastik tanpa dan dengan ekstrak tithonia. Biodegradasi sampel bioplastik selama 45 hari adalah 12,44% dan 28,07%berturut-turutuntuk bioplastik tanpa dan dengan ekstrak tithonia. Biodegradasi keseluruhan bioplastik diperkirakan membutuh-kan waktu 244 hari dan 200 harimasing-masinguntuk bioplastik tanpa dan dengan ekstrak tithonia.[Keywords:Tithonia diversifolia, biodegradaibi-litas, bioplastik, tanah perkebunan].