Articles

Found 8 Documents
Search

PERBANDINGAN BEBERAPA METODE ISOLASI DNA UNTUK DETEKSI DINI KOI HERPES VIRUS (KHV) PADA IKAN MAS (Cyprinus carpio L.) Mulyani, Yuniar; Purwanto, Agus; Nurruhwati, Isni
Jurnal Akuatika Vol 2, No 1 (2011): Jurnal Akuatika
Publisher : Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (325.051 KB)

Abstract

Penelitian ini telah dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Padjadjaran. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektifitas dalam memperoleh konsentrasi dan kemurnian DNA serta efisiensi waktu pengerjaan dari metode isolasi DNA dengan membandingkan beberapa metode isolasi DNA diantaranya ektraksi DNA dengan Kit (Promega), CTAB dengan phenol, modifikasi CTAB, dan ekstraksi DNA dengan thermal lysis. Parameter yang digunakan adalah nilai kemurnian dan kualitas DNA hasil isolasi yang diperoleh dari analisis spektrofotometri dan analisis elektroforesis serta efisiensi waktu pengerjaan. Sampel yang digunakan adalah jaringan insang dan sirip ikan mas. Konsentrasi DNA dan kemurniannya diukur dengan metode spektrofotometri, sedangkan untuk visualisasi DNA hasil isolasi menggunakan metode elektroforesis serta pengujian keberadaan KHV dideteksi dengan bantuan PCR dengan menggunakan Primer pendeteksi KHV. Penelitian ini menggunakan metode survei dengan analisis deskriptif kualitatif. Hasil penelitian secara umum menunjukkan bahwa metode modifikasi CTAB memberikan hasil isolasi DNA dengan konsentrasi yang tertinggi yaitu 70,10 μg/ml dengan nilai kemurnian berkisar antara 1,9-2,0. Namun waktu yang dibutuhkan untuk pengerjaannya cukup lama. Metode ekstraksi DNA dengan thermal lysis memiliki waktu pengerjaan yang singkat. Namun konsentrasi DNA yang diperoleh cukup rendah yaitu 9,25 μg/ml dengan nilai kemurnian berkisar antara 1,6-1,8.
EFEKTIVITAS JAMUR Marasmius sp UNTUK MENDEGRADASI LIMBAH PENGOLAHAN AGAR (Gracilaria sp) SEBAGAI BAHAN BAKU BIOETANOL Kurniadi, Rudy; Hasan, Zahidah; Mulyani, Yuniar
Jurnal Perikanan Kelautan Vol 3, No 4 (2012)
Publisher : Jurnal Perikanan Kelautan

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Penelitian ini bertujuan mengetahui efektifitas dosis inokulum dan lama waktu fermentasi jamur Marasmius sp untuk mendegradasi limbah industri pengolahan agar Gracillaria sp sebagai bahan baku pembuatan bioetanol. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode eksperimen. Percobaan menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) pola faktorial 3x3 faktor pertama adalah dosis inokulum yaitu D1=5%, D2=7,5%, D3=10%, sedangkan faktor yang kedua adalah lamanya fermentasi yaitu W1= 2 minggu, W2= 3 minggu, W3= 4 minggu. Data hasil penelitian berupa kadar lignoselulosa limbah agar, jumlah glukosa (mg/mL) yang dihasilkan dalam proses hidrolisis, dan jumlah bioetanol (%). Hasil pengujian memperlihatkan bahwa dosis 10 % dengan lama waktu fermentasi 3 minggu merupakan kombinasi yang terbaik untuk menghasilkan kadar glukosa tertinggi yaitu sebesar 0,072 mg/mL 
KERAGAMAN GENETIK RUMPUT LAUT Eucheuma spp. DARI SUKABUMI, JAWA BARAT BERDASARKAN METODE RAPD PCR Ayuningrum, Putri indah; Afrianto, Eddy; Mulyani, Yuniar
Jurnal Perikanan Kelautan Vol 3, No 4 (2012)
Publisher : Jurnal Perikanan Kelautan

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (518.23 KB)

Abstract

Informasi tentang keragaman genetik plasma nutfah sangat diperlukan untuk mendukung program pemuliaan dan upaya konservasi. Metode RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) telah digunakan untuk mengetahui keragaman genetik rumput laut Eucheuma spp di Sukabumi, Jawa Barat. DNA dari sampel rumput laut jenis Eucheuma spp diisolasi menggunakan metode CTAB dan diamplifikasi dengan PCR-RAPD menggunakan dua primer acak yaitu OPA-02 (5’- TGCGGAGCTG -3’) dan OPA-03 (5’- AGTCAGCCAC -3’). Aplikasi penggunaan primer OPA-03 lebih banyak menghasilkan larik polimorfik sehingga lebih sensitif. Penelitian ini menggunakan metode survei dengan analisis deskriptif kualitatif di laboratorium. Hasil visualisasi DNA dari kedua primer menunjukkan 119 pola larik yang terdiri dari 15 pola larik polimorfik dan 104 pola larik monomorfik. Pola larik tersebut diterjemahkan ke dalam bentuk data numerik (1/0). Program NTSYS-pc digunakan untuk membangun pohon filogenetik.Hasil pohon filogenik secara umum dari kedua primer diperoleh 2 kelompok besar. Kelompok pertama terdiri dari Eucheuma cottonii dan Eucheuma serra. Di kelompok kedua terdiri dari  Eucheuma denticulatum. Secara umum keragaman genetik dari 9 sampel rumput laut Eucheuma spp dari Sukabumi, Jawa Barat memperlihatkan hubungan kekerabatan yang rendah. Populasi-populasi yang berdekatan mempunyai kecenderungan untuk membentuk satu sub-kelompok.
Distribusi Spasial Komunitas Plankton sebagai Bioindikator Kualitas Perairan di Situ Bagendit Kecamatan Banyuresmi, Kabupaten Garut, Provinsi Jawa Barat Amelia, Chitra Devi; Hasan, Zahidah; Mulyani, Yuniar
Jurnal Perikanan Kelautan Vol 3, No 4 (2012)
Publisher : Jurnal Perikanan Kelautan

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1446.23 KB)

Abstract

Penelitian ini dilakukan di Situ Bagendit, Kecamatan Banyuresmi, Kabupaten Garut, Jawa Barat telah dilaksanakan pada bulan 27 Mei – 17 Juni 2012. Penelitian ini dilakukan di Situ Bagendit, Kecamatan Banyuresmi, Kabupaten Garut, Provinsi Jawa Barat. Penelitian bertujuan untuk mengetahui distribusi spasial komunitas plankton sebagai bioindikator kualitas air Situ Bagendit untuk pengelolaan lebih lanjut dalam bidang kegiatan budidaya ikan hias. Metode penelitian yang digunakan adalah metode survey dengan penetapan 11 stasiun, dan empat kali waktu sampling dengan periode penelitian setiap 7 hari sekali. Komunitas plankton yang ditemukan terdiri dari 44 spesies fitoplankton dan 23 spesies zooplankton. Nilai kelimpahan fitoplankton tertinggi adalah kelas Desmidiaceae dengan nilai kelimpahan rata-rata 34 ind/L, sedangkan nilai kelimpahan tertinggi zooplankton adalah kelas Rotatoria dengan kelimpahan rata-rata 3 individu/L. Secara spasial plankton berdasarkan kelimpahan dapat dibedakan menjadi 3 kelompok, yaitu kelompok pertama (stasiun 1 dan 4) dengan kisaran kelimpahan plankton 100-240 ind/L, kelompok kedua (2, 3, 5, 8 dan 9) dengan nilai 66-85 ind/L, sedangkan kelompok ketiga (stasiun 6, 7, 10 dan 11) dengan nilai 35-65 ind/L.  Berdasarkan beberapa parameter fisik, kimiawi dan komunitas plankton di perairan Situ Bagendit sesuai sebagai areal budidaya ikan hias.
Hubungan Filogenetik Molekuler Beberapa Jenis Mangrove di Pulau Penjarangan, Ujung Kulon, Provinsi Banten Riyantini, Indah; Mulyani, Yuniar; Agung, Mochamad Untung K.
Jurnal Akuatika Vol 5, No 1 (2014): Jurnal Akuatika
Publisher : Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (258.225 KB)

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk untuk menganalisis hubungan filogenetik secara molekular dari Beberapa Jenis Mangrove yang terdapat di P. Penjarangan Kawasan Ujung Kulon, yang merupakan kawasan konservasi. Pengambilan sampel dilakukan di beberapa titik di P. Penjarangan dan analisis molekular dilakukan di laboratorium Bioteknologi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Padjadjaran. Metode penelitian merupakan metode survey, dan dianalisis secara deskriptif kualitatif di laboratorium. Sampel daun mangrove diisolasi DNA, dan diamplifikasi dengan PCR-RAPD menggunakan 10 primer acak. DNA hasil PCR dielektroforesis pada gel agarosa 1,4% dengan menggunakan marker DNA Lambda yang telah dipotong dengan enzim EcoRI dan Hind III. Hasil elektroforesis menunjukkan pola larik yang  diterjemahkan ke dalam bentuk data numerik (1/0) dan dianalisis hubungan filogenetik dan keragaman genetiknya menggunakan program NTSYS-pc.  Hasil penelitian menunjukkan bahwa Metode RAPD menggunakan primer OPA 2 dan OPA 11 dapat menghasilkan polimorfisme pada DNA genom dari beberapa jenis mangrove di Pulau Penjarangan, Kawasan Ujung Kulon. Keanekaragaman genetik pada beberapa jenis mangrove cukup tinggi, dan analisis hubungan filogenetik molekular beberapa jenis mangrove yang ada di kawasan tersebut memiliki hubungan yang tidak berbeda dengan klasifikasi morfologinya.
BIOPROSPEK AKTIVITAS METABOLIT SEKUNDER DARI LAMUN (Seagrass) DAN BEBERAPA JENIS MAKROALGA (Seaweeds) SEBAGAI KANDIDAT AGEN ANTIBAKTERI PATOGEN Vibrio harveyi YANG MENYERANG UDANG WINDU (Penaeus monodon) (Studi in-vitro) Kurnia Agung, Mochamad Untung; Mulyani, Yuniar; Riyantini, Indah
Jurnal Harpodon Borneo Vol 5, No 1 (2012): Volume 5 No 1 April 2012
Publisher : Jurnal Harpodon Borneo

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (207.202 KB)

Abstract

Bacterial deseases are seriousness problem in aquaculture. The uncontrolled of quality degradation of pond sites because of wastes and organic matters decompotition and also global climate changes has been predicted affect triggered the bacterial infections. Vibrio harveyi is one of patogenic bacteria which againts Tiger shrimp (Penaeus monodon). The recovery strategies has been applied both in the rehabilitation of pond sanitary and also it has been focussed in curative methods to overcome infection activities. The usage of synthetic antibiotics has been reported gift any negative effects, either for environment and rised pathogenic resintance because of uncontrolled exposure.Environmental friendly and based on biological methods has been promoted to overcome this problem. The usage of antibacterial agents derived from natural compounds  has been recommended as an effective method. Several marine resources has been predicted as candidates of antibacterial agents againts Vibrio harveyi. Several seaweeds (macroalga) and seagrass has been explored in this research at in-vitro level of study to inhibit the activity of Vibrio harveyi. The result showed that all of the crude extracts derived from seagrass (Thallasia sp) and several kinds of seaweeds  (Padina sp, Gracilaria sp and Sargassum sp) could inhibit the growth of Vibrio harveyi from the lowest concentration level (10 µg/mL). The highest inhibition activity has been showed from the antibacterial sensitivity test of crude extract of Thallasia sp at the concentration level of 10.000 µg/mL.                                                                                                                                  Keywords : macroalgae, seagrass, secondary metabolite, antibacteria, Vibrio harveyi
ISOLASI DAN ANALISIS GEN HORMON PERTUMBUHAN LELE (Clarias gariepinus Burch.) Buwono, Ibnu Dwi; Carsono, Nono; Mulyani, Yuniar
Jurnal Riset Akuakultur Vol 7, No 3 (2012): (Desember 2012)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (738.473 KB)

Abstract

Isolasi gen hormon pertumbuhan lele dumbo (C. gariepinus) dari hipofisa ikanmerupakan sumber DNA yang selanjutnya dapat digunakan sebagai cetakan untuk mengkopi gen tersebut menggunakan primer Amc-GH-F dan Amc-GH-R. Fragmen DNA lele dumbo hasil isolasi terdeteksi berdasar elektroforesis gel agarosa 1%. Amplifikasi gen penyandi hormon pertumbuhan (Growth Hormone / GH) lele dumbo menggunakan primer Amc-GH-F (5’-GCAGAAATGGCTCGAGGTAAGG-3’) dan Amc-GH-R (5’-CAGGGTGCAGTTGGAATCC-3’) dapat mengkopi sekuen gen GH lele dengan ukuran fragmen PCR sekitar 1.400 bp. Sementara amplikon gen GH American catfish (Rhamdia quelen) menggunakan primer Amc-GH-F dan Amc-GH-R sebesar 1.465 bp. Hasil analisis sekuensing gen penyandi GH menggunakan program BlastP dan Genetyx versi 7.0, menunjukkan bahwa sekuen gen penyandi GH lele dumbo memiliki homologi 80% dengan sekuen GH C. gariepinus pada bank gen (no. aksesi AF 416488.1), sehingga sebagian besar sekuen gen penyandi hormon pertumbuhan ikan tersebut dapat diamplifikasi secara in vitro.
The effectiveness of honey supplementation in feed for improving goldfish fingerling Carassius auratus immune system against Aeromonas hydrophila bacteria attack Rosidah, Rosidah; Subhan, Ujang; Mulyani, Yuniar; Dermawan, Rifai
Jurnal Akuakultur Indonesia Vol 18, No 1 (2019): Jurnal Akuakultur Indonesia
Publisher : ISSA

Show Abstract | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (3658.789 KB)

Abstract

ABSTRACT The attack of Aeromonas hydrophila bacteria can cause mortality in goldfish approximately 100%. The controlling of this bacterial attack can be done through increased fish immunity. Honey is one of the natural ingredients that increases body immune system. This study aimed to determine the effective dose of honey supplemented in feed to increase goldfish fingerling resistance for disease prevention. Fish used in this study were goldfish fingerlings with 3.5 g average weight. This study was done using experimental complete randomized design method with five treatments and three replications. Treatments given were honey supplementation in feed with 0 ml/kg (A) as control treatment, 150 ml/kg (B), 200 ml/kg (C), 250 ml/kg (D), and 300 ml/kg (E). The result showed that honey supplementation in feed was effective to improve goldfish fingerlings resistance against Aeromonas hydrophila bacterial attack. The supplementation of honey in feed with 200 ml/kg was the best treatment for inducing goldfish fingerlings against A. hydrophila. This was proven by the increased white blood cells (leucocytes) (27.84 ± 5.07%) followed with no apparent clinical symptoms after attacked by A.hydrophila, such as hemorrhage, necrosis, exophthalmia or dropsy, besides showing the highest survival rate with 73.33 ± 11.5%. Keywords : Aeromonas hydophila, goldfish, honey, leucocyte, resistance ABSTRAK Serangan bakteri Aeromonas hydrophila dapat menyebabkan kematian ikan mas koki hingga mencapai 100%. Penanggulangan serangan bakteri tersebut dapat dilakukan dengan meningkatkan ketahanan tubuh (imun) ikan.  Madu merupakan salah satu bahan alami yang dapat meningkatkan ketahanan tubuh. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan dosis efektif penambahan madu pada pakan untuk meningkatkan daya tahan tubuh benih ikan mas koki dalam upaya pencegahan penyakit aeromonasis. Benih yang digunakan adalah benih ikan mas koki berukuran 3.5 gram. Metode penelitian yang digunakan adalah rancangan acak lengkap (RAL) dengan lima perlakuan dan tiga ulangan. Perlakuan yang digunakan adalah penambahan madu pada pakan dengan dosis 0 mL/kg (A) sebagai kontrol, 150 mL/kg (B), 200 mL/kg (C), 250 mL/kg (D), 300 mL/kg (E). Hasil penelitian menunjukkan bahwa penambahan madu ke dalam pakan efektif dalam meningkatkan ketahanan tubuh ikan mas koki terhadap serangan Aeromonas hydrophila. Dosis 200 ml/kg pakan memberikan hasil terbaik dalam meningkatkan ketahanan tubuh ikan mas koki terhadap serangan A. hydrophila terlihat dari peningkatan jumlah sel darah putih terbesar (27.84 ± 5.07%), tidak nampak adanya gejala klinis ikan terserang A. hydrophila seperti hemoragi, necrosis, exophthalmia maupun dropsy dan menghasilkan kelangsungan hidup benih ikan mas koki tertinggi yaitu sebesar 73.33 ± 11.5%. Kata kunci: Aeromonas hydrophila, ketahanan tubuh, ikan mas koki, madu, sel darah putih.